胡耀邦還先後提出落實政策的“原則是實事求是，方法是群眾路線”，“首長負責，親自動手，全黨辦案”，“全錯全平，部分錯部分平，不錯不平”，“正確評價幹部的功過是非”等一係列指導原則，推動全國範圍的大規模地落實幹部政策、平反冤假錯案。
為在實際工作中衝破“兩個凡是”的束縛，給平反冤假錯案的工作提供具體的政策指導，胡耀邦在中組部創辦了《組工通訊》。《組工通訊》發表的第一篇文章就是《抓緊落實黨的幹部政策》。文章說：認真抓緊落實黨的幹部政策，是各級黨委當前和今後的重要任務。文章提出了落實幹部政策的五項基本要求，明確了具體的工作標準，號召“大家動手，全黨辦案”。隨後，《組工通訊》連續發表了《認真清理被指控為“惡攻”的案件》《“四清”中的錯案也應糾正》《審查結論必須同本人見麵》等一係列文章，對這類案件的處理有了可靠的政策依據。其中多篇被《人民日報》轉載，在黨內外引起熱烈的反響。
1978年5月，全國展開了關於真理標準問題的大討論，促進了全黨全國人民的思想解放，對推動平反冤假錯案和落實政策工作起到了重大的作用。1978年9月20日，胡耀邦在中央辦公廳召開的全國信訪工作會議上，針對落實幹部政策的種種阻力，強調落實幹部政策的根據是事實，旗幟鮮明地提出“兩個不管”的方針。即凡是不實之詞，凡是不正確的結論和處理，不管是什麼時候、什麼情況下搞的，不管是哪一級組織、什麼人定的和批準的，都要改正過來。胡耀邦的正確主張遭到堅持“兩個凡是”的個別會議主持人的反對，但得到大多數人的擁護。中組部的《組工通訊》發表了胡耀邦的講話全文。
為解放思想，排除幹擾，落實“實事求是、有錯必糾”的幹部政策，胡耀邦和中組部其他領導在各種會議上講話20多次，下發了40多個文件，在報刊上公開發表了10多篇文章，《組工通訊》刊出30多期近10萬字的思想性和政策性的評論。這些工作，為推動大規模平反冤假錯案營造了思想輿論氛圍，提供了政策環境。一些省市區領導幹部親自寫文章，發表講話，消除阻力，推進落實政策和平反冤假錯案的工作。幹部路線的撥亂反正，端正了人們的思想認識，為平反冤假錯案掃清了思想障礙。
（三）堅定不移地堅持實事求是、有錯必糾的原則，在實際工作中擺脫“兩個凡是”的阻撓，加快推進平反冤假錯案的工作。
麵對“兩個凡是”派的責難，胡耀邦發揮中組部的職能。在一時難以召開全國性組織工作會議，統一政策界限的情況下，中組部采取分批召開省市自治區、中央國家部委組織部長會議的變通辦法，解決落實幹部政策中的疑難案件。
從1978年2月下旬至4月下旬，中組部分三批召開了省市自治區和中央國家部委組織部長會議，稱為“研究疑難案例座談會”。這六次座談會，有148人參加，共研究了180多個疑難案例。通過分析疑難案件，與會同誌解放了思想，明確了原則，統一了認識，掌握了政策，增強了信心。這些會議精神傳達下去，有力地促進了各地各單位的平反冤假錯案的進展。一些久拖不決和難以定性的冤假錯案迅速得到解決。
1978年1月，中組部召開分配中央一級機關6000名幹部工作的座談會，胡耀邦提出要在上半年分配、安排完畢。7月，中組部按政策分配安置了中央、國家機關幹部5344名，占中央和國家機關53個單位原有的待分配幹部的87.2%。這對於當時仍受“文革”“左”的影響，受困於“兩個凡是”的各條戰線，起到了解放思想、撥亂反正的示範作用。
