如上所述，西醫對於藥物的認識是從分析其成份結構，研究他與人體細胞之間的作用等打開黑箱的實驗方法而取得的。中醫對於藥物的認識，則是采取既不打開藥物黑箱——即分析其成分，也不打開人體黑箱——解剖人體與動物試驗的方法。它主要是通過觀察和人們在醫療實踐中長期的經驗，從藥物作用於人體和人體對藥物的反應來認識的。這就需要萬千次反複實踐、對比、體驗，並以陰陽五行、髒象學說為綱領來總結和提高，進而取得理性認識。
中藥學是根據中醫的理論方法將眾多的藥物的性能歸納為四氣、五味、升降浮沉、歸經等方麵形成自己的藥理思想。
四氣又稱四性，即寒、熱、溫、涼四種藥性。溫、熱、寒、涼是春溫、夏熱、秋涼、冬寒的四季氣候反映在人體病理功能狀態下的四種模型。《本草經》雲：“療寒以熱藥，療熱以寒藥。”藥物的寒、熱、溫、涼是相對於病性的寒熱而言。凡是能糾正“寒”這樣的病理狀態的藥物，便是“熱”性藥物”；相反能糾正“熱”的病理狀態的藥物，便是“寒紮陛的藥物。而溫與熱、寒與涼性質是相似的，隻是程度上的差異，溫次於熱，涼次子寒。從效應上來說，寒涼藥屬陰多具有清熱、瀉火、解毒的作用，常於用熱證、陽證。溫熱藥屬陽，多具有溫陽、救逆、散寒等作用，常用於陰證、寒證。此外，尚有“平”性藥，指性質和平的藥物，但其中仍有微寒或微溫，故基本上仍屬四氣之內。可見，藥性“四氣”的理論，其仍然是發源於陰陽對立統一的思想。
五味是指藥物的辛、甘、酸、苦、鹹五種滋味，此外尚有淡味，但一般認為淡附於甘仍稱五味。五味不僅是藥物的化學成分刺激於人的感覺而得出的味覺，更重要的是中醫在長期的生活實踐中認識到藥物不同的味道可以在人體上引起不同的作用，並且把它分屬於陰陽不同的性質。《素問·至真要大論》說：“辛甘發散為陽，酸苦湧泄為陰，鹹味湧泄為陰，淡味滲泄為陽”，即辛甘淡屬陽，酸苦鹹屬陰。五味的作用上各有它的特性：辛味能散、能行、能潤，有發汗解表理氣開竅的作用；甘味能補、能和能緩，有補養氣血、調和脾胃的作用；酸味有收斂止澀、生津止渴的作用；苦味能泄、能燥、能堅，有瀉火、燥濕的作用；鹹味有潤燥、軟堅、散結的作用；淡味有分清滲利的作用。
在任何一味藥物中，性與味是同時存在的，共同構成藥物的性味，如溫藥中便有辛溫、甘溫、苦溫、辛甘溫等。另外，一種藥物中又同時俱有兩種或更多的味道，如五味子一藥，當真是味如其名，五味俱全。無論是性同味異，或味同性異，其作用也就有不同程度的差別，臨床用藥時更有主要是用其氣或主要是用其味或氣味俱使的方法，這樣藥物性昧的學問也就更加廣泛而深刻了。
人體的病理反應中有些如嘔吐、氣逆、喘息等是向上衝的，有些如瀉痢、脫肛、崩漏等是向下墜的，有些如發熱、汗出是向外越的，有些如表邪不解、疹毒內攻等是向內聚的。有些藥物可以發揮糾正上述向上、向下、向外、向內等方麵的病理反應趨勢。所以，中藥藥理中便產生了升、降、浮、沉的理論。升是升提，降是下降，浮是升浮，沉是泄利的意思。
藥物的升、降、浮、沉與藥物的性味常常是有規律地聯係在一起的，金代醫家李東垣說：“味薄者升而生，氣薄者降而收，氣厚者浮而長，味厚者沉而藏，氣味平者化而成。”即：辛甘的藥物多升走頭麵，酸酸鹹的藥物多降，溫熱陽性藥多升浮，寒涼陰性藥多沉降。放李耐珍說：“酸鹹無升，辛甘無降，寒無浮，熱無沉。”
