（2）水體汙染 水體汙染的類型很多，有些汙染物（如氮、磷）在水中含有一定濃度，對農作物生長有利，但如含量過高，也會造成危害。耗氧有機物排入水體後即發生生物化學分解反應，消耗水中的溶解氧。魚類在水體中生存所需最低溶解氧量為4mg/L，否則各類魚就會發生不同程度的反應，當溶解氧量降低到1mg/L時，大部分魚類就要窒息死亡。當水中溶解氧消失時，水中厭氧細菌就開始繁殖，有些有機物可能被分解釋放出甲烷、硫化氫等有毒氣體，則更不適合魚類的生存。
（3）土壤汙染 有些汙染物（如人工合成的化學物質、某些重金屬等）是植物生長的非必需成分，超過某種含量就危害農作物的生長發育。還有固體廢棄物包括工業固體廢棄物、生活垃圾、糞便和汙泥等，不但侵占了大量耕地，也對環境造成了汙染。土壤對汙染物有一定的淨化和緩衝能力，但超過一定限度就會使農作物受害。其後果是土壤環境惡化，如長期使用汙水灌溉，可能導致土壤酸化或堿化，重金屬在土壤中積累，有機化合物對土壤毒化，有害微生物汙染土壤使其成為病原菌的傳播地等，這些均會危害農作物生長、發育，造成減產。
2.農業內源汙染
（1）農藥汙染 在農田噴施農藥時引起汙染。如農田噴粉劑時，僅有10%的農藥附在植物體上，噴施液劑時，僅有20%的農藥附在植物體上，其餘有40%～60%降落於地麵，有5%～30%漂浮於空中。落於地麵上的農藥又會隨降雨形成的地表徑流而流入水域或下滲進入土壤。環境中的農藥通過各種渠道進入人體，其中通過食物進入人體的農藥量占農藥總攝入量的84.5%，其餘是通過呼吸和飲水進入人體的。
（2）化肥汙染 氮肥中的銨離子在土壤中會在硝化細菌作用下釋放氫離子，導致土壤酸化，而且銨離子置換土壤膠體上的鈣離子，破壞土壤的結構。土壤和作物體中積累大量的硝酸鹽，這些硝酸鹽進入食物鏈和人體後，在細菌作用下變成亞硝酸，亞硝酸同血色素結合，使血液喪失運輸氧氣的功能，嚴重時造成窒息甚至死亡。亞硝酸還可進一步形成亞硝胺，這是一種致癌、致畸、致突變物質。亞硝酸在反硝化過程中形成的氧化亞氮是一種破壞臭氧層的氣體，未被作物吸收的氮素隨地表徑流和灌溉水淋洗進入水體，成為水體富營養化的主要汙染源之一。
磷元素易被土壤固定，因此其汙染不顯著。另外，超量施用磷肥會造成少量磷肥流失進入水體，而磷元素往往是大多數水體富營養化的限製性元素。
（3）畜禽糞尿汙染 隨著養殖業的發展，加快了由傳統的分散飼養向集約化規模經營的進程，並逐漸脫離農業區和牧區，而集中在城鎮郊區，造成了種植業和養殖業的分離。養殖場產生的畜禽糞尿，未經處理而長期堆放，會隨著降水進入地表水體，使水體中生化耗氧量（BOD）和化學耗氧量（COD）等汙染物的含量急劇上升，造成水體汙染；畜禽糞尿的惡臭氣味，也汙染了周圍的大氣環境。此外，畜禽場附近還是蚊蠅孳生的地方，糞便不但本身含有大量的病原微生物，而且這些病原微生物還會通過蚊蠅傳播到更廣的範圍。未經處理的畜禽糞便直接施入農田，這些畜禽糞便含有病原菌或藥物殘留及抗生素等，造成對農產品的汙染。