對於分散到各省監管勞動的大批老幹部，由於一下子全部調回的條件不成熟，胡耀邦就采取逐個請示批準的辦法，先接回來治病。中組部協同有關部門，陸續把這些老同誌和家屬接回了北京。
（四）以平反在全國有重大影響的大案要案為突破口，不失時機地把撥亂反正、平反冤假錯案的工作推向深入。
在全黨上下的共同努力下，“兩個凡是”的堅冰被打破了，平反冤假錯案和落實幹部政策有了很大進展。各地徹底平反了一些“文化大革命”中的冤假錯案，甄別和平反了在“文化大革命”中被定為“惡毒攻擊”的“反革命分子”，還為大批受株連的人、所謂“海外關係”的人平了反。這一年的撥亂反正工作還從“文革”擴展到曆次政治運動中的冤假錯案：進行了右派摘帽和複查改正錯劃右派的工作，開展了落實知識分子政策的工作，開始複查“四清”運動中的冤假錯案，著手落實農村基層幹部政策等等。在工作中，中組部先後製定了《關於正確對待被審查人員的家屬和子女問題的通知》《關於父母的嚴重曆史問題及政治問題不應牽連子女的問題的通知》《關於落實農村基層幹部政策的幾點意見的通知》等政策性文件，形成了平反冤假錯案和落實幹部政策的基本政策框架。
到1978年底，一大批中央和地方受迫害的領導幹部、知識分子、勞動模範、社會知名人士的錯案得到平反昭雪，恢複名譽，落實了相關政策。一大批幹部獲得解放，重新走上領導崗位。中央和各地也開始清理“文化大革命”中的其他反革命案件。在此期間，各單位在落實幹部政策中，還清理了幹部和群眾的檔案材料。把裝進檔案袋子裏的誣陷材料、派性材料和其他整人的不實材料統統清理銷毀，打開了捆綁人們的無形鎖鏈。
大案要案涉及麵廣，牽扯人數多，關係複雜，影響巨大，是推動大規模平反冤假錯案的重點和難點。在胡耀邦的直接領導下，1978年中組部直接辦理和複查平反了130多名副省部級以上的大案要案。最具突破意義的是複查澄清了“六十一人案” 的大錯案。這個案件是中共中央決定，毛澤東親自批準的，還專門下發了中央文件，涉及許多黨的高級領導幹部，株連麵很廣，影響很大。
1975年，鄧小平主持中央工作時就提出“六十一人案”必須解決。鄧小平恢複領導職務後，“六十一人案”的當事人及其子女多次申訴要求平反。1978年6月25日，鄧小平在一封申訴信上批示：“這個問題總得處理才行。這也是實事求是的問題。”華國鋒也指示要中組部進行複查。中組部調查組衝破阻力，經過幾個月的詳細調查，查清所謂薄一波等“六十一人叛徒集團”是一起重大的錯案，並於1978年11月20日向中央報送了《關於“六十一人案”的調查報告》。1980年4月21日，中組部根據新的證明材料，又作了進一步澄清事實的補充報告。
這一具有代表性的重大案件的平反，突破了“兩個凡是”的禁區，推動了其他一些重大案件的解決。同時，為定性為“反革命”事件的“四五運動”平反，也在黨內外幹部群眾的共同努力下有了突破性進展，成為推動大規模平反冤假錯案的又一突破口。
粉碎“四人幫”後，黨內外幹部群眾為“四五運動”平反的呼聲一直很高。但因為這個案件是毛澤東批準定性的，直接參與定案的人還身居中央領導崗位上，使這個偉大的群眾運動遲遲得不到正式平反。
