雖然一代傳奇終結，但不代表刺客和聖殿騎士之間的戰爭就此結束，雖然在阿泰爾的兄弟會和理查德國王的雙重夾擊之下，騎士團的力量變得無比薄弱，但對於他們來說，現在的騎士團隻不過是一個空殼而已，隻要金蟬脫殼，騎士團他日依然可以東山再起。深明此道的的最後一任公開騎士團團長雅克?德?莫萊（JacquesdeMolay）選擇犧牲自己，隨著1313年的處刑，死於火刑的雅克?德?莫萊用他自己的犧牲拯救了騎士團並且誤導了刺客，從而繼續在暗地裏繼續活動。對於表騎士團的消失，其實騎士團並不痛惜，因為他們一開始想要獲得的東西，他們已經得到了：宗教地位。隨著這幾十年的滲透，大量的騎士成功成為基督教主教甚至教皇。另外，在雅克?德?莫萊臨死前，他把他最信任的九名騎士發散到世界各地，繼續著對人類的影響。也許正如騎士團所一直追尋的那樣，隻有真正帶領人類獲得美好未來，才是他們最終的目標吧。
騎士團最後一任團長雅克?德?莫萊死後，騎士團再次轉入地下繼續得以生存
而另一方麵，阿泰爾死後，他大兒子帶著他的家人和阿泰爾的書離開邁斯亞夫並前往**亞曆山大與他兄弟的遺孀和兒子們會合。由於資料有限，對於之後德琳在**遇到了什麼或者發生了什麼，學者也乏善可陳，僅知的後續也隻有阿泰爾的後裔在**建立兄弟會**分部這一點。估計隻有更深入的調查和更多資料的出現，才可以得出更多的結論吧。
回到了阿泰爾的手抄本上，雖然阿泰爾把他重要的手抄本托付給探險家兄弟並叮囑千萬一定要藏好，然而意大利人辦事效率還是比較低下，他們一轉身就把手抄本給弄丟了，並且落入了蒙古鐵騎手中。直到1321年，尼可羅?波羅的兒子馬可?波羅才將功贖罪，在遊曆中國的旅程時，他從忽必烈（KublaiKhan）的大營中把手抄本奪回並帶到歐洲。由於騎士團此時已經重新出現並造成一定的威脅，為了安全起見，馬可波羅把手抄本委托給另一位刺客但丁?阿利吉耶裏（DanteAlighieri）和他的學徒多梅尼科（DomenicoAuditore），並讓其帶著它到巴塞羅那。
不幸的是，刺客們的計劃被聖殿騎士所發現，但丁被殺害，為了保存手抄本，多梅尼科帶著它與家人一起離開了港口，但螳螂捕蟬，黃雀在後，剛離開港口不久的多梅尼科就遭到騎士團在海上的埋伏。為了保護手抄本，多梅尼科把它拆散並分成多份藏於船上貨物之中。然而，他的行動沒有完全阻止手抄本的殘頁落入騎士團之手，大部分的手抄本殘頁被騎士團獲得，並分開收藏。
由於不肯交出手抄本，被騎士團捉住的多梅尼科和他兒子和妻子一起被扔下海，不過所幸多梅尼科和他兒子還是找到了海岸並最終生還。由於沒法保護手抄本，多梅尼科隻能回去威尼斯把他所遭遇的一切告訴他的父親和讚助人馬可?波羅。但他們還是來晚了，騎士團海上襲擊之後的三年才回到威尼斯的二人發現騎士團已經先他們一步把馬可波羅和多梅尼科的父親解決掉。不過得益於此，多梅尼科得到了馬可波羅的財產回到了佛羅倫薩買下蒙特裏久尼的別墅（VillaAuditore）並建立起了奧迪托雷家族（HouseofAuditore），最終成為佛羅倫薩貴族。盡管如此，富裕的生活並沒有讓多梅尼科忘記自己刺客的身份，他以蒙特裏久尼作為基地並訓練著他的子孫們，時刻準備著為未來與聖殿騎士的戰鬥做準備。