事實上，中國藥監界的腐敗之風，早已引起了中央紀委、監察部及檢察機關等相關部門的高度重視。鄭筱萸離職前後，一場反腐風暴在中國藥監係統迅疾掀起。
2002年，原浙江省藥監局局長周航因受賄折合約400萬元被判死緩，成為中國首位落馬的省級藥監局長；
2005年7月，鄭筱萸退休僅半月餘，曾擔任其秘書的國家藥監局醫療器械司司長郝和平及妻子因涉嫌受賄被刑事拘留；
2005年11月，中國藥學會谘詢服務部主任劉玉輝被捕；
2006年1月，同樣曾擔任鄭筱萸秘書的國家藥監局藥品注冊司司長曹文莊、該司化學藥品處處長盧愛英、國家藥典委員會常務副秘書長王國榮被立案調查；
2006年11月，中國藥學會副秘書長劉永久被捕；
2006年12月，因涉嫌受賄，鄭筱萸及其妻兒被正式立案調查……
“對鄭筱萸的違紀違法問題，要徹底查清，依法嚴肅處理。”2007年1月24日，聽取了監察部就鄭案調查的情況彙報後，國務院常務會議明確提出了要求。
隨著調查深入，鄭筱萸涉嫌受賄數百萬元、藥監工作嚴重失職瀆職的“權力黑幕”被層層撕開。此後，他受到行政開除處分，被撤銷全國政協委員資格，被開除黨籍，並被依法逮捕……
莊嚴的法庭上，一審法院認定：1997年6月至2006年12月，鄭筱萸利用職務便利，接受請托，為8家製藥企業在藥品、醫療器械的審批等方麵謀取利益，多次直接或通過其妻劉耐雪、其子鄭海榕，非法收受款物共計折合人民幣649萬餘元。法院還認定，鄭筱萸在全國範圍統一換發藥品生產文號專項工作中，犯有玩忽職守罪。
鄭筱萸不服一審判決，上訴到北京市高級人民法院。2007年6月22日，北京市高級人民法院二審裁定：駁回鄭筱萸的上訴，維持原判，依法報請最高人民法院核準。7月10日，最高人民法院依法核準死刑。
對鄭筱萸案件的查處，充分體現了黨和政府嚴厲懲治腐敗的堅定信心和決心，體現了對人民群眾根本利益的高度重視。
尋租：“權力家庭”受賄649萬餘元
在鄭筱萸高達649萬餘元的受賄簿上，最多的一筆來自浙江某集團公司：1997年至2006年，鄭筱萸通過其妻劉耐雪、其子鄭海榕，收受該公司負責人李某某以顧問費、股份收益等名義給予的財物共計292萬餘元。
9年間，從每月2000元的顧問費，到一筆免去近200萬元住房首付款，隨著鄭筱萸的權力擴展，其與家人的受賄行情“水漲船高”。
早在1997年6月，該集團就開始“聘請”劉耐雪為顧問，月薪2000元。期間，適逢集團的中層幹部投資成立針頭車間，劉耐雪隻憑一張“借款5.2萬元”的借條，以兒子鄭海榕的名義入了股，每月分紅2800元。對此，鄭筱萸心知肚明，稱之為“幹股”。
和母親一樣，其子鄭海榕也很會利用父親的權力“賺大錢”：
2002年，他大方地收下了李某某贈送的一輛奧迪車，後將該車賣得18.5萬元“揣入腰包”；此後，他在上海購房，又收下了李某某贈送的首付款17萬元；2003年5月，李某某把下屬公司5％的股份送給他，2004年底就有了25萬元分紅；2005年底，他要買上海該集團公司的房，李某某一下免去首付款199.25萬元……
官員手中的權力，是為人民服務的。鄭筱萸的權力，卻成了他與家人共同獲利的“搖錢樹”。
藥商投之以桃，鄭筱萸報之以李。
