然而，知識分子又怎麼能夠離開書籍、離開知識、離開文化呢？麵對黑色恐怖，朝廷中再也聽不到反對意見了，民間的學術研究也戛然而止，輿論界除了頌聲大作之外，是一片沉默。不過，也有些人在黑雲壓來之際，憑著良知和責任，冒著生命危險，做了些有功於千秋萬代的事情。秦始皇在焚書，一些知識分子卻在藏書。他們所以敢於與秦始皇對著幹，是他們不相信黑色恐怖能永遠吞噬這個宇宙。知識就是力量，知識使他們透過陰霾看到了希望，他們要與知識一起去迎接那不知何時才能到來的光明。
孔鮒是這類知識分子的代表。他是孔子的後代，帝國建立之初，秦始皇為了籠絡知識分子，給他戴了頂“魯國文通君”的高帽，以示對孔子的尊崇。可是焚書令下來之後，他首當其衝成了受害者。魏國的大名士張耳對孔鮒說：“秦始皇打算消滅前人留下的典籍，您卻是書籍的主人，恐怕太危險了！”孔鮒說：“我不想搞秦始皇讓我們搞的‘有用之學’。了解我的才是真正的朋友，秦始皇不是我的朋友。當然，現在我的處境很危險，目前當局下決心求天下之書而焚之，如不交出藏書，將要大禍臨頭。但我仍打算把書藏起來，到非交不可時再說。”於是把《論語》、《尚書》、《孝經》等經典著作藏在牆壁中，然後隱居嵩山叢林中，堅持做傳播文化的工作。到了秦二世時，昏君暴虐無度，終於暴發了陳勝、吳廣的大起義。孔鮒投奔了起義軍，參加了反抗暴秦的鬥爭。
焚書的濃煙還沒有消散，“坑儒”的慘案又在焚書的第二年，即秦始皇三十五年（公元前２１２年）發生了。事情的原因很簡單，它不過是秦始皇及其官僚集團鎮壓知識分子政策的有機的一環。但此事的導因卻需詳細講述一番。
秦始皇三十三年（公元前２１４年），他在齊魯大地巡遊時，曾把求仙人和不死藥的任務交給了博士盧敖等人。這實在是對知識分子們開的一個大玩笑，因為凡是用理性思考的人，誰也不會相信有仙人和不死藥之類的東西存在。戰國時代的諸子百家，雖然自是而相非，但沒有哪家是專講神仙怪異之事的。然而在秦始皇的淫威之下，無論什麼荒誕不經的事情都必須一本正經地照辦，否則後果是不堪設想的。
為了應付這個差使，派去求仙人和不死藥的人隻好編造一個又一個的謊言去搪塞秦始皇。
秦始皇三十五年（公元前２１２年）。盧敖等人入海求仙回來，自然一無所得，為了向秦始皇交差，盧敖對秦始皇說：“臣等尋求奇芝仙藥常常空手而歸，似乎有個神秘的東西在作祟。正午時分，人主時不時地要暗自四處躲避惡鬼作祟。避開惡鬼，‘真人’才能降臨。如果人主居住之處讓人臣知道的話，那就會傷害人主的精神。所謂‘真人’，就是能夠入水淹不死，入火燒不壞，淩雲駕氣，與天地永恒地存在下去的人。現在陛下治理天下，未能清心寡欲。我們希望陛下所居之處別讓任何人知道，然後不死之藥才能找到。”
盧敖這番話，一半是鬼話，一半是人話。盧敖等人早已知道沒什麼不死藥，更沒什麼長生不老的“真人”，為了迎合秦始皇的口味，隻好胡謅些這類的鬼話。說這番話裏麵還有人話，那是盧敖等人想借機勸諫秦始皇收斂一下那無限膨脹的欲望，以清心寡欲之心治天下；這倒是擊中了秦帝國一切問題的要害。因為隻有清心寡欲才能不大興土木，才能不窮兵黷武，才能拯民於水火，才能天下太平。大思想家老子早就說過：“治大國若烹小鮮。”意思是說一個大國的統治者千萬別窮折騰，否則就會搞得天怒人怨，身敗名裂。而要避免這一惡果，靈丹妙藥就是清心寡欲。