隨著真理標準問題大討論的開展，從1978年下半年起，從北京到各地，公開為“四五運動”平反的活動浪潮迭起。一些地方為參加這場運動受到迫害的青年平反昭雪，北京和各地的許多報刊也公開報道了他們的事跡。1978年9月，《中國青年》複刊號冒著風險，登載了讚揚天安門事件青年英雄的文章，並因此受到中央主管領導汪東興的責難。10月，上海上演了歌頌“四五運動”的話劇《於無聲處》，觀者好評如潮。各種版本《天安門革命詩抄》，受到人們熱烈歡迎，廣為流傳。人民強烈的呼聲，推動了為“四五運動”平反的進程。
1978年11月10日，中共中央在北京召開中央工作會議，討論全黨工作重心向社會主義現代化建設轉移的問題。12日，陳雲在東北組發言，提出發展安定團結是保證黨的工作重點順利轉移的關鍵。為此，要解決“文化大革命”中遺留的一大批重大問題和一些重要領導人的功過是非問題。他列舉了應由中央給予考慮和決定的六個問題：要為薄一波等六十一人所謂叛徒集團案件平反；要為在“文化大革命”中被錯定為“叛徒”的同誌複查平反；要為陶鑄、王鶴壽的問題平反，撤銷中央專案組；要肯定彭德懷對革命的貢獻；要肯定天安門事件，是“一次偉大的群眾運動”；要批判康生等。陳雲的發言，得到與會同誌的熱烈響應。胡耀邦、萬裏、聶榮臻、康克清等在發言中，一致表示要把“文化大革命”中尚未解決的一些大是大非問題搞清楚，徹底平反各種冤假錯案。
1月15日，新華社社長曾濤等人抓住時機，以新華社的名義向海內外播發了北京市市委書記林乎加在常委擴大會議上說天安門事件完全是革命行動的消息，並加上了“受到迫害的同誌一律平反，恢複名譽”的副標題，突出了“平反”的主題。接著，11月18日，新華社又發出一條消息，《天安門事件中被捕的三百多人中沒有一個反革命分子》。同時中共江蘇省委、河南省委、浙江省委等相繼宣布：1976年清明節期間，南京、杭州、鄭州等地廣大群眾悼念周總理、聲討“四人幫”的活動都是革命行動。全國各報刊紛紛刊登宣傳“四五運動”的通訊報道和評論文章，形成了平反的巨大壓力。
11月25日，華國鋒代表中央政治局為天安門事件徹底平反，宣布了對“文革”中和“文革”前遺留的一些重大政治事件，以及一些重要領導同誌功過是非問題的平反決定；並決定撤銷中央專案組，今後不再采取專案組審查幹部的辦法；清查康生、謝富治的問題。這些決定得到與會同誌的熱烈擁護。
12月15日，鄧小平代表中央作了閉幕講話。在談到平反冤假錯案時，他說：解決過去遺留問題，糾正冤假錯案，這是解放思想的需要，也是團結的需要。目的是為了順利實現全黨工作重心的轉變。“我們的原則是‘有錯必糾’。凡是過去搞錯的東西，統統應該改正。”“要盡快實事求是地、幹脆利落地解決，不要拖泥帶水。”“要大處著眼，可以粗一點，每個細節都弄清不可能，也不必要。”鄧小平的論述，進一步闡明了平反冤假錯案工作中的一些重大的方針政策問題。
十一屆三中全會重新確立了馬克思主義的思想路線、政治路線和組織路線，使黨掌握了撥亂反正的主動權，為進一步全麵深入開展平反冤假錯案指明了方向。會議公報指出：解決好曆史遺留問題，對於進一步鞏固安定團結的局麵，實現全黨工作重心的轉變，使全黨、全軍、全國各族人民萬眾一心向前看，調動一切積極因素為四個現代化努力，是非常必要的。
四、大刀闊斧地平反冤假錯案
十一屆三中全會以後，從中央到地方都大刀闊斧地開展平反冤假錯案的工作，形成了全黨辦案的高潮。直接從事落實幹部政策的人有60萬，其規模之大，進展之快是空前的。
