在陳作新被刺的同時，梅馨指揮的部下又帶兵衝進了都督府大堂。
“叛兵來了。都督快避開吧！”一門衛飛快跑進來報告道。
焦達峰這時與同盟會員曾傑、盧性正等人正討論繼續援鄂問題，聽此稟報，他從容站身道：“我不避，餘唯有一身受之，毋令殘害我湘民。且餘信革命終當成功。”說罷，挺身來到大堂喝問道，“你們幹什麼？誰讓你們鬧事的？”
“嘿，小子，你看清了，老子是梅管帶的人。”
“啊，梅管帶，知道你們為何鬧事了，不就是他要個旅長，我沒給嘛，他為何就要大動幹戈？你們聽他的命令，做這不義之事，毀了革命共和大業，你們豈不糊塗？”
“呸，你小子乳臭未幹，當什麼都督，廢什麼話，給我把他拉出去砍了！”
“這位兄弟，有話好說嘛。為何要這樣幹？”盧性正上前勸道。
“你們都別動，我隻要他的命，你們若不識好歹，那就莫怪我不客氣。”那叛兵頭目說罷，即命眾士兵架住焦達峰，然後拉到了都督府前坪桅杆邊。
焦達峰這時仍麵不改色地說：“要殺就殺在這裏吧！”說完，從容向桅杆上的義旗敬了一個禮，叛兵即蜂擁而上將他亂刀砍死了。
其時，都督府的人，包括盧性正在內，目睹著叛兵如此殺戮暴行，卻都無法製止，因為叛兵人多勢眾，勸得不好會惹火燒身，造成更多無辜的流血犧牲，所以，大家也隻能眼睜睜地看著焦達峰被殺而死。
而對於梅馨當時為何會指揮部下殺死焦達峰一事，後人曾有過多許多分析和評論。按正常推理，梅馨和焦達峰都是留日學生，兩人同屬士官派，也同是同盟會員。既然都是革命黨人，梅馨為何會下此毒手呢？顯然，這兩人此前一定是有過矛盾的，因為梅馨沒有趕上長沙舉義，他是事後才被調入長沙接防，來省城後，梅馨看到許多人都升了官，他也到都督府找過焦達峰，要求他給個協統（相當旅長）職務。焦達峰也毫不猶豫地答允了，並說可編入第三鎮，梅馨覺得第三鎮鎮統（師長）易堂齡反正前隻是他五十標右隊的隊官（連長），地位比他低，不願接受他的指揮。焦達峰說，那就編入第四鎮，梅馨還是不願意，覺得第四鎮統閻鴻翥人不熟，難共事，所以，要求當獨立協的協統。焦達峰說，獨立協原議沒有，要商議一下再說。
這樣，梅馨一時沒討得官，心中就生了怨氣。再加上看到都督府裏一片鬧哄哄的，簡直就是一個亂局，於是出來就牢騷滿腹，向手下說，焦達峰沒有都督之才、之能、之威；陳作新不過是一個酒瘋子。隨後，梅馨與立憲派的人進行了密謀，傳聞獲某巨公贈五千銀元犒賞後即動了殺機。直接指揮士兵叛亂，從而造成了這一震驚國人的血案。而過了十餘年後，據說梅馨在上海得病臨終前，曾有人問起當年焦、陳被殺之事，梅馨後悔地說：“當時直為人作獵狗耳。”可見，在他的背後確實另有指使者，但究竟這指使者是誰，梅馨並未透露。所以，焦、陳遇害到底誰是主使者也就成了一個曆史謎案。