遺憾的是，秦始皇此時正五內俱熱，如何能吃得了“清心寡欲”這副涼藥，所以他把人話當成了耳旁風，反倒對鬼話信以為真。聽了盧敖這番話，秦始皇說：“我正要成為這種‘真人’。”從此他宣布自稱“真人”，不再稱“朕”了。然後，又下令：首都鹹陽方圓２００裏內的２７０座宮殿全都用暗道連通，用帷帳把門窗遮得嚴嚴的，各宮之內都懸鍾立鼓，讓眾多美女住在其中，任何人不得隨便更換住處，也不讓任何人琢磨到他的住處。如果有人膽敢泄露他的住處，殺無赦！
自從聽了博士們的“真人”之論，秦始皇求仙之心反倒更加急切了，他決定把此事作為壓倒一切的頭等大事來抓，難道還有比讓他長生更重要的事情嗎？
博士們見此實在是叫苦不迭。他們沒想到勸諫秦始皇清心寡欲的意圖落空了，而他們胡謅的話反而激起了這位皇帝對求仙的更大興趣。皇帝越是對此感興趣，被派去搞不死藥的盧敖等人越是感到要大禍臨頭！他們知道，如果有一天秦始皇的希望落空，將會如何！而這一天越來越迫近了。於是，盧敖扣侯生商量說：“秦始皇天生是個剛愎自用的人，自從他以一國之力兼並天下之後，總覺得自己事事順手，處處得意，從古到今，無人能夠在他之上，建國之後，他專門任用刀筆之吏，所以現在成了酷吏的天下。我們這些博士雖多至７０人，但不過是他的裝飾品，就連丞相和諸位大臣也都隻能按他規定好的框框去辦事。這個人喜歡用刑殺來體現自己的權威，結果搞得人人自危，誰也不敢進忠言，說實話。現在的局麵是‘上不聞過而日驕，下懾伏謾欺以取容’這樣下去是不堪設想的。
現在我們給他搞不死藥，這是個危險的差使。按照秦法規定：藥品無效，死罪。為他服務的方術之士，都很清楚，根本沒有什麼不死藥，但是全怕觸犯他的忌諱，沒人敢當麵直言其過。如今天下事無巨細都得由他一人決定，以至於公文堆積如山，忙得他夜以繼日地工作，為了完成公事，他每天都定出工作量，不達到規定的工作量絕不休息。他如此貪權怙勢，像這樣的人能給他求不死藥嗎？”
兩人商議完畢，各自逃亡，求生路去了。
秦始皇聽說盧敖、侯生逃跑了，怒不可遏，他感到再一次被知識分子給愚弄了，所以他對知識分子的態度也由討厭轉變為憎惡。這種態度上的轉變，使得他對知識分子的政策也發生了急劇的變化，他認為現在對這些可憎的知識分子已經不是什麼“禁其心”、“禁其言”了，而是要從肉體上消滅他們，他以最嚴厲的口吻向天下人聲明：我在去年沒收天下無用的書籍，通通燒毀，然後廣泛征召很多知識分子到朝廷來，本想和他們共同建設一個太平世界。他們中的一些人向我提出，他們能夠找到不死藥。其中韓眾已經有去無回，徐福為此也耗費國家資財以巨萬計。然而，始終沒有搞到什麼不死藥，隻是徒然為那些奸詐之徒大開了方便之門。我對盧敖等人向來待遇十分優厚，今天他們卻敢在背後誹謗我，企圖損害我的政治形象，可見他們居心多麼險惡。像他們這樣的家夥，在知識分子中肯定大有人在，現在我要對他們進行徹底清理。清查工作先從首都開始，凡在鹹陽的知識分子，我已經派人進行審訊，一定要搞清他們謠言惑眾的罪行！
