臨床治療性血管新生主要麵臨如下問題：
（1）缺乏公認的評估體係 臨床上能夠用於評估血管新生情況的方法不外乎PET和SPECT，但由於其價格昂貴，操作不便，且缺乏立體分辨力，不能鑒別內膜下與透壁血流情況，因此嚴重限製其在臨床的廣泛應用。研發經濟有效的血管新生評估方法，不但有利於治療性血管新生基礎研究，更大大改善了臨床應用現狀。Operschall等利用心導管技術在左心房注入一定數量的同位素標記微球，同時在股動脈以一定速率抽取血液樣本，采用多孔道γ分光計測定同位素微球的數量和能量水平，分析局部血流量，並采用這一技術檢測兔心內膜與心外膜血流恢複情況。近年有人用不同染料標記微球，終點時通過分光光度計測定，這種方法能夠避免放射性汙染。冠狀動脈內多普勒超聲技術可用於冠狀動脈血流速率、血流儲備及側支血流方向等研究，激光多普勒血流灌注成像可檢測淺表血流情況。免疫組化染色法以及分子生物學指標測定等方法，常用於細胞和動物實驗，由於臨床上局部標本難以取得，因此大大限製了其應用。冠狀動脈造影術可用於新生側支血管的觀察，但受到空間分辨力的限製，主觀性較強，為此Gibson及其同事提出了側支血管的判斷標準。Simons等認為非侵入性心肌灌注顯像可能成為血管新生效果評價的最好方法，因其具有獨特的立體分辨力，可用於評估透壁血流梯度、心內膜下血流灌注及灌注儲備，但仍然缺乏統一的標準。也有學者通過運動耐量實驗，生存率、健康相關生活質量評估等流行病學評估指標，間接評估血管新生的情況。
（2）組織靶向性非特異 缺血性心血管病隻存在局部組織的缺血，全身應用藥物幹預後，可能引起過度的血管生長，有誘發腫瘤和免疫異常的風險。靶向性血管新生，不但能夠減少其臨床應用的不良反應，而且可以加快局部缺血狀態的恢複和全身功能的改善。
超聲介導微泡造影劑攜藥物或基因進行缺血性疾病的治療是一種新型安全有效的靶向治療技術。Korpanty等將攜有能編碼hVEGF-165質粒的微泡造影劑經靜脈輸入大鼠體內並用超聲輻照，發現微泡組的心肌毛細血管密度和微動脈密度顯著增加，超聲微泡造影劑攜VEGF基因轉染的大鼠心肌組織內可見大量新生血管，轉染效率較高。由此可見，超聲微泡造影劑介導的基因療法治療缺血性心髒病具有新型、高效、靶向和簡便易行的特點，而且利用超聲組織定征技術還能對基因治療後心肌缺血的改善情況進行量化隨訪。Kheirolomoom等研究證明，超聲微泡也能夠攜藥物治療促進血管新生，而且發現藥物從聚合物微泡中釋放的效率，取決於藥物的脂溶性和水溶性。也有研究表明，超聲破壞微泡與幹細胞促進血管新生有協同作用，超聲微泡增效幹細胞移植治療急性心肌梗死，能更有效地改善急性心肌梗死後的心功能、促進缺血區新生血管生成，改善缺血心肌的血供。
（3）潛在不良反應的風險 治療性血管新生為缺血性心髒病患者提供了一種嶄新、有效的治療方法。血管新生是一個涉及多因素、多環節的複雜過程，從理論上講，促血管新生治療可能會刺激其他組織、器官的病理性血管形成，如加速糖尿病性視網膜病變、促進粥樣硬化斑塊內血管的生長，甚至促進潛在腫瘤的發生。有研究顯示，新生血管存在結構和功能的缺陷，如何保證促血管新生治療能夠在缺血治療部位生成結構和功能完整、穩定的新生血管網，有待進一步研究。另外，如何選擇最佳治療方法、最佳治療時機、最佳治療途徑、最佳治療劑量、最佳治療次數，從而保證促血管新生治療的安全、有效性等問題亟待解決。