徐錫麟的行動雖得手，但革命並未成功。皇上一紙詔書，新派來的巡撫又主持了安徽省。二十八歲的陳仲甫的超前思想得到了血色的驗證。
麵對驟然而起的全省大搜捕，嶽王會總會長陳仲甫不得不又一次逃往日本避難。
這一次，他在日本待了兩年，直到宣統元年（1909年）才回到國內。他是回來為英年早逝的兄長遷葬的。陳慶元上一年猝死關外，嗣父也於上一年掛冠回籍。他要把兄長的靈柩遷回祖塋。
寓居沈陽期間，陳獨秀寫下了“倉卒北渡，載骨南返，悲懷鬱結，發為詠歌”的四首緬懷亡兄的長詩《述哀》。
其三曰：
與君為兄弟，匆匆三十年。
十年餘少小，罔知憂苦煎。
十年各南北，一麵無良緣。
其間十年內，孤苦各相憐。
青燈課我讀，文采勵先鞭。
慈母慮孤弱，一夕魂九遷。
弱冠弄文史，寸草心拳拳。
關東遭喪亂，飛鴻驚寒弦。
南奔曆艱險，意圖骨肉全。
辛苦歸閭裏，母已長棄捐。
無言執兄手，淚濕雍門弦。
相攜出門去，顧影各涓涓。
弟就遼東道，兄航燕海邊。
海上各為別，一別已終天。
回思十載上，泣語如眼前。
見兄不見母，今兄亦亡焉！
兄亡歸母側，孑身苦迍邅。
地下告老母，兒命青絲懸。
老母喜兄至，淚落如流泉。
同根複相愛，怎不雙來還？
這是一生都剛烈的陳氏寫下的一首罕見的淒婉的詩。你看，他因亡兄之去，竟然發出了“怎不雙來還”這樣痛斷心腸的感慨！
耐人尋味的是，陳獨秀灑淚賦詩祭兄長，晚年又寫過《挽大姊》的古體詩，卻沒留下哪怕一首告別幾任妻子與眾多兒女的韻句。不知因為這位大丈夫恥於表達兒女私情呢，還是因為他根本就不留戀家庭？後來，成為中共重要幹部的陳延年，每次給當總書記的父親寫信時，抬頭總是公事公辦的“獨秀同誌”而非天倫之謂的“父親大人”，實可見陳獨秀對親情的決絕使兒子受到巨大的傷害。
似乎正是這次北上為兄長遷葬，改變了陳獨秀的婚姻。
北京，對！就是北京！隻有往返途時在北京的短暫駐足，讓這個心緒黯然的人有了“變心”的時間與空間！他見到了正在京師女子師範學堂（女師大前身）讀書的妻妹高君曼。乳名小眾的小姨子與其妻大眾同父異母，乃新派女子，比陳獨秀小六歲，時已二十四歲，屬超級“剩女”。該女子在姐夫回鄉後不久，竟輟學回籍，公然與姐夫住在了一起！
姐妹倆同侍一夫的尷尬事實惹惱了安慶的陳家與高家，掛冠加籍兼著名實業家陳衍庶憤然宣布“退繼”—到陳氏祠堂裏正式解除了與陳仲甫的過繼關係，並不準傷風敗俗的“逆子”與小眾姑娘踏入自家一步！
傷心欲絕但又萬般無奈的大眾姐姐除了怨恨，還是怨恨！此時，她與丈夫的第三個兒子陳鬆年也已經出世了。
特立獨行的“逆子”在老家實在待不下去了，便索性攜愛人遠走高飛，去了杭州。
他在陸軍小學堂落下腳，成了一名普通的曆史地理教員。
在兩千多年前範蠡和西施私奔而至的天堂裏，陳獨秀過起了悠然自得的生活。那段時間，欲把西湖比小眾的陳老師，似乎沉溺在了新的戀情裏，雖“用度不豐”，但仍在給好友蘇曼殊的信中引用過唐代李商隱的詩句“新得佳人字莫愁”，可見心情不錯。之後，足足有兩年的時間，陳獨秀居然沒參加政治活動！他留給後人的，隻有一堆上佳的詩篇。
在《感懷二十首》組詩裏，第一首即下麵這首愛之短笛：
委巷有佳人，顏色豔桃李。
珠翠不增妍，所佩蘭與芷。
相遇非深恩，羞為發皓齒。
閉戶弄朱弦，江湖萬餘裏。
盡管陳氏傳記均稱“感懷”組詩如曆來文人一樣，是借寫思念女人來表達對國運之憂患。但至少這一首，我沒看出與愛國有什麼關係，倒更像是遠離了洶洶指責的情郎對愛人的纏綿贈句。
對陳獨秀乃至所有的曆史人物，肆意詆毀當然可惡，但著力拔高同樣會讓曆史走形。
幸好，武昌首義一舉成功！消沉於西子湖畔的小學老師陳仲甫如旱龍遇雨，如枯木逢春，如荒草點火，一下子振奮起來了！未久，他即接到了家鄉舊友、出身官僚家庭的革命誌士孫毓筠的邀請，攜高君曼堂堂正正回到了安慶，因為他已經被中華民國安徽軍政府的孫都督聘為了都督府秘書長！
身為皖省最有名的革命元勳，陳秘書長已經不屑於回家住了，他就在孝肅路後的宣家花園街與高君曼公開同居，誰也拿他沒有辦法了。
之後，與他共同創立了嶽王會的柏文蔚同誌接任皖省都督，陳獨秀改任省府高級顧問。後因宋教仁被暗殺，孫中山醞釀武裝反叛，被袁世凱聞知，遂將皖粵贛三省的國民黨籍都督免職，柏文蔚也下崗了。孫氏領導的“二次革命”終於爆發。安徽的獨立宣言即陳獨秀起草的。那年頭，地方政府的所謂“獨立”，往往就是對中央政府的反叛。不幸的是，討袁軍很快就敗於政府軍的彈壓之下，袁任命的新皖督上任後，陳獨秀又隻有亡命的份兒了。之前，叔父陳衍庶剛剛在生意場失利和陳獨秀“胡鬧”的雙重打擊下憂鬱而歿，棺材還放在家中，正所謂屍骨未寒，抓捕陳獨秀的大兵就衝進了陳家大洋房子。所幸他把家人都安排到了鄉下躲避，一家人才幸免於難。
咳！從清朝到民國，他總是被本省所不容的罪人。
他又一次跑到了上海。似乎心灰意冷了，整整一年，他閉門讀書，靠給報章寫文章維持生計，過得極苦。後來，他以“獨秀山民”為筆名在章士釗辦的《甲寅》上發表文章，說過滬上生活之慘狀：