於是，司法部門的禦史們忙了起來，首都鹹陽的知識分子幾乎全部被捕，在嚴刑拷打之下，這些骨脆肉嫩的知識分子為了免除一死，很多人不得不胡亂告發他人，最後有４６０餘人被認定有罪，全部被活埋，並將此事告於天下，以儆效尤。其他的人一概流放到邊塞地區，罰做苦役。這就是至今讓人難以忘懷的“坑儒”慘案。
對知識分子的殘酷迫害也震動了統治階級中的一些人。秦始皇的長子扶蘇和他的父親不一樣，他認為這麼搞下去，對秦帝國的長治久安是不利的，所以就勸父親說：“現在天下剛剛安定下來，全國各地的民眾還沒有完全歸心於我。知識分子都是孔子學說的信仰者，而孔子的主張對我們是有利的，如今您用嚴刑酷法鎮壓知識分子，臣恐怕這要破壞國家的安定局麵，希望您三思而行。”
秦始皇最不喜歡聽逆耳之言。這除了他認為他是世界上最聰明的人之外，另外他還有一種嚴重的心理障礙，那就是他總是把別人對他的忠告理解為是對他的教訓，這令他難以容忍。臣下教訓他，”他容忍不了；兒子教訓老子，簡直是無法無天！他不管公子扶蘇說的是否有道理，他一律不接受。這位冷酷的帝王，立刻把公子扶蘇打發到千裏之外的北部邊境上郡地區，讓他到蒙恬的邊防軍中做監軍。
公子扶蘇走後，秦始皇覺得耳根清靜了不少，但是對可憎的知識分子們卻更加耿耿於懷。他沒想到知識分子們居然把自己的兒子爭取過去了，成了他們在最高決策層中的代理人！這些知識分子的能量也太大了，倘若自己撒手懸崖，扶蘇當了皇帝，那秦帝國不就成了知識分子的天下了嗎？於是，除惡必盡的念頭產生了。也就在“坑儒”之後，秦始皇設計了一個狠毒的政治圈套，他讓人在冬季到鹹陽附近的驪山種瓜，並讓人謊稱瓜居然結了果實。為了驗明消息的真假，他選派博士諸生７００人到驪山去考察。這些書呆子到了那裏，預先埋伏好的暗兵萬箭齊發，這７００人就這樣被無情地消滅了。到此，知識分子中的異己分子大部分被消滅了。 最使秦始皇滿意的是，逃亡的侯生被緝拿歸案。侯生是韓國人，他和盧生分頭逃跑，後被四處通緝，無處藏身，為了保全家裏人的性命，不得不回到鹹陽，向當局投案自首。秦始皇聽說之後，馬上命人把侯生帶到東阿之台來，此高台處於鹹陽市中心，有四條大路在這裏彙聚。秦始皇準備在這裏麵對稠人廣眾，公審侯生的罪行，然後五馬分屍，把這個十惡不赦的罪人處死。
秦始皇見到侯生，頓時怒從心頭起，他聲色俱厲地吼道：“老奴才，你居心不良，竟敢誹謗你的主人！現在又膽敢跑回鹹陽見我！”
侯生在台下抬頭望著高高在上的秦始皇，鎮定自若地說：“我聽說一個人知道他非死不可，那也就無所畏懼了。既然如此，不知陛下是否肯聽我說一句話？”
秦始皇不屑一顧地說：“你還有什麼要說的，快說！”
侯生開始滔滔不絕地講起來。他說：“古時的大禹曾立‘誹謗之木’，讓大家給他提意見，他是想用這種方式知道自己犯了什麼錯誤。現在陛下奢侈腐化，喪失了自己的本色，縱情享樂，追求下流的刺激；宮殿台閣，一望無際；珠玉珍寶，堆積如山；淩羅綢緞，倉庫難容；美女倡優，成千上萬；鍾鼓之樂，響徹雲霄；山珍海味，擺滿眼前。你衣著考究，車馬豪華，所用之物，窮極糜爛-不可勝數。然而民眾的財物已被你榨幹了，民眾的勞力已被你使盡了，你卻毫無所知。現在有人說了真話，你就急於鎮壓。結果是上聾下暗，一片黑暗，所以我們才遠走高飛。我們倒不可惜自己將要被殺，我們可惜的是陛下要把國家搞滅亡了！ 我聽說古之明王，食足以飽，衣足以暖，宮室能住就行，車馬能用就可，因此上天保佑他，百姓擁戴他。五帝中的帝堯住著茅草房，既不豪華，也不講究，但他卻終身快樂，原因就在於他追求的不是物質享受，而是民眾的福祉。他的兒子丹朱卻與他不同，傲慢暴虐，驕奢淫逸，不知自我修養，因此沒能接替他父親的職位。現在陛下之墮落遠比丹朱之流高出萬倍。我怕陛下的命運隻能是有亡無存。”
