新疆畏兀兒地區原屬西遼統轄，蒙古大軍橫掃天山南北，在征服西遼之後，又把新疆的大部分地區分封給察合台統治，建立了察合台汗國。此後，察合台汗國東西分裂，隨著察合台汗國的衰落，這個地區的蒙古族反而被畏兀兒族逐漸同化。畏兀兒地區處在中西交通的要道上，是蒙古軍隊曆次西征的必經之地，因而民族經濟、文化交流非常頻繁，天山南北許多原操突厥語部落之間的長期融合過程逐漸完成，近代意義上的維吾爾族在元代初步形成了。
除西藏和新疆之外，蒙古族曆次南下，先後到過四川、雲南一帶。在元代史書中，對白族、羅羅、金齒百夷、麼些、斡泥、峨昌（今阿昌族）、撬人（今獨龍族）、依人（今壯族）及土僚等眾多民族都有相關記載。元代雲南也是蒙古王室的封地之一，設立了很多軍事重鎮，而且還建立了行省，這些無疑也促進了邊遠地區的發展。
人身依附關係的加強
從奴隸社會到封建社會，人身依附關係的進一步解放是一個重要的進步。自從秦始皇統一中國、建立中央集權主義專製製度以來，隨著曆代中央集權的加強和統治秩序的完善，人身依附關係也在逐漸鬆弛。
元代以少數民族統治全國，他們在探尋統治方法的過程中，雖然有意識地學習了中原漢族先進的思想文化和統治經驗，但還是保留了很多的落後製度。這些製度與元代的等級製度和民族壓迫相結合，使得元代的人身依附關係較前代加強。
元代社會人身依附關係的加強主要有兩個方麵的表現。第一就是元代有明確的良民和賤民之分。賤民雖然不是奴隸，但其地位幾乎相當於奴隸。元代獨有的“驅口”，就是賤民階層的一個重要部分，也是人身依附較強的階層。“驅口”一般都是通過戰爭俘虜來的其他民族或國家的平民，也包含有本民族內部的破產者或者買來的人口。在元代，“驅口”主要用於家內服役，部分人從事農業、畜牧業和手工業生產。“驅口”及其子女都歸主人所有，是主人的私有財產，在法律上有“諸人‘驅口’，與財物同”的規定，也就是說政府把“驅口”視同牲畜。
“驅口”處在元代社會的最底層，他們不僅在法律上沒有任何地位，而且還不得與良民通婚，他們與主人有著非常緊密的人身依附關係。
元代人身依附關係加強的第二個表現就是投下分封製度。投下分封製度是蒙元整個社會政治製度的重要一環，其類型主要有草原兀魯思、漢地五戶絲食邑、江南戶鈔製等。
投下是指宗室諸王、駙馬外戚以及勳臣等權貴所統轄的封地及人口。由於投下領主在其屬地內有很高的政治經濟特權，因而造成了各領主橫征暴斂、肆無忌憚的壓迫製度。一般情況下，領主統領著若幹個千戶，千戶底下又有若幹百戶，其統治下的人民不能隨意遷徙，對領主保持著嚴格的人身依附關係。
驅口和投下分封製度都是蒙古族處理對外征服戰爭中捕獲的戰俘的重要方式，也是蒙古族落後保守性的表現。這種製度覆蓋麵廣，影響也很大，在很大程度上加強了底層人民對其上一層統治者的人身依附，是一種曆史的倒退。
婚姻與家庭關係
元代的各民族大融合和各地區交流的空前繁盛，這大大影響了各民族的生活習慣，尤其是漢族和北方少數民族在生活習慣、風俗禮儀、婚姻家庭等方麵互有差異而互相影響。
同時，又由於元代有著鮮明的社會等級結構和嚴重的民族壓迫，這便使得元代社會的婚姻、家庭關係等都呈現出兩重性與獨特性。
就婚姻而言，雖然有等級製度的限製，但是元代對各民族的婚姻習俗還是給予了相當的尊重。忽必烈時期還製定了專門的婚姻禮製，其中有條款說：“諸色人同類自相婚姻者，各從本俗法；遞相婚姻者以男為主，蒙古人不在此限。”可見元代統治者雖然仍懷有蒙古族至上的民族偏見，但總體上對各族婚俗還是比較尊重的。
