鴉片戰爭之後，隨著帝國主義勢力的進入，許多西方商人、傳教士和醫生來到中國，很多人紛紛設立醫療機構，擴大西方文明在華的影響。到20世紀初期，許多背景為英、美等國的醫院和醫學校已陸續建立起來。義和團運動時，一名原先在內蒙行醫的英國倫敦會醫生科克倫逃到北京開設診所。後來通過行醫關係，科克倫博得了慈禧太後及其親信太監李蓮英的好感，並得到慈禧捐助的白銀1萬兩。1906年，倫敦會與英國、美國其他5個教會合作開辦了“協和醫學堂”，這就是協和醫學院的前身。
辛亥革命前後是我國近代教育體製重大轉變的時期，封建科舉製度被廢除，近代西方教育製度被引入。就醫學教育而言，國家、地方、及私人開辦的新式醫學校陸續建立，教會及外人辦的醫學校在調整和擴充。
正值此時，遠在大洋彼岸的一位美國石油大王也對中國的醫學事業發生了濃厚的興趣，他就是大名鼎鼎的商業巨頭洛克菲勒。當時，洛克菲勒正在美國撥巨款興辦醫學事業，作為慈善投資。不久，他對東方的中國這個最後向世界開放的人口大國發生了興趣，願意投資於傳教、慈善事業和醫學教育。
為此，在1909年、1914年和1915年，洛克菲勒曾3次派出考察團到中國進行廣泛考察，考察內容包括社會狀況、教育、衛生、醫學校和醫院。最終，考察團建議在中國首都北京創辦一所高水平醫學院。根據這一建議，洛克菲勒於1914年撥款設立中華醫學基金會，全力支持這一事業。
1915年，洛克菲勒基金會以20萬美元從倫敦會購得原協和醫學堂全部產業，又以12.5萬美元購得東單三條胡同臨近王府井的原豫王府全部房地產。隨後，洛克菲勒基金會投入巨資進行新校建設。新校和醫院房屋的設計建築都由美國人負責。
從1917年到1921年，建築工程進行了4年之久。原預算為100萬至150萬美元，結果共耗資750萬美元。學校全部建築外部造型為宮殿式，畫棟雕梁，琉璃瓦頂，均為高級建築材料。優雅的環境和古典風格的建築，無不顯露出這所名校濃厚的曆史底蘊。而內部則為現代化裝備，病房、教室、實驗室等均符合實用需要。學校有獨立、完整的動力係統，電力、水暖、冷凍、煤氣、自來水、壓縮空氣係統等一應俱全。
除學校建築群之外，還在附近外交部街及北極閣兩處建有小樓30餘座供高級教職員居住；並有學生宿舍，共55幢建築。
此外，洛克菲勒基金會還為新校物色了一批教學人員，他們多數來自英、美、加拿大，其中也有一部分中國人。這是一項重要的工作，直接關係到學校的質量。從接辦到1921年期間，共聘請151名高級人員，其中外國人共123名，中國人中有25名曾在國外接受教育。
1921年9月，當新校建築完成之後，協和醫學院舉行了隆重的開幕典禮。除本校教職員工學生外，參加的還有洛克菲勒基金會和中華醫學基金會的代表、中國政府的代表和社會名流，以及世界各國的一些著名大學校長、教授和醫學團體負責人。
紐約中華醫學基金會作為洛克菲勒基金會的一個部分，成立於1914年，1928年改為獨立法人，主要是向北京協和醫學院提供資助。1951年起停止資助，1980年後重新支持中國醫學教育。除協和醫學院外，他們還對湘雅醫學院、國立中央大學醫學院、北京醫學專門學校、山東齊魯大學醫學院、上海聖約翰大學醫學院、香港大學醫學校、上海醫學院等學校給予過經濟資助，也援助過蕪湖總醫院、南京大學醫院、蘇州醫院、上海紅十字會總醫院等醫療機構。其已滲透到中國醫學事業的各個領域，對我國近代醫學教育和醫藥衛生事業有著重要的影響。
協和醫學院步入正軌後，由於受當時美國醫學教育改革潮流的影響，其辦學模式基本上是以美國著名的約翰斯·霍普金斯醫學院等為榜樣。為培養高水平醫學人才，該校實行8年學製，包括3年醫預科。在培養醫本科人才的同時，還開辦了高級護士學校。她也是我國唯一一所曆史悠久設有八年製醫學教育和高等護理教育的重點醫科大學。
北京協和醫學院的高等護理教育創辦於1920年，培養了一大批高級護理人才，她們已先後成為我國護理界的領導和中堅力量。我國第一個南丁格爾獎章獲得者就出自協和醫大。