由於標準濃度的稀鹽酸不易配製，所以常用另一種方法。若配1L 0.1mol/L的Tris-HCl緩衝液，可先稱取12.11g Tris堿溶於950～970mL無離子水中，邊攪拌邊滴加4mol/L HCl，用pH計測定溶液pH至所需的pH，然後再加水補足到1000mL。
Tris-HCl緩衝液的優點：①Tris堿的堿性較強，可以隻用這一種緩衝體係配製pH範圍由酸性到堿性的大範圍pH的緩衝液；②對生物化學過程幹擾很小，不與Ca2+、Mg2+及重金屬離子發生沉澱。
其缺點：①緩衝液的pH受溶液濃度影響較大，緩衝液稀釋10倍，pH的變化大於0.1；②溫度效應大，溫度變化對緩衝液pH的影響很大。例如：4℃時緩衝液的pH＝8.4，37℃時則為pH＝7.4。所以，一定要在使用溫度下進行配製，室溫下配製的Tris-HCl緩衝液不能用於0～4℃；③易吸收空氣中的CO2，故配製的緩衝液要蓋嚴密封；④此緩衝液對某些pH電極發生一定的幹擾作用，所以要使用與Tris溶液具有兼容性的電極。
3.有機酸緩衝液
這一類緩衝液多數是用羧酸與它們的鹽配製而成，pH範圍為酸性，即pH＝3.0～6.0，最常用的是乙酸-乙酸鈉、檸檬酸-檸檬酸鈉緩衝體係。
有機酸緩衝液的缺點：①所有這些羧酸都是天然的代謝產物，因而對生化反應過程可能發生幹擾作用；②檸檬酸鹽可以和一些金屬離子如Ca2+、Fe3+、Zn2+和Mg2+等結合而使緩衝液受到幹擾。
4.硼酸鹽緩衝液
硼酸鹽緩衝液是堿性範圍內最常用的緩衝液，其有效pH範圍是8.5～10.0。但是硼酸鹽緩衝液能與很多代謝產物形成絡合物，尤其是能與糖類的羥基反應生成穩定的複合物而使緩衝液受到幹擾。
5.氨基酸緩衝液
此類緩衝液的使用範圍寬，一般為pH=2.0～11.0。常用的有：
甘氨酸-Tris緩衝液：pH=8.0～11.0（此緩衝液用於廣泛使用的SDS-聚丙烯酰胺凝膠電泳的電極緩衝液）；
甘氨酸-HCl緩衝液：pH=2.0～5.0；
甘氨酸-NaOH緩衝液：pH=8.0～11.0；
此類緩衝體係能為細胞組分和各種提取液提供更接近天然的環境。但是，此類緩衝體係與羧酸鹽和磷酸鹽緩衝體係相似，也會幹擾某些生化代謝過程。
根據具體試驗需要，緩衝液中往往加入以下成分：
（1）鹽通常用0.1～0.2mol/L KCl或NaCl來模擬生理狀況下的離子強度。
（2）螯合劑為了避免金屬離子的幹擾，應在溶液中加入特異金屬離子的螯合劑，但應注意金屬離子螯合劑同時能使蛋白酶失活。為了除去緩衝液中存在的痕量金屬離子，可在其中加入0.1～5mmol/L的乙二胺四乙酸（ethylenediaminetetraacetic acid，EDTA）。EDTA對大多數金屬離子有非特異的親和性。
（3）還原劑在細胞中有許多種還原成分，如穀氨酰胺可防止蛋白質氧化。但是一旦細胞破碎，由於和氧的接觸以及稀釋作用而引起抗氧化成分的減少，使許多蛋白質因巰基被氧化形成二硫鍵而失去活性。因此，常常通過加入β-巰基乙醇來保護蛋白質的巰基不被氧化。β-巰基乙醇一般以溶液形式貯存在4℃，其使用濃度為5～20mmol/L。在加入緩衝液中24h內， β-巰基乙醇被氧化，其後可加速蛋白質的失活。二硫蘇糖醇（DTT，一般保存在-20℃）也被廣泛用來保護蛋白質的巰基。DTT的使用濃度為0.5～1.0mmol/L，氧化後可形成穩定的分子內二硫鍵，並不危及蛋白質的巰基。在實際使用時，在蛋白質或酶液製備過程中，可用大約12mmol/L的β-巰基乙醇，而在長期儲存時可加入1～5mmol/L DTT。