各種特殊檢查可以顯示人體內某些形態、生理、生化等方麵的改變。隨著現代化科學的進展，大量特異性強、敏感度高的檢查方法不斷湧現，提高了醫生的認識水平，為臨床思維提供了新線索l。有些檢查可以肯定或排除某種疾病，對臨床診斷具有重大的意義。但是這種檢查常常要求複雜昂貴的設備，有些檢查還會給病人帶來一定的痛苦或損傷(肉體上和物質上)，因此不宜普遍使用。通常是在取得臨床基礎資料，得出大致診斷情況下，有目的選擇某些特殊檢查。以驗證診斷或探求新的思路。切忌盲目濫用或片麵檢查，放鬆臨床思維過程的其他環節，患者也應注意不應盲從或某些特殊檢查，而應聽取大夫的建議或忠告。把健康人實驗室檢查的各項數據稱為正常值”並不確切，因為這些數據來自統計資料的平均值，而人的個體差異是很大的。由於環境和遺傳等因素不同，實驗室檢查數據可以低於或高於“正常值”但並不表明此時他們不正常或不健康。綜合臨床表現來看，這點無論是患者或大夫均應注意。而且因此有人建議把私正常稱“標準值”比較妥當
采取任何一項實驗室檢查之前，必須了解其意義和可能出現的技術上、操作上的誤差。任何精細的實驗室都不能完全避免假陰性和假陽性。排除這些情況的辦法，除了必要時的重複檢查外，主要應當依靠的是醫生正確的臨床思維，即對病人各方麵情況的綜合考慮和動態觀察。有時為了觀察病情的變化以便和於診治，需要定時複查某些檢驗項目，這對於判斷疾病的存在和進展情況有重要意義。
以上3方麵搜集整理資料的活動是在醫生認識的指導下進行的，它反過來又評價這種認識。邊搜集、邊整理、邊分析對照，使醫生能夠不斷豐富和修正自己的認識。為了驗證新的設想，往往又要回過頭來搜集新的資料。因此問病更、查體和實驗室檢查，既有一定的順序，又可以相互穿插應用，是一個交織進行，逐步深入的過程。
醫生對於取得的症狀、體征、實驗室結果進行深入分析、綜合評價、據此做出診斷。下診斷應力求依靠該疾病存在的直接證據。未取得直接證據，單純依靠將其他疾病排除的診斷法，一般不大可靠}同樣，在無直接證據時應用對某種疾病的特異性療法進行治療實驗，根據療效做出診斷，準確性也不易肯定，因為影響療效的因素十分複雜。因此隻是在不得已的情況下，方可采用這些診斷方法。
此外，大量臨床經驗證明，盡可能用一種疾病解釋病人的全部臨床表現，避免用不同疾病來解釋各個症狀和體征，這樣做在診斷上犯錯誤的機會比較少。但也應注意例外，當全部表現不可能用一種疾病加以概括時，就應考慮其他疾病存在的可能。
一個人的知識和經驗總是有限的，需要時時借鑒他人的經驗，了解新的學術動鑫}不斯學習薪的知識。基礎科研和臨床醫學的迅速進展，促使對臨床醫生在這方麵的要求尤為迫切。查閱文獻就是一種借鑒他人經驗，增加新知識的重要方法。醫生需要在實踐中經常有針對性她套閱書刊事以加強理論對實踐的指導作用，並由此而驗證：加深、、補充過去所學的知識，不斷擴展臨床恩也可能由此發現已有醫學理論的不足，進而提出新的科研課題乃至發現新的贏斡。
為了救治病人，醫生在取得臨床資料的基礎上，必須迅速及時地做出診斷，而疾病的多變性、個體的差異和送生的認識手段、知識經驗積累方麵的局限性都可能使診斷具有一定的不確定性。醫生應考慮到這一點。如果支持自己診斷的陽性資料較多。
(1)通過治療對臨床診斷進行檢驗，兼修正與發器。狠於各種條件，臨床診斷一般是在資料不十分充分的情況下做出來的，帶有假說的性質；即使某一診斷得到特異性檢查的證實，醫生也不可能確切知道該病在病人體內引起的全部變化；因此診斷有待於治療實踐的驗證和充實。而且做出診斷時醫生隻了解疾病的橫斷麵，即使當時的認識是正確的，也要隨著病程的動態變化而不斷發展。不少比較複雜的病情，往往在病人死後解剖時才能真正明白。所以，應當把治療看成是對疾病認識過程的繼續，醫生根據臨床診斷所采取的治療措施帶有驗證與一定試探的性質，需要按照治療中的反應對所做的診斷反複審查、評價。事實上，在治療過程中補充、修正甚至推翻原診斷的情況是常有的，醫生切忌主觀主義，固步自封，而要善於從否定自己的錯誤中求得正確診斷和治療的方案；要重視從自己和別人的錯誤中吸取教訓。
(2)製定治療方案更需要複雜的臨床思維。醫生采用治療措施，就其預期效果而言，不外乎3大類：消除病因(對因治療)，緩解症狀(對症療法)和改善一般狀況(支持療法)。醫生在製定治療方案時，必須考慮到多方麵的情況。病因、病理變化、合並症與並發症、病人心理及身體狀況甚至是否公費及自費等問題。因此與治療有關的因素遠較作診斷時多。雖然對因療法可能達到的根治的目的，在一定意義上是比較理想的療法，但綜合上述因素全麵考慮時，此類療法有時卻未必可行。在一定條件下，先行對症或支持治療會對病人更為有利；而某些自限性疾病甚至無須治療。治療應貫徹“少而精”的原則。無針對性地濫用治療措施，並不是對病人負責的表現。醫生盼任務，是要斑每一個病人製訂可行的最佳治療方案。這裏不僅要考慮近期療效，還要考慮遠期的預後影響，包括疾病的複發及播散等。醫生不僅要考慮醫學問題，還要考慮社會效益瓣遙。不僅需要醫學知識，還需要心理學、社會學、倫理學等人文科學知識。因此，製訂一個好的治療方案是一個很複雜的問題，需要做到因入而異，因病而異，因時、因地而異。比較起診斷過程來，它的涉及麵更寬，不確定因素更多，常常需要豐富的臨床經驗和社會經驗。
(3)如何對待治療的副作用？絕大多數外加的治療措施，除了治療作用以外，都會給人體內環境帶來不同程度的幹擾，其療效與剮作用是難以分開的。某些遠期的副作用往往比較嚴重，但易被忽視。因此，如何達到最好療效而設法減輕或消除其副作用及後遺症，也是治療中臨床思維的一個重要內容。目前由於某些治療措施的濫用造成的醫藥源性疾病，已成為必須予以注意的嚴重問題。隻有既了解治療措施的適用範圍，又熟知其副作用及防治辦法，並注意克服濫用治療措施的偏l句_，才能保證病人的安全。有時需要在疾病的危害與措施的副作用之間，作“兩害比較，權取其輕”的選擇。這方麵的思維法尚需探索。如何結合病人的情況巧妙地審時度勢，趨利避害，是一種藝本。有時真可以說：“運癱之妙，存乎一心。”