按照中央的部署，各單位分工負責。中央組織部主要抓兩個方麵的工作：一是麵上的落實幹部政策的部署和督促，製定政策，加強指導；二是直接複查副省部級以上幹部的案件，特別是中央專案組的案件。中共中央紀律檢查委員會設立了第二辦公室，承接“文化大革命”及建國以來重大事件的清查和審理工作。公、檢、法部門著重清理受到刑事處分的假案錯案。各地成立了以黨委負責同誌為首的，組織、紀檢、政法、統戰、民政、財政等部門領導參加的落實政策小組。建立了層層部署、逐級負責、落實到人的落實政策的組織係統。形成中央統一領導，黨委專人負責，專門班子與依靠群眾相結合，有關部門積極配合，全黨上下一齊行動的大規模平反冤假錯案的局麵。
因為落實政策涉及問題很多，工作量很大，中央要求各地區、各部門從實際出發，區別輕重緩急，妥善安排，分期分批解決。首先抓緊解決好“文化大革命”期間的案件，“文革”前曆次政治運動中遺留的問題和其他有關問題的解決，可以有計劃有步驟地穿插進行。
為加強對平反冤假錯案工作的逐件落實處理，中共中央和國務院從中央機關抽調1000多名幹部參加處理來京上訪人員的問題，並陪同上訪人員返回原地，推動各地黨政部門實事求是地解決他們的問題。
中央組織部的首要任務是接受並複查原中央專案組移交過來的大量案件。1978年12月19日，中央專案審查小組第一辦公室、第三辦公室、“五一六”專案聯合小組辦公室，宣布撤銷，所有專案材料全部移交給中央組織部。原中央專案組移交的專案材料共17349卷、391363件，涉及受審查人員共669人。其中有中央國家機關副部長及省市自治區副省長（包括軍隊中相當於這一級的幹部）以上的幹部213人，包括政治局委員10人，中央書記處成員10人，中央委員和候補中委71人，國務院副總理7人。還有一批專家、學者、工程技術人員。在受審查的669人中，定為“問題性質嚴重”或“敵我矛盾”的就有320人，占總數的47.8%。為加快平反的進程，中組部把下放到外地仍監督勞動的人全部接回北京和有關單位。對一部分領導幹部采取先分配工作，後作審查結論的辦法。還按照全黨辦案和群眾路線的原則，采取轉請本人原單位進行複查，然後送中央組織部審查，轉報中央審批的辦法，大大加快了複查平反的速度。
剛恢複的中共中央紀律檢查委員會和各省、市、自治區黨委紀律檢查機構，在黨中央和各級黨委領導下，邊組建邊開展工作。到8月份時，中央紀律檢查委員會查處或批轉了15萬多封黨員和群眾來信。據17個省、市、自治區的統計，這些地區的黨的紀律檢查委員會，配合黨委組織部和公、檢、法部門，共計受理了“文化大革命”和曆次政治運動中的申訴案件385萬多件，已經調查處理了326.8萬多件，約占受理案件總數的85％。
政法部門的複查平反工作也按中央部署緊張進行。1978年12月29日，中共中央批轉最高人民法院黨組《關於抓緊複查糾正冤、假、錯案，認真落實黨的政策的請示報告》，指出，在複查工作中，要真正做到全錯全平，部分錯部分平，不錯不平，嚴明法紀，有錯必糾。各地人民法院在黨委的統一領導下，全麵複查“文化大革命”以來判處的反革命案件和其他刑事案件。到1979年12月，全國對十年“文革”中的案件，已複查24.1萬餘件，約占總數的83%，從中糾正了冤假錯案13.13萬餘件，約占複查的54%。同時複查了普通刑事案件50.7萬餘件，糾正冤假錯案3.58萬件，占已複查總數的7%。但複查的任務還相當繁重。還有4.6萬餘件反革命案件、50多萬件刑事案件沒有複查。
