要在尊重農民意願的前提下，探索合理、多樣、簡便的個人繳費方式。農民個人繳費應於前一年11月底前完成。縣、市兩級財政補助資金，於前一年12月底前到位，甘肅省財政補助資金在市、縣資金和農民個人繳費到位後及時撥付。確保合作醫療運行周期與財政年度運行周期一致。各級財政補助資金必須納入同級財政年度預算。各試點縣（區、市）要嚴格按照甘肅省財政廳、省衛生廳製定的《甘肅省新型農村合作醫療基金管理暫行辦法》，加強對合作醫療基金的管理。新增試點縣（區、市）試點工作一開始，就要招標或協商確定一家國有商業銀行或農村信用社作為新型農村合作醫療基金代理銀行。縣級財政部門要在代理銀行開設“合作醫療基金財政收入專戶”，用於對合作醫療基金收入實行專戶儲存管理。縣（區、市）新型農村合作醫療經辦機構在代理銀行開設“合作醫療基金支出專戶”，用於基金的日常結算和管理。新型農村合作醫療基金的支出嚴格實行經辦機構、財政雙印鑒管理。真正實現合作醫療基金收支分離，管用分開，封閉運行。堅決杜絕擠占、挪用合作醫療基金或用於平衡財政預算。
（四）全麵推進農村貧困家庭醫療救助製度
2006年甘肅省將普遍建立起農村醫療救助製度。各地要將醫療救助製度與新型農村合作醫療製度有機結合，資助農村五保戶、軍烈屬、貧困家庭、獨生子女領證戶和二女結紮戶中的貧困戶參加新型農村合作醫療，努力提高特殊人群、貧困家庭參合率，做到應保盡保。同時對因患大病嚴重影響其家庭基本生活的農民給予救助。各地要進一步加大投入，多渠道籌措資金，動員全社會力量積極支持農村貧困家庭的醫療救助工作。
（五）加快農村醫療衛生服務體係和網絡建設
要鞏固和健全縣、鄉、村三級醫療衛生服務體係和網絡。到2010年在全省建立起基本設施齊全的農村衛生服務網絡。農村衛生服務體係建設，要統一規劃、分級負責；優化布局、整合資源；深化改革、配套推進。要以加強鄉鎮衛生院建設為重點，各級政府都要增加投入，落實建設資金，加快建設進度。要在全麵完成鄉鎮衛生院上劃縣級管理的同時，認真落實鄉鎮衛生院工作人員的報酬和待遇，尤其是承擔公共衛生職能的人員要做到全額撥款。要強化鄉村一體化管理，使其在新型農村合作醫療試點中發揮出積極作用。要依法加強對農村衛生機構、從業人員和衛生技術等服務要素的準入管理。要加強醫療服務質量監管，重點加強對農村衛生機構醫療操作規程、醫療服務價格、合理用藥情況和一次性醫療用品、醫療器械消毒情況的監督檢查，規範醫療服務行為。要加快農村衛生體製改革，打破部門和所有製界限，綜合利用醫療衛生資源。理順鄉鎮衛生院管理體製，完善內部運行機製，引入競爭機製，完善配套製度。要加快推進建立適合農村實際的藥品供應網絡和監督網絡，減少中間環節，降低藥品價格，確保農民用藥安全。要發揮中醫藥在新型農村合作醫療中的作用，積極運用中醫藥為農民提供服務。要建立城市衛生支援農村衛生的長效機製，實行城市醫療衛生機構對口幫扶縣鄉醫療衛生機構的製度，為農村培養出留得住的適用型人才。
（六）加強經辦機構能力建設，全麵提高管理水平
各級經辦機構的設立要堅持精簡、高效的原則，編製由同級政府從現有行政或事業編製中調劑解決。隨著試點縣和參合農民的增加，2006年市（州）必須成立新型農村合作醫療製度的領導機構和辦事機構，全麵擔負起本地區合作醫療試點工作的管理，研究解決試點工作中存在的問題。市級經辦機構人員原則上為3~5人；縣級經辦機構人員的確定原則，10萬人以下的縣4~5人，10萬~30萬人要有5~6人，30萬人以上的要有6~7人；鄉級要有專人負責管理，具體定員由試點縣確定。要選擇業務熟悉、工作能力和責任心強、辦事公道正派的人員充實到經辦機構。市、縣兩級財政要安排本級經辦機構的工作經費和啟動經費。要真正做到有人管事和有錢辦事。同時，要加快經辦機構信息網絡化建設步伐，信息網絡化管理，對於降低工作成本，提高工作效率和信息傳遞的準確性、及時性發揮重要作用。各試點縣（區、市）要進一步加大工作力度，盡快實現縣域內合作醫療信息網絡化管理，實現縣級經辦機構與定點醫療機構間網上傳輸數據信息，實行網上監督和管理。
（七）建立多層次監督機製，強化社會監管
要實行省市縣三級分層管理督導機製，尤其要靠實市州政府對新型農村合作醫療的管理職責。2006年開始每個市州都有3個以上縣（區、市）開展新型農村合作醫療試點工作，各市州新農合經辦機構要切實加強對本地區試點工作的監督和指導。定期對本地區試點工作進行調研和評估，並向省合作醫療管理辦公室提交相關報告，針對試點工作進展情況和存在問題，提出改進意見或建議；督導檢查試點縣（區、市）醫療機構服務行為和服務質量等。試點縣（區、市）要充分發揮監督委員會的作用，定期檢查、監督合作醫療基金的使用和管理情況。要將基金收支和管理情況納入同級或上級審計部門的年度審計，定期開展審計工作，並公開審計結果。要將參合農民醫藥費用報銷情況作為村務公開的重要內容之一，建立規範的公示製度，定期進行公示，接受群眾監督，要讓公示欄真正成為農民群眾的明白欄、放心欄、監督欄和宣傳欄。各級經辦機構要成立相應的新型農村合作醫療專家技術指導組，加強技術指導，促進新型農村合作醫療各項重大政策和措施的落實。