為了明確診斷，還可以做一些實驗室檢查，如甲胎蛋白、卵巢上皮抗原ＣＡ125在卵巢惡性腫瘤可呈現陽性，子宮內膜異位症的巧克力囊腫也可出現ＣＡ125陽性，並可檢出子宮內膜抗體（ＥＭＡｂ）陽性。
妊娠合並卵巢囊腫應注意與異位妊娠（宮外孕）相鑒別。因為兩者都有停經和盆腔包塊，都可出現腹痛。宮外孕的特點是子宮增大不明顯，Ｂ超檢查可發現子宮內沒有孕囊，而子宮旁的包塊為囊性，若停經時間較長，有時可在子宮外的孕囊內見到胎心搏動。
此外，若婦科檢查時捫及子宮後上方的包塊，固定不移，則有可能是腹膜後的腫物，如多囊腎、腎腫瘤或腎下垂。
對於妊娠期卵巢囊腫的治療，應根據其性質、大小和不同妊娠期而定。若懷孕前未發現卵巢包塊，在妊娠早期出現的卵巢囊腫，Ｂ超檢查提示為液性包塊，直徑小於5厘米，應首先考慮是妊娠黃體囊腫，可觀察一段時間，一般在妊娠3個月後可自然縮小或消失。
若囊腫呈實性或混合性（即部分液性、部分實性，又稱為囊實性），應考慮為卵巢腫瘤。可通過一些輔助檢查幫助判斷是良性或惡性。如腫瘤體積較小，妊娠期增大不明顯，可定期檢查，並服用中藥或中成藥加以控製，待妊娠足月時行剖宮產，並同時切除腫瘤。如腫瘤直徑達5厘米以上，也應等待妊娠3個月後進行手術切除，盡量避免在妊娠早期進行腹部手術，以免引起流產。如腫瘤迅速增大，病人在短期內變得消瘦，有腹水，應考慮為惡性腫瘤，必須做好各項檢查，盡快手術治療。如病理檢查證實為惡性腫瘤，則不應繼續妊娠。
假如在妊娠期間發生卵巢囊腫蒂扭轉或破裂，出現劇烈腹痛等急腹症的表現，甚至繼發感染，就應立即手術治療。
對於妊娠合並卵巢囊腫的調護，著重於生活調攝，應注意休息，不宜勞累，要避免撞擊腹部，慎戒粗暴性交，以免誘發囊腫蒂扭轉或破裂。若囊腫較小，調護得當，一般都可以順利渡過妊娠期，並安全分娩。