緊接著詔賜載垣、端華自盡，而肅順則被斬首抄家，其他五人分別革職充軍。慈禧太後以一個手無縛雞之力的婦人，使滿朝文武驚惶駭異，麵對著匍匐滿殿的文武百官，慈禧清楚地感到登上權力頂峰的快意和滿足。東西兩宮太後於十一月十一日在宮內養心殿東暖閣實行垂簾聽政，又把皇帝的年號由“祺祥”改為“同治”，寓有兩宮太後共同治理的意思。這次政變就是曆史上有名的“辛酉政變”。
慈禧太後春秋正盛，權力、物欲、情欲各方麵的需求部表示得相當強烈，慈安則恰好相反。原來鹹豐還是大阿哥的時候，原本以太常寺少卿富泰的女兒為嫡福晉，可惜她命薄福薄，在丈夫即帝位的前一年便一病不起，鹹豐即位後，便收了她身邊的侍婢為貞嬪，後來就被冊封為孝貞皇後，即現在的慈安。慈安生性柔順，又未有學問，所有奏折不但全由慈禧太後批閱，還得唇焦舌躁地向慈安解釋其中的意思，慈安覺得十分厭煩，於是凡事都由慈禧做主，她也不太過問，就這樣名義上是兩宮太後垂簾聽政，實際上成了慈禧一人獨攬一切朝政。
西太後權威雖然鞏固了，但慈禧正當壯年，守著寡，自有難言的孤獨寂寞，慈禧隻好就地取材，把滿腔欲火渲泄在太監安德海的身上。據說安德海有“嫪毐之術”，更服用了一種特製的春藥，能夠使陽道複生，於是慈禧與安德海在宮中無法無天，惹得恭親王奕、慈安、小皇帝聯成一氣，密詔山東巡撫丁寶幀，趁安德海招搖出京，路過山東的時候，抓起來就地正法，大大地傷了慈禧的心，吃了個啞巴虧。
在同治帝的成長過程中，慈禧因貪戀權勢，缺乏和同治帝的溝通，同治帝反而和慈安關係親密。1872年，同治皇帝十七歲了，照例可以大婚了，於是兩宮皇太後開始為他挑選皇後。同治帝雖然青春年少，但也懂得選擇皇後應該以德為先，加上他最敬重的慈安皇太後也非常喜歡狀元崇綺的女兒，因此，比皇帝大兩歲的阿魯特氏，順理成章地被同治帝選為皇後。原本慈禧看上的是刑部江西司員外郎鳳秀的女兒富察氏，因為同治帝和慈安意見一致，慈禧也就被迫同意了，但她對自己的這個兒媳非常不喜歡。
阿魯特氏文雅賢惠、知書達理，深得同治帝喜歡，帝後夫妻感情十分融洽。在阿魯特氏的勸導下，同治刻苦攻讀、勤於政事，有了不小的進步。皇帝大婚之後就意味著皇帝要親政，這是慈禧的心病，留戀權力的慈禧並不願意交出權力，兒子雖然是自己生的，但她早就感到同治帝和自己並不親近，他的心是偏向慈安的，就連想借選皇後來控製兒子的計劃也落空了。慈禧將滿腔怨氣都發泄到了皇後阿魯特氏身上，她甚至幹涉同治帝去皇後寢宮的次數，暗示同治帝多去富察氏的寢宮。年輕氣盛的同治對母親的橫加幹預閨房之私頗為反感，他索性後、妃寢宮都不去了，獨宿乾清宮以示抗議，使慈禧更加煩憂。繼而同治在不肖太監與無恥佞臣的引誘下流連花街柳巷，染了一身梅毒回來，不治身亡。
同治帝沒有後代，理應由他的後輩“溥”字輩中跳選一個近支皇族成員來繼承皇位，由同治帝的皇後阿魯特氏作為皇太後垂簾聽政。然而嗜權如命的慈禧怎會主動交出政權，她決定由鹹豐的侄子——醇親王之子載湉入承大統，四歲的載湉成了光緒帝。載湉是同治帝的堂弟，慈禧妹妹的兒子，一來沾親帶故，二來如果由“溥”字輩的人入承大統，慈禧就成了太皇太後，地位愈尊，與皇帝的距離就愈遠，從中操縱，多所不便。立載字輩則可仍為皇太後，可再度訓政。而皇後阿魯特氏則在慈禧的淫威下懷著同治帝的骨肉絕食殉葬了。1881年，慈安皇太後逝世，簾幕後麵就隻剩下慈禧一個人了，至此，滿清朝廷就是她一個人的天下了。
慈禧在其執政時期，麵臨內憂外患，她為了富國強兵積極推進洋務運動，果斷改變大清的規矩，大規模起用漢臣，從而創造中興局麵。沒有慈禧，就沒有洋務運動。而洋務運動是中國現代化的起始，已經是定論。
慈禧對漢臣的倚重，首推曾國藩和李鴻章。重用曾國藩鎮壓了太平天國運動，清政府才有喘息的機會和外國列強打交道。而當時與列強周旋的清廷人物首推李鴻章，李鴻章為收拾八國聯軍之役的殘局和列強周旋時累死，結束逃亡生活在回鑾途中的慈禧太後“為之流涕”，“震悼失次”。慈禧重用的漢人有不少，其中備受器重的典型人物有：曾國藩、左宗棠、李鴻章等。據《清鑒》記載，此風氣一開“白軍政吏治，黜陟賞罰，無不谘詢。故卒能削平大亂，開一代中興之局”。因而，重用漢人不僅使得很多能人誌士可以效忠清政府，更重要的是，也有效地在一定程度上化解了民族之間的傳統矛盾。
在內政方麵，慈禧是一個在各種政治勢力之間回旋縱橫的政治家，她有個基本的執政底線，即不能威脅其個人的權力。在此基礎上，她一直支持洋務派，但是又經常遭到清流派和頑固派的抵製。為了平衡朝中各派係之間的爭鬥，慈禧也是煞費苦心。中法戰爭期間，清流代表人物張佩綸高論戰事，指手畫腳，對洋務派的軍事外交政策不屑一顧。慈禧乃順勢任命張佩綸為“會辦福建海疆事宜”大臣，借以教訓他的狂妄，最後張佩綸臨陣逃跑。由於慈禧的支持，洋務運動才得以衝破重重阻力向前發展，成為中國近代化的開端。
1898年，在光緒皇帝的主導下，華夏大地進行了一場聲勢浩大的變法維新——戊戌變法，但最終變法還是在慈禧的幹涉下失敗了，清廷也失去了近代史上最後一個振興的機會。慈禧並不是一開始就反對變法，光緒皇帝在變法開始的時候，曾經頒布一個叫《明定國事詔》的詔書，這是請示過慈禧並且得到慈禧認可的。慈禧表現得相當激進，還送了六個字給光緒“今宜專講西學”。慈禧是讚成變法的，主張學西方的先進技術。