由於思想路線正確，組織措施得力，落實幹部政策的平反工作進展迅速，1979年是複查平反，落實政策進展最快的一年。1980年在1979年工作的基礎上又有了新的進展。
（一）為一大批黨和國家領導人、黨政軍高級幹部及各界知名人士平反
繼十一屆三中全會為鄧小平、彭德懷等黨和國家領導人平反之後，中共中央又陸續為在“文革”中遭受迫害的賀龍、烏蘭夫、彭真、陸定一、羅瑞卿、楊尚昆、陶鑄、譚震林、蕭勁光、蕭華、楊成武、傅崇碧、餘立金、劉瀾濤，劉仁等一大批黨政軍高級幹部平反。還先後為在“文革”前就受到錯誤批判的譚政、習仲勳、黃克誠、周小舟、鄧子恢等同誌平反。一些蒙冤多年的中共早期領導人瞿秋白、張聞天、李立三等的問題也先後得到澄清，予以平反昭雪，高度評價了他們對中國革命的貢獻，恢複了曆史的本來麵目。
對於在“文革”中被迫害致死的黨的重要幹部，如：張際春、徐海東、吳芝圃、劉長勝、張霖之、王世英、南漢辰、劉裕民、廖魯言、徐子榮、胡錫奎、劉錫五、王其梅、徐冰、張經武、鄒大鵬、伍雲甫、賈拓夫、劉仁、鄧拓等同誌，黨中央都給他們開了隆重的追悼會。鄧小平、陳雲、李先念、胡耀邦等黨政軍領導人分別參加了有關人員的追悼大會，並主持或致悼詞，為他們恢複名譽。
各級黨組織還進一步對科教文衛各界的大批知名人士的問題進行了複查平反，為在華工作的外國專家和友好人士落實了政策。消除了因此造成的不良影響，提高了黨的聲譽。
（二）為“文化大革命”中受到錯誤批判的中央工作部門平反，撤銷有關中央文件
“文化大革命”中，中央的一些工作部門被指責為搞“修正主義”，17年的工作被稱為“黑線”。十一屆三中全會後，中央對這些部門的罪名予以徹底的平反，撥亂反正，撤銷了當時下發的錯誤文件。
相繼得到徹底平反的部門單位有：所謂文化部的“舊文化部”“帝王將相部”“才子佳人部”“外國死人部”的錯案，撤銷了中共中央1966年下發的《林彪委托江青召開的部隊文藝工作座談會紀要》，否定了所謂“文藝黑線”和“黑線代表人物”問題；所謂體育係統的“獨立王國”的問題，撤銷1968年5月12日對全國體育係統的“五一二命令”的報告，推倒強加給賀龍等的一切不實之詞；所謂中共中央對外聯絡部和整個外事戰線的“三和一少”“三降一滅”的修正主義路線問題；所謂全國統戰、民族、宗教工作部門“執行投降主義、修正主義路線”的問題；所謂解放軍總政治部“總政閻王殿”和“譚政反黨宗派集團”的問題；所謂中央辦公廳“檔案工作中反黨反社會主義黑線”問題等等。撤銷了1966年4月中央批發的《部隊文藝工作座談會紀要》，否定了“文藝黑線專政論”；撤銷了1971年中央批轉的《全國教育工作會議紀要》和1974年批轉的《關於河南省唐河縣馬振扶公社中學情況簡報》兩個文件，推翻了教育戰線的“兩個估計”。
對這些工作部門的平反和撤銷中央有關錯誤文件，從路線是非上進行了撥亂反正，徹底否定了子虛烏有的“修正主義”路線問題，大批因“路線錯誤”“走資派”問題受到牽連和迫害的幹部，得到平反昭雪。
（三）對全國各地在“文革”中發生的影響重大的事件、案件平反
