應用醫學中除了上述內容外，還包括在特殊情況下(如高山、太空、海底等)保護人體健康的“特種醫學”，以及專門為刑事案件服務的“法醫學”在內。“康複醫學”本身也可以視為一種特種醫學。
所有的應用醫學都必須以人體的康健與病疾的本質及其規律為依據(當然也不排除一些未被基礎醫學，但行之有效的經驗)。在現代醫學中專門研究這方麵問題的學科群統稱為：“基礎醫學”。基礎醫學在性質上屬於基礎科學，它很大程度上與生物學，特別是動物學、微生物學有很密切的聯係。因為人在生物學分類中屬於動物界，人的存活與疾病同動物，特別是哺乳動物有許多類似之處。事實上，基礎醫學經常利用動物作模型來研究生命和疾病的物質基礎，借以闡明人體的許多現象。甚至用動物試驗來檢驗各科治療措施，作為對人體實施前的準備，從而減少為了驗證某些新療法及藥品而讓病人付出不應有的代價。按理說，認識世界是改造世界的前提，但實際上基礎醫學的出現比應用醫學晚得多。自從人出現之時就有傷病伴隨，人類不得不在對生命和疾病毫無所知的情況下試探各種解除病痛的方法，醫學最初就是在這種盲目的探索中偶然取得的經驗的總結。依靠這種盲目的摸索與偶然的發現，醫學的進步當然是十分緩慢的，許多謬誤的見解和不正確的治療方法流傳幾千年得不到糾正，成功經驗的積累也很緩慢。那時的醫學主要是臨床醫學，且到17世紀以後，隨著整個科學技術的進步，醫學才開始建立了自己的實驗研究方法。這之後，直到19世紀後期，基礎醫學的主要學科才逐漸成熟，並成為現代醫學中相對獨立的學科群。所以基礎醫學有時也稱為“實驗醫學”。科學實驗的方法一旦被引進醫學研究中，醫學就開始加速其發展的步伐。與l8世紀相比較，20世紀後半葉的醫學發展速度真可以說是一日千裏。如果說l7世紀以前醫學的進步速度是以世紀為單位計算，到了20世紀中葉就需要以l0年為單位來計算。而目前則要求醫生每年不斷地更新自己的知識，隻有這樣才能跟上醫學發展的驚人速度。這突飛猛進的局麵的出現，與基礎醫學的發展是分不開的：關於這一點，從醫學諾貝爾獎獲得者的名單我們也可以看出。一般來說，這一獎項總是給予那些對醫學進步做出最大貢獻的研究工作者。從第二次世界大戰以來的40年中，除了3次之外，獲獎者均是在基礎醫學方麵取得重大研究成果的人，這就強烈地揭示出基礎醫學對整個醫學發展的重大推動作用。可以說，基礎醫學已經成為推動醫學進步的原動力。基礎醫學的內容過去曾是單一的生物科學，但是人不僅有生物屬性，還有社會屬性。特別是20世紀以來，由於物質文明的高度發展，人主要生活在自己創造的社會環境中(特別是城市中)，不再直接受風吹雨打，因此人的身心健康與疾病愈來愈受到社會環境的影響。即便是大自然的影響也要通過社會環境才能作用於人，例如嚴寒可以把人凍死，但隻有當人在室外衣不蔽體時，才會發生。又比如，結核病的流行，常常是居住條件惡劣，營養不良時才造成的嚴重後果。艾滋病的流行，也與生活不檢點有關，也有著深刻的社會原因。疾病譜與臨床相隨著社會的進步而不斷發生變化。另一方麵，由於社會的發展，車禍、自殺、肥胖、工業汙染等等危害人們健康的因素帶來了許多不能用單純的生物科學解釋的疾病。在這種情況下，為了弄清健康與疾病的本質，單純依靠生物科學已經難以繼續維持下去了。因此，社會學、倫理學、法學等人文科學也開始成為應用醫學的所需要的基礎學科；西方不少發達國家醫學院校的課程改革的主要內容之一，便是增加了許多入文科學的比重。