雖然元代也有“驅口不得與其他等級通婚”的規定，體現出強烈的等級觀念。但是處在一個民族大融合的時代，元代不同民族間通婚的現象是非常普遍的。貴族階層可以通過婚姻鞏固自己的權勢和地位，普通民眾跨民族通婚也習以為常，婚姻上的結合更加加強了各民族之間文化、風俗等方麵的交流和融合。
在婚姻製度上，元代一夫多妻的現象也很普遍。不僅貴族可以妻妾成群，平民百姓也可以娶多個妻子。在蒙古人中，還有一種落後的收繼婚製，這是一種“父死則妻其從母，兄弟死則收其妻”的製度，在古代北方少數民族中比較流行，是一種遊牧民族落後習俗的殘留，這種製度對北方漢族也產生了影響。
元代的普通家庭仍然是一家一戶的小農經濟家庭，婦女仍然是婚姻家庭中的弱勢一方。雖然蒙古進入中原之初對北方漢族地區的農業生產和小農經濟造成了一定程度的破壞，但隨著蒙古統治者對農業經濟的逐漸重視，北方地區男耕女織的家庭經濟很快恢複。
總體上看，雖然等級製度和蒙古族婚俗對婚姻關係有所影響，但元代在婚姻、家庭關係上仍然主要繼承前代製度與習俗。
宗教發展的繁盛時代
在擁有廣闊疆域的同時，元代對各種宗教也采取寬容和支持的態度。作為一種重要的思想文化載體，元代富有民族性的各種宗教也都有了很大的發展。蒙古統治者在漢化的同時逐漸地接受了中原地區的佛教，元代對西藏地區的有效治理也是藏傳佛教發展史上的一個重要時期。伊斯蘭教則伴隨著回族的形成而得到了進一步的發展。中西文化交流的加強也給天主教創造了再次流傳中原的機會。所以元朝是各種宗教並存的時代。
原始宗教薩滿教
薩滿教是對原始巫教的通稱，尤其盛行於北方草原遊牧民族當中，蒙古族最初就是薩滿教的忠實信仰者。薩滿教的基本信仰觀念是萬物有靈，因此古代蒙古人對日月、水火、風雨雷電、山川土地等都保持著崇敬。出於這種自然崇拜觀念，他們認為宇宙萬物有一個至高無上的主宰者，蒙古族稱之為“長生天”。他們每天都向長生天祈禱、供獻；遇到重大事件，也要向長生天請示。
薩滿教有專門的神職人員，蒙古語稱為“孛額”，即所謂的巫師。蒙古人認為“孛額”具有能通神靈的超自然力量，是溝通人與神的中間人。每逢重大活動，蒙古人一定要請巫師作法。經過一番神秘的宗教儀式，巫師以一種所謂神靈附身的形式，對所請求的事做出回答，蒙古人認為這就是神靈的指示。
蒙古族從上到下，對薩滿教的信仰是非常虔誠的。不僅出軍打仗、國政大事等要通過巫師請示神靈；而且遇到挫折和把握不準的事情，也要通過他們聽取神靈的意見。最重要的一個例子就是關於拖雷之死的傳說。史書記載拖雷死於1232年，當時窩闊台南征北還，在途中身患重病，便命薩滿巫師做占卜。巫師認為這是金國的山川神作怪，隻有親人做替身才能免去大汗的病患。拖雷當時就隨行軍中，他作為窩闊台的弟弟，喝下了巫師念過咒的符水而死。雖然拖雷真正的死因已難以考證，但是蒙古統治者信仰薩滿教則由此可見一斑。
普通民眾也可以依靠薩滿巫師預測禍福凶吉，寄托消災避難的願望，甚至將生老病死也歸結為“長生天”的指示。所以在元朝建立之後，隨著漢化的逐漸加深，蒙古族上層接受了佛教，但是蒙古普通民眾依然是薩滿教的虔誠信徒。
喇嘛教的興盛
佛教是元代最盛行的宗教，這個時期，不僅漢地佛教進一步發展，而且藏傳佛教即喇嘛教，在中原地區，特別是在蒙古統治者上層中得到了空前地發展。