當艾吉奧途徑亞平寧山脈去威尼斯的時候，他巧遇到自己因為得到貴族資助而準備把整個工作室搬到威尼斯的老朋友達芬奇。路上他們受到了羅德裏戈軍隊的阻擊，不過他們還是順利到達了佛利（Forlì），他們希望從佛利港坐船直接到他們的目的地威尼斯，可是在那裏艾吉奧得知需要通行證才能上船。正當他一籌莫展的時候。艾吉奧在近港水中一塊岩石上巧遇了遇險的佛利統治者之妻卡泰麗娜?斯福爾紮（CaterinaSforza），英雄救美後，為了答謝艾吉奧，卡泰麗娜給他乘船特許，而他們也因此順利地前往威尼斯。
到達了威尼斯的艾吉奧繼續追蹤著埃米利奧，為此他找來了另一個本地盜賊安東尼奧?德?馬吉亞尼斯（AntoniodeMagianis），在他和他學徒羅莎（Rosa）的幫助下，四年後的1485年，艾吉奧成功刺殺威尼斯一霸埃米利奧並解放了商業區。但與此同時，他發現了另外一個陰謀，聖殿騎士卡洛?格裏馬爾迪（CarloGrimaldi），他是威尼斯議會的成員之一，他想利用其身份靠近並毒殺威尼斯的總督，如果此計劃成功，另一個聖殿騎士馬可?巴爾巴裏戈（MarcoBarbarigo）即可取代他的位置成為新的總督。利用達芬奇發明的飛行器，艾吉奧成功越過地麵的層層障礙飛達總督府，但一切為時已晚，雖然艾吉奧還是殺死了格裏馬爾迪，但他也因此被汙蔑成刺殺總督的罪犯，成了整個威尼斯的通緝犯，無奈的艾吉奧隻能暫時逃離威尼斯……
從達芬奇那獲得了飛行器的艾吉奧成功闖進進了威尼斯總督府
躲了一年之後，艾吉奧在狂歡節期間回到了威尼斯，已經被全城通緝的他利用狂歡節的傳統，用麵具暫時掩人耳目繼續行動，這次他與安東尼奧和本地**首領泰奧多拉（TeodoraContanto）一起尋找刺殺新任總督馬可的機會。通過贏下一係列的比賽，艾吉奧獲得了參加總督私人派對的資格，並在那裏用達芬奇製造的袖槍殺死了馬可。至此，威尼斯僅剩下兩個同謀：西爾維奧?巴爾巴裏戈（SilvioBarbarigo）和但丁?莫羅（DanteMoro），深知自己已會成為刺客下一個目標的二人為了躲避暗殺一起躲進了威尼斯的兵工廠並找了一隊傭兵保護自己，不過在傭兵隊長巴爾托洛梅奧?德?阿爾維阿諾（Bartolomeod‘Alviano）的幫助之下，艾吉奧衝破了防守並殺死了他們倆。在西爾維奧臨死前，他道出了其實刺殺總督計劃隻不過是為了轉移刺客的視線，其真正目的就是讓其他聖殿騎士有機會前往塞浦路斯執行一個神秘的行動。
兩年之後，正當艾吉奧度過他28歲生日那天，羅莎告知他聖殿騎士的船從塞浦路斯帶回了一個神秘貨物。喬裝成其中一個護衛，艾吉奧通過追蹤包裹，最終在此遇到了羅德裏戈，而且艾吉奧還得知了這次的貨物的真麵目：伊甸的蘋果，根據阿泰爾手抄本的預言，此正是與“先知”溝通的重要道具。因父親和兄弟被殺而走上刺客之路的艾吉奧等了十年，終於有與殺父仇人羅德裏戈展開戰鬥的機會。羅德裏戈當然不會是身經百戰的刺客的對手，艾吉奧輕易擊敗了羅德裏戈，但他呼喚出城市的守衛來圍攻艾吉奧，就在這關鍵時刻，馬裏奧，安東尼奧，帕烏拉，泰奧多拉，拉?沃爾佩和巴爾托洛梅奧一起出現並保護了艾吉奧和蘋果的安全，而他們也揭開他們的真實身份：刺客兄弟會成員。最終在眾人和尼可羅?馬基亞維利（NiccolòMachiavelli）的見證下，艾吉奧結束了十年非正式刺客的生涯，正式成為了兄弟會的一員。
之前一直幫助著艾吉奧的眾人其實就是刺客兄弟會的成員
儀式完結不久，馬基亞維利帶著艾吉奧回到佛利城，並希望把伊甸的蘋果藏匿於此以便他們的盟友卡泰麗娜?斯福爾紮對其進行保護，但當二人到達那裏，發現整個佛利城正遭受凱科（CheccoOrsi）和盧多維科?奧爾西（LudovicoOrsi）兄弟所帶領軍隊的攻擊，正當艾吉奧和馬基亞維利與軍隊對抗的時候，有機可乘的凱科成功偷取了蘋果，逼迫艾吉奧隻能去追他，雖然最終艾吉奧還是捉住並殺死了凱科，但凱科在臨死前他也刺中了艾吉奧下腹，嚴重受傷的艾吉奧由於傷勢而暈倒，而蘋果也從他手中滑落，這時一個缺少一根手指的僧侶出現並在他麵前奪走了蘋果……