2002年2月，全國藥品監督管理工作會議在上海召開。鄭筱萸房間來了個不速之客—李某某。他想替下屬企業申辦一次性使用無菌注射器和一次性使用輸液器的醫療器械注冊證，希望鄭局長“幫幫忙”。
鄭筱萸當即安排其秘書，帶李某某去找時任國家藥監局醫療器械司司長的郝和平。就這樣，李某某企業的注冊材料獲得國家藥監局的批準，出奇地快。1999年到2003年，該集團下屬公司申報的24種藥品的注冊，靠著鄭筱萸這棵“大樹”，一路綠燈。
鄭海榕有一張招商銀行信用卡，2000年至2006年，每月都會收到廣東某公司打來的1萬元錢，共計70餘萬元。而他卻沒在這個企業工作過一天。這位負責人還以為鄭筱萸家“報銷”裝修費為名，送給鄭海榕25萬元。
天下沒有免費的午餐。廣東這家公司負責人證實，1999年，公司需進口化學藥品原料“鹽酸納洛酮”，找鄭筱萸幫忙後順利進口；2000年，公司向國家藥監局申請成為藥品零售跨省連鎖試點企業，通過鄭筱萸向相關部門打招呼，最終獲批；2003年，公司藥品物流配送中心申辦《藥品經營許可證》，也在鄭筱萸的幫忙下順利通過……
2000年夏，浙江一製藥公司負責人得知國家鼓勵生產某種新藥，便找到了鄭筱萸。7月18日，鄭筱萸對該公司直接送來的申報項目報告作出批示。不到一周，藥監司就“飛速”地發文同意。為此，這家藥廠的負責人特意將鄭海榕約到香港，送給他一張100萬元港幣的現金支票。
當檢察官訊問鄭筱萸：“如果鄭海榕不是你兒子，他們會送他100萬元港幣嗎？”鄭筱萸回答：“我想不會。因為他們是衝著我手中的權力送錢的。”
家人站台前，鄭筱萸居幕後，聯手上演了一幕幕“前門辦事，後門收錢”的好戲。隨著私欲的膨脹，特別是獨攬了藥品注冊大權後，鄭筱萸更加無所顧忌，赤膊上陣，從幕後跳到台前親自受賄。
2001年至2005年逢年過節，海南某製藥有限公司董事長範某都會到北京給鄭筱萸“上供”，少則5000元，多則上萬元。鄭筱萸前後笑納了11萬餘元。該公司申報藥品注冊時，鄭筱萸親自給注冊司和審評中心打電話催辦。
企業送錢，真的都是朋友之誼？
這一點，藥商們很清楚。某藥商就承認：“之所以聘請劉耐雪為顧問，給鄭海榕款物，主要因為他們是鄭筱萸的親屬。公司希望在業務上得到鄭的關照和幫助。”
這一點，鄭筱萸也十分清楚：“送錢的人都是藥企的老板，都是發生在1998年我任國家藥監局局長以後……都是衝著我的權力來的。”
對金錢的貪欲，使鄭筱萸一步一步走向墮落、走向毀滅。
藥監局係列腐敗案查處期間，鄭筱萸先後４次轉移其在辦公室收受的美元、歐元、港幣、人民幣總計達340餘萬元；轉移的珠寶和貴重首飾、書畫等經鑒定達100餘萬元。
錯位：首任“掌門”玩忽職守
1998年—改寫新中國藥品監督管理曆史的一年。
這年３月，伴隨機構改革，原國家醫藥管理局、衛生部藥政司等合並組成副部級機構—國家藥品監督管理局，原醫藥管理局局長鄭筱萸出任首任局長。
國家設立這一新機構的初衷，是按國外成功經驗將藥品收歸一個行政部門統一監管，更好地保證13億民眾的用藥安全。新機構的成立，也給了人民群眾莫大的期待。
不幸的是，新機構首任“掌門”鄭筱萸卻以權謀私、收受巨額賄賂，忽視了肩上的千鈞重擔—十幾億中國人的用藥安全。
鄭筱萸的目中無“責”，在2001年到2003年一項被他稱為“浩大工程”的專項工作中暴露無遺。這一名為“統一換發藥品批準文號”的專項工作，涉及許多種藥品，直接影響全體中國人用藥安全。
