“純收入”任務指標用當年單位直接取得的收益數來反映。收益數按科研會計製度規定的口徑計算。收益數=科研成果收入+科技開發服務收入+產品收入+其他收入）-(這四項收入的成本、轉讓銷售費、有關稅金)。各單位的“純收入”指標，一般是按近兩年實際收益數的平均數核定。
“科技後勁投資”任務指標，用當年購置儀器、建造科研設施和智力投資總額來反映。購置科研儀器等資金的來源是多方麵的，為了便於考核和從創收中增加對科研的投入，規定以科學事業費和創收的資金投入額為準。核定該項指標，要考慮事業費和創收的多少，收益分配的比例和科技發展基金使用構成等因素。
定撥款
定撥款是指核定全額預算單位和差額預算單位的科學事業費撥款，今年撥款指標一般是在上年基數(經常經費）的基礎上增加10%。對經上級批準的新增機構經費，單位急需而又無力解決的零建和大的維修項目經費、國家規定的職工增資經費、上級下達的專項任務經費和其它有關政策性支出，要根據市財政的規定和本院的財力，另行酌情撥款。科技三項補助費和基建投資按原渠道申報解決。
定獎罰
本院提取獎勵基金比例，同科技水平、純收入、科技後勁任務指標完成情況掛鉤。全麵完成任務可從純收入中提取科技發展基金50%、集體福利基金20~25%、職工獎勵基金20~25%。在上述提取三種基金比例的基礎上，如果技術性純收入達到40%時，每增10%，可增提獎勵基金0.5%：“科技水平”實得分每超過或降低任務指標10分，可增或減提0.5%獎勵基金；“科技後勁”實際投資每超過或降低任務指標1%，可增或減提獎勵基金0.05%。獎勵基金發生增減時，相應增減集體福利基金比例。
全院職工發放獎金和繳納獎金稅，從提取的獎勵基金中支付，直接從事科學試驗和技術推廣的人員，種養植工人和試驗場人員免征獎金稅；其餘人員按全院月平均工資額四個半月發放，免征獎金稅，超發部分按規定繳納獎金稅。
今年財務包幹辦法，含在《三保一掛科技責任製協議書》中，一定三年（1988~1990）不變：在執行過程中，遇到政策變化和其它問題，需要變更協議書時，要經雙方協商一致，方可變動。
三、財務包幹的實質和尚待完善之處
我院現行財務包幹辦法，是我院財務管理體製改革的核心。所謂財務管理體製，是指在一定的生產資料所有製的基礎上財務管理體係的製度化。財務管理體係，是指機構設置、權限劃分、責任確定、利益分配、管理方式等要素的組合。其實質就是國家、集體、個人三者在整個科研經濟活動中的責任、權力、利益的劃分和結合問題。我院是全民所有製科研單位，“三定”的財務包幹中，定任務是所對院和院對國家應盡的責任；定撥款是國家給院和院給所為完成任務提供的財力條件；定獎罰是國家給院和院給所，存資金4配和使用上的權力，以及根據任務完成情況得到的經濟利益。總之，“三定”的財務包幹辦法，是把國家、集體、個人三者的責任、權力、利益結合起來的好辦法。幾年來，我院根據國家有關方針政策的變化和我院的具體情況不失時機地調整各方麵責、權、利的劃分和結合問題，改善宏觀控製，促進微觀搞活。正因如此，才取得前麵所說的顯著經濟效益。
我院的財務包幹，仍處發展階段，尚有一些需完善之處。如分類包幹搞得還不細，三種基金使用效果有待進一步提高，各獨立核算單位內部的資金管理體製和各種經濟責任製更需總結完善等。今後隨著科技體製改革的深化和科研會計製度的全麵實施，逐步完善以財務包幹為核心的財務管理體製，為不斷提高科研單位經濟效益，努力在原有的基礎上開創財務管理工作的新局麵。