蘭開斯特軍隊為扭轉被動為主動的防守局麵，決定向山下的敵人發動反攻，雙方一直激戰到傍晚，仍不分勝負。這時，約克軍隊的後援部隊趕到，這支生力軍向蘭開斯特軍隊未設屏障的一側發動凶猛的進攻。蘭開斯特軍隊毫無預防，抵擋不住，被迫退潰。約克軍隊一直追殺到深夜。瑪格利特看到情形不對，她帶著亨利六世和少數隨從倉皇逃亡蘇格蘭。這次戰役的勝利使愛德華四世的王位暫時得以鞏固。
1465年，亨利六世第三次被俘，被囚禁在倫敦塔中，瑪格利特隻好攜幼子逃往法國。在玫瑰戰爭中這幾次大戰役中，都使用了當時特有的戰爭鬥爭，即雙方騎士徒步或乘馬進行單個分散的搏鬥。通過交戰，雙方共戰亡人數達5.5萬以上，大約半數的貴族和幾乎全部封建諸侯都死在這幾場大的戰役中。
在以後的戰爭過程中，約克派內部矛盾又開始激化起來，最高統治權曾幾度易手，集中表現在沃裏克伯爵和愛德華四世的鬥爭上。愛德華四世趁沃裏克不在倫敦之際，召集一支部隊離開倫敦向北出發，他一麵鎮壓北方叛亂，一麵迅速擴軍。沃裏克在愛德華浩浩蕩蕩的大軍麵前不得不逃亡，投靠了法王路易十一。不久，沃裏克便在路易十一的支持下，卷土重來，打回英國。這回輪到愛德華四世逃亡了，他逃到尼德蘭，依附於他妹夫勃艮第公爵查理。
1471年3月12日，愛德華四世利用英國人對沃裏克普遍反感的情緒，親率軍隊與沃裏克在倫敦以北的巴恩特決戰。愛德華四世共有9000人的軍隊，而沃裏克卻有2萬人的軍隊，由於實力懸殊很大，愛德華四世決定先發製人。他於清晨4時許，他率軍在濃霧中發起突然攻擊。沃裏克本人被殘忍地殺害，其部下戰死者也達1000人。接著在5月4日，愛德華四世又俘獲了從南部港口威第斯偷偷登陸的瑪格利特王後，將她和她的獨生幼子及許多蘭開斯特貴族全部都殺死。之後又秘密處死了一直被囚禁的亨利六世。至此，蘭開斯特家族被誅殺殆盡，隻有遠親裏士滿伯爵亨利·都鐸流亡法國，他聲稱自己是蘭開斯特家族事業的唯一繼承人。
1471—1483年，英國國內恢複了和平，愛德華四世殘暴地懲治了所有不順從他的大貴族，要麼將他們殺死要麼就驅逐出境，永世不許回來。
1483年4月愛德華四世死後，其弟理查繼承了王位，他也同他哥哥一樣，使用殘酷和恐怖的手段處決不馴服的大貴族，沒收其領地。他的這些行為，反而促使蘭開斯特和約克家族都聯合在蘭開斯特家族的亨利·都鐸周圍來反對他。1485年8月，理查同亨利·都鐸的5000人的軍隊在英格蘭中部的博斯沃爾特激戰。戰爭的緊要關頭，理查軍中的斯坦利爵士率部3000人公開倒戈，約克軍遂告瓦解，理查三世戰死，從而結束了約克家族的統治。出身於族徽為紅玫瑰的蘭開斯特家族的亨利·都鐸結束了這場玫瑰戰爭，登上了英國王位，稱為亨利七世。亨利七世為了緩和政治緊張局勢，他同愛德華四世的長女伊麗莎白（約克家族的繼承人）結婚，婚後他還將原兩大家族合為一個家族。
在這次戰爭中，蘭開斯特家族和約克家族都耗費了大量的人力物力財力，幾乎是同歸於盡了，大批封建舊貴族在互相殘殺中或陣亡或被處決，最終都是隨著戰爭的遠去而消失。新興貴族和資產階級的力量在戰爭中以驚人的速度迅速增長，並最終成為都鐸王朝新建立的君主專製政體的支柱。從這個意義上說，玫瑰戰爭是英國專製政體確立之前封建無政府狀態的最後一次戰爭，是非常有紀念意義的。恩格斯說：“英國由於玫瑰戰爭消滅了上層貴族而統一起來了。”這對於英國曆史發展來說，無疑是一件幸事。隨著政治的統一，各地區的經濟聯係得到進一步加強，封建農業開始向資本主義農業過渡，直接的結果是英國農村出現了許多資本主義農場，新興了一批與資本主義密切聯係的新貴族，他們把積累起來的資本直接或間接地投入工業生產之中，使得英國工業、手工業迅速發展起來。