藥物的質地輕重、生長的部位和趨勢也和藥物的升降浮沉每每聯係在一起。如植物的花葉及質地輕浮的藥物，大都能升能浮，而種子果實及質地沉重的藥物大都能沉能降；草木中質中空者多能走表，內實者多能走裏，枝者多能達四肢，走關節，以形治形(枝節多似關節)，皮者多能行皮膚，植物藥根多能升、稍多能降，生者多升，熟者多降。
中藥的運用多組成複方，升降浮沉又每隨藥物的配伍發生變化。如升浮藥在大劑沉降藥或鹹寒藥的引導下也隨之下達，沉降藥在大劑升浮藥的引導下也使之上升。這在組方遣藥中含有深意。具體方有其具體意義，因為並不是為專業學生而設，故略去。
另外在藥物的炮製上也可以影響藥物的升降，如酒炒則升，薑汁炒則散，醋炒則收斂，鹽水炒則下行。故李時珍說：“升者引之鹹寒，則沉而直達下焦，沉者引之以酒，則浮而上至顛頂。”
中藥學中還有歸經理論，它是研究藥物對人體不同髒腑的特殊作用的。同一熱症有肺熱、心熱、脾熱、肝熱、腎熱等等不同，其表現的症狀體征也各異，辨證論治用藥也有所區別，同時治熱證的一類寒涼藥，有些適於治心熱，如黃連；有些適於治肺熱，如黃芩；有的適於治腎中虛熱用知母、黃柏；有的適於治肝熱，如龍膽草等等。這便是因為受熱邪侵害的髒腑不同，治療的藥物也隨之有異，這便提出了藥物歸經的問題。
歸經的理論從四氣五味的理論出發，以髒腑學說為依據，又與陰陽五行學說密切聯係著。可以列出如下的藥物歸經的關係表：
色青、味酸的藥物屬木，入足厥陰肝和足少陽膽。
色赤、味苦的藥物屬火，入手少陰心、手太陽小腸。
色黃、味甘的藥物屬土，入足太陰脾、足陽明胃。
色白、、味辛的藥物屬金，入手太陰肺、手陽明大腸。
色黑、味鹹的藥物屬水，入足少陰腎、足太陽膀胱。
手厥陰心包和手少陽三焦、與足厥陰肝、足少阻膽經相通。厥陰主血，所以，入厥陰血分的藥物，也入心包絡；少陽主氣，入少陽氣分的藥物，也入三焦。六經相通，氣血相連，生生不息，構成中醫的整體係統的一個重要部分。
由此可見，中藥四氣、五味、升降沉浮和歸經的認識，都是通過藥物作用於人體而引起的反應為前提的，也是以客體與主體在互相聯係和作用的過程中以主體反應狀態為依據，客體——主體間的互相聯係和作用又以氣為基礎，以元氣的陰阻消長升降為衡量藥物性能的標準。關於歸經，中醫也引進了五色、五味、五行、五髒等的陰陽五行理論，演繹為對眾多藥物的歸經分類，這裏也反映出中醫整體觀人天相關、髒腑相關、形神相關思想在中藥學中的應用。當然，演繹法需要一個非常正確的科學前提，上述中藥學上所提到的前提隻具有統計學意義的確定性。所以，對待這些演繹推理，隻能示人以大的方法，還須靠醫生在實踐過程中進一步的認識。第五節中、西醫比較研究中的困惑
中、西醫比較研究的曆史，大體可分為四個時期：①鴉片戰爭之前，屬於前驅期。②鴉片戰爭至辛亥革命，以中西醫彙通為主線的初期研究。③辛亥革命至建國前，以中醫學的存廢為中心的激烈論爭。④建國以後；在“中謠醫結合”方針指導下的現代研究。