試點工作開展以來，全國30個省、自治區、直轄市有310個試點縣（市），其中，中西部地區22個省、自治區、直轄市共有233個試點縣（市），覆蓋農業人口6331萬人，實際參合農民4524萬人，平均參合率為71.5%。2003年甘肅省已試點的5個縣農業人口81.3萬人，實際參合農民71.2萬人，平均參合率為87.5%，高於全國和西部地區平均參合水平。截至2004年9月30日統計，5個試點縣共籌集合作醫療基金2429.2萬元，參合農民因住院及體檢共報銷醫藥費用763.68萬元，占統籌資金的54.6%，與全國報銷比例基本持平；共籌集農民家庭賬戶基金1030.4萬元，報銷門診醫藥費用408.4萬元，占家庭賬戶基金的39.6%。參合農民中有10741人得到了住院補助，人均住院補助735.3元，占住院總費用的27.5%，與全國水平27.25%基本持平。參合農民中平均有1.5%人次住院就醫，與參合前農民住院就醫相比，提高了近0.4個百分點。通過對定點醫療機構加大監管力度，5個縣參合群眾在各醫療機構住院人均費用從2750.9元下降為2673.2元，下降了2.8%；平均住院報銷費用從640.5元上升為735.3元，上升了14.8%。以上數據分析可以看出，農民就醫的經濟負擔有所減輕，農民就醫的比例有所提高，農民住院的費用有所下降，參合農民對新型農村合作醫療製度是滿意的，試點工作取得了初步成效。概括起來主要有以下幾點基本經驗。
一是形成了各級黨委、政府統一領導和相關部門協調配合的工作機製，為試點工作提供了有力保證。一年多來，各級黨委、政府切實把這項民心工程抓到手上，以高度的政治責任感和使命感，努力把開展試點工作作為關心農民、造福農民，努力提高農民健康水平，促進當地經濟社會協調發展的重要事務來抓。與此同時，加強部門協調與溝通，形成了齊抓共管的工作機製，推動和促進了試點工作的健康穩步向前發展。
二是深入細致地開展形式多樣的宣傳教育活動，試點工作得到了廣大農民群眾的積極參與。各地在堅持農民自願原則的基礎上，普遍重視宣傳發動工作，努力營造正確的輿論導向。從實際效果來看，通過廣泛深入、形式多樣的宣傳活動，有效地增強了農民的自我保健意識和互助共濟意識，不斷地提高了廣大農民參合的積極性和主動性。
三是堅持從實際出發，在試點中不斷調整和完善實施方案，是試點工作取得成效的關鍵所在。各地結合當地經濟發展水平、農民經濟承受能力和醫療供需狀況，製訂了符合實際、科學規範的試點方案，並針對實踐中發現的問題，對試點方案不斷地進行調整和完善，從而保證了試點工作健康穩定發展，取得了較好的效果。
四是健全監管機製，加強民主監督，是做好試點工作的重要舉措。各試點縣認真落實國家和省上關於加強合作醫療基金監管的有關要求，對統籌基金實行縣級統一核算、收支兩條線、專戶儲存、專戶管理。為保證基金安全，各試點縣積極采取措施，發揮監督委員會的作用，定期開展監督檢查；將試點工作納入各級人大對政府依法監督的範疇，實施依法監督；發揮專業審計部門的監督作用，加強基金監管；實行社會公示製度，接受群眾和社會監督；主動接受新聞輿論監督，確保了基金使用的公開性和公平性。
五是積極改善農村醫療衛生條件，不斷提升衛生服務能力和水平，是建立新型農村合作醫療製度的支撐基礎。在積極推進試點工作的同時，各地大力推進農村衛生服務體係建設，深化農村衛生改革。年內基本完成了鄉鎮衛生院的上劃工作，不斷強化鄉村衛生服務一體化管理，多方籌措資金，加大鄉鎮衛生院建設力度，著力提高縣、鄉、村三級衛生組織綜合服務能力，為新型農村合作醫療製度的建立打下了良好的基礎。
在總結經驗、肯定成績的同時，還必須清醒地認識到建立新型農村合作醫療製度是一項長期、複雜的社會係統工程，涉及麵廣、政策性強、製約因素多，隻有通過認真試點，發現和解決問題，才能保證這項製度的健康持續發展。試點中還發現存在以下問題：一是基金管理和運行程序存在漏洞，沒有完全封閉運行。目前甘肅省有的試點縣定點醫療機構還沒有實行直接報銷，仍采用經辦機構直接進行審核和現金結算，沒有真正實現基金封閉運行，基金管理存在安全隱患，同時也不方便農民群眾發生住院醫藥費用的報銷。
二是對醫療機構的監管和費用控製缺乏有效的措施。有些定點醫療機構不同程度地存在不合理用藥和不合理檢查的問題。不少處方藥物和檢查項目超出基本用藥目錄和規定項目，無形中增加了群眾就醫的經濟負擔。
三是合作醫療基金沉澱相對較多。截至目前，有的試點縣仍沒有啟動門診報銷程序，基金沉澱過大，影響到參合群眾的受益麵，不利於合作醫療製度持續穩定的發展。