高中畢業，他考取了北京大學物理係，在這裏他接受的不僅是嚴密的數學物理邏輯的思維訓練，讓自己變得更理性、更嚴謹，北大校園更是讓他感受到了什麼是崇高的敬業精神。因此與其說那是教育，倒不如說成是一種熏陶。
理性的思考加上善良的秉性，使他“不喜歡爭鬥、不喜歡暴力。”文革那年，他剛剛20歲，在那個風雨如晦的年代，在批判、鬥爭無處不在的校園，他沒有寫過一張大字報，沒有對已定為“黑幫”的老師、係主任寫過一句“批判”稿。他隻是靜觀，帶著理性；抑或還有沉思，帶著愁緒。
林金桐的學業沒有因“文革”而荒廢。11年後，他回校參加北大文革後複學的一次考試，四個係、三個年級、幾百名北大學子，林金桐考了第一名，高等數學100，普通物理99。
當研究生，他先後有兩個導師：中國的葉培大先生和英國的甘柏林教授。從他們身上，林金桐學到的不僅僅是做學問的方法、態度和精神，還有他們那種開放的、世界的眼光和智慧。葉先生的一席話就曾給過他深深的啟示，先生說：“一個人無論做什麼事情，總要留下點兒痕跡。”
就任校長不久，林金桐非常明確的提出了以改革、發展和開拓為基本理念的“四三二一”的管理思想：“四”是指大學的四項職能（培養人才、創造知識、轉化成果、交流學術），“三”是管理的三個目標（秩序、質量、效益），“二”是處理好兩類工作（日常運行與開拓進取），“一”是一切工作的前提是資金的籌措。在林金桐看來“辦大學，追求的就是四項職能，追求培養人才的數量和質量，追求創造知識的水平和影響，追求轉化成果的價值和效益，追求交流學術的層次和範圍。大學的發展就是四項職能的發展。”
在改革過程中，林金桐論述最多的是“大學想辦好，教授要負責”。
“官本位把教授理解成身份、牌子，理解成勞動分配的依據，理解成這種牌子和身份帶來的工資、房子、醫療待遇等等；我們強調教授是崗位，強調教授領導的基層學術組織是完成大學四項功能的基本單元。因此，教授作為基層學術組織的領導者，他就應該在履行四項職能方麵全麵負責。”“教授崗位就是大學的關鍵崗位，應該確立勞有所值的崗位工資。”但這同時對教授也就提出了相應的要求：“現代大學的教授，不僅要有學識，會做學問，是學術上的帶頭人；而且要有組織才能，會理財管物，能帶領並指揮一批人，形成梯隊，並且有能力保證梯隊的持續發展，隻有這種類型的教授才能擔當起辦學責任。”
對在校的大學生，林金桐希望他們能廣泛的參加社會活動，爭取各種各樣的機會來學習和培養自己，而且一定要注意積累，讓自己積累得更厚實一點、更豐富一點。他強調學生應該自己組織自己的活動。學校不要對學生管得太嚴、約束得太多。他對學生說：“究竟什麼是大學？你把在課堂上講的，該忘的都忘了，剩下的就是你的大學。”林金桐認為判斷一個大學是好是差的方法很簡單，就看她的畢業生。看她的畢業生是否優秀，是否受到了社會的歡迎，特別是要看五年、十年以後，幾十年以後，他們中是否有一些人能夠成功，能夠成為傑出的科學家、教育家、企業家、工程師、政治家等社會中堅力量。
他用理性思考、用理性辦學，用理性處事、用理性待人。他心中有一個恩格斯所說的“理性的審判台”。
“閱曆讓我從容”