當時，由於曆史原因，存在國家以及地方多種批準文號，監管難度也較大。修訂後將於2001年12月1日實施的《中華人民共和國藥品管理法》明確規定，藥品必須符合國家標準，取消地方標準。對於按地方標準生產的藥品，經審查批準，可以上升為國家標準藥品，即“地標升國標”；不符合的就必須淘汰。
無疑，對於新機構來說，這是一次加強監管的好機會。然而，“掌門”鄭筱萸一錯再錯，讓這項工作背離初衷，反而給造假者又提供了一次機會，給用藥安全帶來極大的隱患。
如此重大的全局性工作，沒有調查研究，沒有聽取有關部門和地方的意見，沒有局部試點，沒有上報黨中央、國務院，甚至沒有經過局黨組和局務會議集體討論。2001年4月10日，鄭筱萸違背重大事項請示報告製度和民主決策程序，自己大筆一揮，簽發187號文件，啟動了換發批準文號的專項工作。
由於換發文號工作量太大，難以在規定時間內完成，187號文件出台９個月後，鄭筱萸又大筆一揮，簽發了582號文件，從實質上降低了藥品審核標準。
按照187號文件，“專項小組對上報材料進行彙總和複核”；而582號文件，則改為“企業申報時可以提供的有關材料可為複印件，由省級藥監部門重點審核其原生產批件和原始檔案，專項小組僅對上報的資料進行形式審核，並對原始檔案進行抽查核對。”
一句“形式審核”，讓國家藥監局的法定審核職責流於形式。
專項工作小組有關人員說，藥品地方文號本來就是由省藥監局批的，國家藥監局隻有實質審核才能真正實現監管。讓省藥監局“自己審自己”，無疑大降監管力度。
在審核降低標準，僅進行形式審核和抽查的情況下，專項小組還是發現了一些不符合條件、不應換發的藥品。這些藥品的資料被工作人員放進紅色夾子，稱為“紅夾”藥品。按照國務院辦公廳、衛生部和國家藥監局的有關文件規定，這些藥品應該以假藥論處或撤銷批準文號。然而，鄭筱萸沒有經過局裏集體討論決定，擅自同意注冊司的請示，讓審批底線被再次突破。
按照這份請示，對這些“紅夾”藥品，僅以企業是否取得《藥品生產管理質量規範》（GMP）認證證書為條件，換發批準文號；甚至對剛提出GMP申請和準備GMP改造的藥品生產企業，也換發了批準文號。如此一來，1069種違規審批藥品獲得了“通行證”。
GMP認證，僅代表藥品生產過程合格，難道還能代表藥品有療效嗎？法庭上，鄭筱萸也不得不承認，這是把違規的藥品變成了合法的藥品。
專項工作進行了兩年。其間，鄭筱萸在幹什麼？
據專項小組工作人員回憶，鄭筱萸從未聽取過專項小組的彙報，也未對專項小組進行過檢查和指導。同一時期，正是鄭“掌門”受賄斂財的高峰期。
黑洞：“帶病”審批留下隱患
統一換發藥品批準文號，本是提高人民用藥安全的“民心工程”。因為鄭筱萸的玩忽職守，變成了“帶病”審批。
專項工作進行中，藥品造假的舉報不斷，其中包括吉林某公司生產的注射藥品。該藥品被舉報原始材料造假，一直未獲得換發。2004年６月，國家食品藥品監管局派人到當地調查，沒有找到原始檔案。調查組由此建議：緩發批準文號。
然而，鄭筱萸親自指示：注冊司先給換發批準文號，再繼續調查。
此後一個月，工作人員終於查清，該企業的確是通過造假方式取得的原始批件。雖然鄭筱萸批示要處理此事，但當有關部門提出盡快處理的請示，卻在他手裏沒了下文。