章太炎絕食到第七天，身體極為虛弱，以至於稍一咳嗽，就吐血不止。他想起古代周亞夫的故事，以為這吐血並非憤懣所致，而是人久不進食，血往上湧，也許不久即可斃命。但監獄裏有人告訴他，斷食七天不一定就能死，有吸鴉片煙的人，上吐下瀉，四十二天不吃飯，還沒有死的。那麼像他這樣的天數，才隻有其六分之一。鄒容一直不讚成章太炎絕食，這時又苦言相勸，最終說服他重新進食。每天吃帶麩麥飯，因為十分粗糙，根本不能消化，幾乎是吃什麼拉什麼。然而終於保住了性命。
監獄裏的犯人每天都要做八個小時的苦工，最苦的活是敲石子。章太炎和鄒容是讀書人，所以享受了一點優待，都做裁縫，縫襪底和犯人穿的粗布衣服。章太炎還幹過給犯人衣服編號寫字的差事。
在獄中，章太炎常向其他犯人講革命道理，還主動幫助一個叫徐福生的人認字看書。徐在幾十年後忘不了當時的情景，在《鐵窗感遇記》裏回憶說：“……乃公謙抑為懷，竟一見如故，殷殷折節下交，且諄諄以革命相勖，更緣福生讀書不多，日令識字若幹，親為講解，友也而實等於師矣。至起居互顧，衣食相推，疾病相扶持，悲憤相慰藉……”
1905年2月，不幸的事發生了：本來體弱的鄒容一病不起。鄒容的脾氣和章太炎一樣暴烈，不堪忍受獄卒的折磨和監獄裏惡劣的待遇，常常氣憤填膺。章太炎曾勸他靜下心來讀些佛經，但沒有效果。他病倒後，多次昏迷不醒。章太炎對他的病情是了解的，並且熟悉醫道，知道怎樣調理。他給鄒容診脈後開出藥方，托外麵的朋友買來黃連、阿膠等滋補藥品。當然根本治療鄒容的病需要將他帶出監獄，換個環境。章太炎多次同監獄當局交涉，但久久不獲同意，直到鄒容的病情到了十分危險的時候，監獄當局才放行。但為時已晚，在他出獄就醫的前一天晚上，服用了工部局醫生開的藥後，口吐鮮血，離開了人世。再有兩個多月，他的刑期就滿了。
監獄裏的犯人都懷疑工部局的醫生在藥裏下了毒，社會上也議論紛紛。章太炎也曾有這樣的想法，但他在後來寫的鄒容傳記裏沒有肯定地這樣說，隻是敘述了鄒容得病的起因和治療的過程，認為至少是醫生用藥不當造成的。
鄒容病死的時候，正是清明節前幾天，天寒雨濕，積陰不開。章太炎聞訊來到鄒容身邊，手撫相依為命的戰友和小弟弟的屍體，淚如泉湧卻哭不出聲來。
那時的監獄視犯人的生命為草芥，就隨便加以處置，沒有解剖驗屍的程序。因此，鄒容的死到底是不是醫生下毒所致，最終是個疑案。
在上海的革命者為鄒容舉行了追悼大會，再次聲討租界當局和清政府的罪行，輿論對監獄裏的不人道行為再次集中加以報道和批評，並一致要求改善章太炎的生活條件，還要求監獄當局允許從監外送進食物。以人道主義和保障人權自我標榜的租界當局，看到這種局麵大為驚慌，怕章太炎也像鄒容那樣死在獄中，造成更多的麻煩，就同意了這些要求。因此，章太炎在獄中的生活得到一些改善。
他得到燒飯的“美差”：所有的犯人中有八個人負責燒飯，八個人又各有分工，章太炎專管給人們打飯，這個活是很輕鬆的。而且還有一個好處在於，因為接近飯鍋，可以多吃。
這是鄒容之死帶來的好處，正如他所說：“威丹既歿，白人稍善視餘，使任執爨之役，因得恣意啖食。餘之生，威之死為之也。”