冠狀動脈造影術並發症的發生取決於多種因素，包括設備、器械的質量，術者的技術、經驗和配合默契程度，患者冠狀動脈的解剖特點及左心室功能情況等。其中患者冠狀動脈的解剖特點和左心室功能好壞是導致並發症的主要因素。
冠狀動脈造影術並發症包括冠狀動脈並發症和非冠狀動脈並發症兩大類，前者有心絞痛、急性心肌梗死、急性冠狀動脈痙攣等；後者包括急性左心衰竭、低血壓、嚴重心律失常（包括室性心動過速、室顫、心搏驟停）、穿刺點血腫、動靜脈瘺、假性動脈瘤動脈血栓形成、出血、腦卒中、導管打結斷裂、感染、肝腎功能衰竭、猝死等。
預防措施：①急性心肌梗死，術前及術中保持肝素化，造影時間延長達1小時以上追加肝素2000U，另外造影時衝洗液也應肝素化，其目的是避免血栓形成；如果是因冠狀動脈內膜撕裂而引起，則應立即行PTCA。②急性冠狀動脈痙攣，發生後立即在冠狀動脈內注射100～200μg硝酸甘油或鈣離子拮抗劑（維拉帕米或硫氮唑酮），隨後可持續靜脈滴注。③心絞痛，患者術前控製好病情，有心力衰竭時控製好心力衰竭再進行冠狀動脈造影；造影過程中盡量避免和消除形成血栓或將血栓帶入冠狀動脈。④心律失常，如造影前出現頻發室性期前收縮，應給予利多卡因進行抗心律失常處理。左心室造影時出現心律失常時注意調整好導管位置，限製注入冠狀動脈的造影劑的劑量，有病態竇房結綜合征或嚴重竇性心動過緩或Ⅰ度以上房室傳導阻滯的患者做預防性心髒起搏，發生室顫時及時除顫。⑤穿刺點局部出血及血腫，仔細注意動脈的穿刺及壓迫技術，應避免患者過早下床活動，血腫太大時應重新壓迫，如不能生效可請外科會診，采取外科手段進行處理。⑥假性動脈瘤，避免穿刺部位太低而穿入股動脈分支，避免多次穿刺動脈，術後充分壓迫動脈。如出現假性動脈瘤則可在超聲引導下重新壓迫，如無效時可行外科手術處理。⑦動靜脈瘺，可采取壓迫方法使之自然關閉瘺管或在3個月後行外科手術矯正。⑧導管打結，盡量在透視指導下將導管送至心髒大血管的適當位置處，在導管推送的過程中隨時避免導管打彎，對較鬆且不完全的導管結可輕輕旋轉前送和回撤導管。