亞裏士多德非常熱愛自己的老師。柏拉圖去世之後，他寫了一首情真意切的挽歌，讚頌柏拉圖是一個“壞人甚至無權稱頌的人，隻有他或者說他是第一個通過自己的生活和論證，清楚地證明了一個人可以同時既是善的又是幸福的”。然而，亞裏士多德並不盲目崇拜自己的老師，他一直遵循他說過一句後來成為名言的話——“吾愛吾師，吾更愛真理。”他雖然受到老師的巨大影響，並將許多思想繼承下來，但他著作中常有對老師觀點的批判。這種批判不僅僅是後來，即使在柏拉圖還活著的時候就已經提出來了。以至於柏拉圖經常善意地稱亞裏士多德為小駒。這個稱呼的意思是說小駒吃足了奶就會亂踢它的母親。正是這種不迷信、不盲從、敢創新、善開拓的精神使他在古代學術研究上做出了前無古人的貢獻。
在雅典跟柏拉圖學習哲學的20年，對亞裏士多德來說是個很重要的階段，這一時期的學習和生活對他一生產生了決定性的影響。在學園的20年裏，亞裏士多德廣泛涉獵了各種知識和問題，為以後成為古希臘“最博學的人”（恩格斯語）和“古代最偉大的思想家”（馬克思語）奠定了堅實的基礎。事實上，他後來的許多著作的大綱和材料都是在“阿加德米”學園擬就和積累起來的。
公元前343年，亞裏士多德收到了馬其頓國王腓力的一封信，信中寫道：“我有一個兒子，但我感謝神靈擁有此子，還不如感謝神靈讓他生於你的時代。我希望你的關懷和智慧將使他配得上我，並不負於他未來的王國。”這樣，亞裏士多德有幸做了馬其頓王子亞曆山大的老師。
做了王子的老師以後，優裕的環境、良好的學習條件為亞裏士多德施展才華提供了廣闊的天地。一方麵他用心教導王子亞曆山大，與他關係親密。亞曆山大喜歡讀荷馬史詩，亞裏士多德就親自在荷馬史詩上做了注釋，贈給了亞曆山大。而亞曆山大把老師親自注釋的書視為珍寶，在遠征期間也常帶在身邊，閑暇時拿出來閱讀。在探討哲學問題時，亞裏士多德允許亞曆山大發表自己的見解，在思辯哲學的許多問題上，他們有著一致的意見。
在教育王子的同時，亞裏士多德繼續研究哲學和各類科學。學生的地位為老師的科學研究提供了充足的經費和數目可觀的為科研服務的奴隸。為了搜集材料，亞裏士多德閱讀了大量書籍，並經常通過各種途徑從養蜂人、漁夫、獵人、牧人以及從事農業的人那裏獲取各種信息。他的學生顯然給他提供了不少方便，即使亞曆山大遠征時期，在戎馬倥傯之中，仍忘不了老師的科學研究。他命令自己的部隊，所到之處凡是發現了什麼有關動物和植物稀奇古怪的材料，必須把原物交來或將該物繪圖，詳細描述，然後一並寄給亞裏士多德。這就使亞裏士多德擁有大量實物標本和一般人不可能得到的第一手資料，為研究提供了良好的條件。
在亞曆山大遠征的前一年，即公元前335年，亞裏士多德回到了雅典，在呂克昂創辦了一所學校，並在那裏講學。呂克昂是過去的王朝為訓練新兵而建立的遊樂場。它包括一座神廟，許多林蔭路，有樹木、噴泉和廊柱。呂克昂學校創辦之後，這裏便成為亞裏士多德和他的學生們的樂園。這所學校沒有考試，不製定教學大綱，每天，當太陽升起的時候，亞裏士多德開始向學生們授課；而當夜幕降臨的時候，又給一般民眾講演。他口才很好，講課時條理清楚，談話時富有說服力，機智鋒利、妙趣橫生。他也喜歡一邊講學一邊散步，因而得名為“逍遙派”。與柏拉圖的學園相比，它更注重實際，研究問題更注重提出疑難，注重多方麵收集材料、嚐試和探索。
隨後的12年他一直居住在雅典，這一時期與亞曆山大軍事征服的生涯大體相吻合。亞曆山大並沒有向老師請求指教，但是卻慷慨地為他提供研究經費。這在曆史上也許是科學家從政府得到大批研究經費的頭一個先例，也是隨後幾個世紀中的最後一個事例。但是伴君如伴虎，亞裏士多德的民主思想不合亞曆山大的口味。一方麵，這位獨裁者曾因懷疑亞裏士多德的侄兒反叛而將其處以死刑，估計亞曆山大不是沒考慮過要把亞裏士多德也處以死刑。另一方麵，亞裏士多德又因為與亞曆山大交往密切而得不到雅典人的信任。公元前323年亞曆山大去世時，雅典爆發了反馬其頓運動，亞裏士多德被指控為犯有“瀆神罪”。亞裏士多德想起了76年前蘇格拉底的命運，借口他不會給雅典第二次機會來犯下攻擊哲學的罪行而逃離雅典。幾個月後他在流亡中喪生，終年62歲。