現代醫學，無論是基礎理論部分，還是各個部分，都離不開楣應的工程技術，例如沒有顯微鏡的發明與研究製造，就談不到在細胞水平上對生命與疾病進行研究，也就無從建立組織胚胎學與細胞病理學這樣重要的學科。化學工業的發展為醫學提供了大量不可缺少的試耕與藥品，特別是生物製品的出現，全麵推動了醫學的發展，如酶製劑對於基礎醫學，抗生索對於臨床醫學，各種疫苗在預防醫學中。倫琴l895年發現了X射線後，考使放射診斷學有可能問世。居裏夫人和她丈夫一起發現了鐳、鍍等具有半衰期的放射性元素，才使放射線治療腫瘤成為可轉現在的核醫學實際上就是在居裏夫人發現的基礎上發展起來的。應該說，各種工程技術已經成為向醫學源源不斷提供新的研究手段的堅強後盾。特別是20世紀後半葉以來，這方麵的情況有了令人注目的變化。在此之前，工程技術人員對醫學做出貢獻是他們發展自己學科中的副產品，他們研究發明的目的並不是推動醫學的發展。現在，除了製藥業對醫學發展的重要性已為人們耳熟目詳外，還出現了一大批以滿足醫學的需要為目的的工程技術人員，如許多人工器官的研製，核醫學的發展，光導纖維在臨床醫學中的應甩，許多生理勢能的測定與生化分析儀特別是電子計算機技術在中的應用，為醫學的研究與實踐提供了大量嶄新的手段l。工程技術人員的工作，對醫學鮑貢獻有時並不亞於醫學家的研究成果，儀器設備有時可以用來衡量一個醫學機構的水平。但過去在評論醫學的成就時，工程技術人員的貢獻在醫學發展中的作用往往得不到應有的估價。l979年醫學諾貝爾獎破天荒地授予了既不是醫學家，也不是生物學家的兩個人，一位是美國的物理學家科馬克，另一位是美國的電氣工程師亨斯菲爾德。他們發明了用電子計算機把x線穿透人體而造成的重疊在一起的影像展開技術，無刨傷地取得了人體橫斷麵的圖象。雖然這次授獎決定的發布時間破例地比往年延長了1個小時，但畢竟工程技術對醫學進步的巨大推動作用，第1次得到了諾貝爾獎金委員會這種權威機構的公開承認。我們可以預料，這種推動作用將會隨著科學技術的進步而愈來愈明顯。隻有把醫藥工程技術看成現代醫學的組成部分之一，才能對現代醫學的運動和發展有一個比較全麵的了解。我國設有國家醫藥管理局，如果這個機構應用得當，應當在我國醫學的發展中，成為推動其前進的一股重要力量，而不僅僅是被動地滿足衛生事業對它提出的訂貨要求。
以上的概述還沒有包括現代醫學的全部內容，隨著醫學的發展，又出現了一些不能納入上述學科門類的學科，它們構成了醫學所特有的軟科學。最早出現的當推“醫學史”，這是第一個從總體水平對醫學進行考察研究的學科，它的研究目的是揭示醫學發生發展的宏觀規律。後來又出現了“醫學倫理學”它是專門研究醫學活動中的行為規範和道德標準。“醫學論”則是把醫學作為一種特殊的科學技術現象而對其發展特點、方法論、結構體係、與其他知識領域的關係等進行考察和研究的科學。但：由於醫學研究的對象是人，因此具有與一般科學技術不同的特點。把醫生的工作作為一種社會現象，研究它在社會生活中的作用，琳為“躡學社會學”。西方許多國家的醫學院校中設醫學社會學教研組室，醫院中也有社會學者參與工作。我國也召開過醫學社會學的學術會議。這種從不同角度對醫學進行研究的學科有不斷增多的趨勢，如專門研究衛生工作經濟效益的“衛生經濟學”。而“醫學法學”則研究醫學活動中的法律問題。還有。醫院管理學”，它研究如何把各類醫務人員與有關的非醫務人員組織起來，形成以醫療為主，並能開展研究與教學工作的行之有效的集體。有人建議把這類學科統稱為私醫學”，以醫學為研究對象的科學。但也有人認為，“醫學學”隻應是把醫學作為科學技術體係而進行研究的“醫學概論”，而不應包括其他學科。盡管在這部分學科的名稱上存在爭議，但是在對醫學發展中的許多全局性的問題需要進行專門的科學研究這一點卻是一致的。這些學科都以醫學為研究對象，從不同的角度研究醫學的特色。可以預料。這種研究將更加深刻更加全麵地揭示出醫學的本質與規律，使醫學得以順剃健康地發展。雖然它們並不直接研究疾病防治問題；屬於軟科學的範疇，但是這些軟科學的建立與發展，不僅可以提高科學決策的科學性，也可以提高醫學科學工作者的科學素質，對醫學的進步應磐能起重要的作用。