繼天安門事件平反後，中央和各地先後為“文化大革命”中的重大事件進行複查平反。涉及全國性的重大事件如：“文革”發動時期的“彭、羅、陸、楊”冤案；鄧拓、吳晗、廖沫沙的“三家村”冤案；1967年1月上海“一月奪權”的問題；1967年春所謂資本主義複辟的“二月逆流”的問題；1967年7月的武漢“七二○事件”的問題；1978年3月的所謂“楊、餘、傅事件”問題等。這些案件都是經毛澤東親自批準或首肯的大案。
一些地方性的重大事件也得到了徹底平反。如：內蒙古自治區的“烏蘭夫反黨叛國集團”“內蒙古二月逆流”和“新內人黨”三大冤案；寧夏回族自治區的青銅峽“反革命叛亂”事件和中央《關於青海問題的決定》；雲南省“滇西挺進縱隊”和“趙健民國民黨雲南特務組計劃”兩大冤案；1975年雲南“沙甸反革命事件”；“‘東北幫’叛黨投敵反革命集團案”；“新疆馬明方叛徒集團案”；廣東省的“廣東地下黨”和廣州部隊“反革命集團案”；河北省的“冀東冤案”等等。
這些事件所涉及的人員極為廣泛。它們的徹底平反，解放了成千上萬受打擊迫害的幹部群眾。
（四）為在“文革”中被錯判的反革命案件和刑事案件平反
“文革”十年中，冤案遍地，據不完全統計，以反革命罪判處死刑的有10402人，加上其他案件，共判處死刑23921人，冤殺、錯殺的情況非常嚴重。特別是反革命案件，冤錯比例一般占40%，有些地區達60%～70%。1979年2月17日中共中央宣布撤銷導致大量反革命案件的“公安六條”。
一批反對“文化大革命”極左路線的仁人誌士被打成“現行反革命”，甚至慘遭殺害的冤案得到徹底平反。在“文化大革命”中被錯殺的優秀共產黨員、中共遼寧省委宣傳部女幹部張誌新被徹底平反昭雪，並追認為革命烈士。1979年5月25日，《人民日報》報道了張誌新同極左路線鬥爭，堅持真理的事跡，引起巨大轟動。先後被徹底平反的還有，為反對“文革”錯誤遭錯殺的青年工人史雲峰、“文革”初期因反對“血統論”而被錯殺的青年遇羅克等人。這一批勇敢地抵製和反對“文化大革命”的思想先驅者，用他們的鮮血控訴了封建法西斯的罪惡。
經過一年多的複查工作，1980年9月20日，最高人民法院院長江華在第五屆人大第三次會議上報告說，“文化大革命”期間全國經過法律手續錯誤判處的“反革命”案件共17.5萬多個，18.4萬多人，已得到平反或改正。
（五）為劉少奇冤案平反昭雪
隨著曆史上許多重大問題的澄清，一大批黨的重要領導人和高級幹部的問題功過是非得到公正解決，為劉少奇平反昭雪的問題提到日程上來了。
劉少奇冤案是中共曆史上最大的冤案。1968年10月，八屆十二中全會通過了江青、康生利用偽證炮製的《審查報告》，給劉少奇扣上了“叛徒、內奸、工賊”三頂帽子，列舉了七項“反革命罪行”，作出了“永遠開除出黨，撤銷其黨內外一切職務”的錯誤決議。
中共中央在1979年2月決定，由中央紀律檢查委員會和中央組織部對劉少奇一案進行複查。複查小組經過大量嚴密細致的取證核實工作，證實給劉少奇羅織的罪名一項都不能成立，完全是江青一夥采取逼供信的惡劣手段製造出的大冤案。1980年2月，中共第十一屆五中全會作出決議：撤銷八屆十一中全會加給劉少奇的罪名和對他的處理決議，完全推倒對劉少奇的汙蔑、誣陷、偽造的材料以及一切不實之詞，恢複劉少奇作為偉大的馬克思主義者和無產階級革命家、黨和國家的主要領導人之一的名譽。5月17日，劉少奇追悼大會在北京隆重舉行。