秦始皇萬萬沒有想到，侯生在臨死前，會在大庭廣眾之下，把自己批得個體無完膚，他沉默好久，竟不知所措地問：“這些話你為什麼不早說？”
侯生冷笑道：“陛下你正飄飄然地陶醉在天下無敵的美夢中，你自吹自擂，上侮五帝，下淩三王，目空一切，不事儉樸，追求享樂，你滅亡的征兆早就出現了。但我們知道對你講這些真話不僅沒用，那簡直是找死！因此才避而不敢言。眼下我自知必死無疑，所以才在你麵前全說出來。我這番話雖然挽救不了你滅亡的命運，但也讓你亡個明白！”
秦始皇追問道：“事情可以改變嗎？”
侯生斬釘截鐵地說：“陛下滅亡的命運是定了，現在你就坐以待斃吧。如果你真想更弦改張，你能成為堯和禹那樣的明君嗎？如果不能，那就毫無希望可言了。退一步說，即使你想變，你的那些官僚們能答應嗎？再說，你們真的變了，秦帝國的氣數也已經盡了！”。
侯生的命運是可想而知的。但是，就這一件事本身而言，它的偉大意義，卻超越了侯生的生命局限而獲得了永恒的價值。
在當時，一個受盡恐怖政治殘害的知識分子，毫無畏懼、視死如歸地麵對人間最高主宰秦始皇的親自審判，敢於把對自己的公審變成對暴君秦始皇的公審，這本身就是對暴君和暴政的勇敢挑戰。他使那些在暴君和暴政統治下內心充滿恐懼的民眾突然受到了無限的鼓舞，因為他道出了民眾共同的心聲，使他們感到在沉沉的黑色恐怖中，長夜並非沒有盡頭。侯生對暴君和暴政的控訴、揭露和鞭撻，宛如黑夜中一道耀眼的閃電，不僅照出了這罪惡世界的原形，同時也照亮了一顆顆充滿期待的心。誠如一首詩寫的那樣：
血肉可以給刀刃剁成爛泥，
然而骨子永遠是我的！
在這一片撒謊的日子裏，
我給人間保留一絲天真。
我是熱情，要用一勺沸水，
去澆開宇宙的堅冰。
恐怖就讓他是六月的淫雨。
我卻能估得透它的壽命。
值得注意的是，侯生對暴君和暴政的控訴、揭露、鞭撻，完全跳出了他與秦始皇個人恩怨的狹隘範疇，他是站在為民請命、舍身求法的高度上去怒斥一個不可一世的專製帝王的。這就使他那充滿戰鬥性的話語成為一篇聲討專製帝王暴行的檄文，從而產生了普遍的社會意義和難以預料的轟動效應，成為秦未反暴政政治大風暴來臨前的先聲。
侯生對秦始皇的批判最難能可貴的地方就在於，他並不是把秦始皇當成一個孤立的個人，而是把他當成是既得利益集團的總代理，指出了他的意誌並不是絕對的、萬能的，他的意誌其實無時無處不受製於秦帝國既得利益集團的根本利益，因此秦始皇並非是一個為所欲為、淩駕於一切之上的專製君王。這就無情地扯下了披在這位專製帝王頭上的神聖的麵紗，還他以凡人的本來麵目。最後，侯生指出秦帝國這個既得利益集團，由於幹盡了罄竹難書的壞事，喪盡了人心，所以無論怎樣瘋狂地掙紮，都難逃滅亡的厄運！侯生的這一分析，使他達到了前無古人的理論高度，即使是在中國思想史上，也應占有光輝的一頁。侯生事件使後人看到了，戰國時代知識分子所具有的獨立思考精神和獨立人格，並未因暴君和暴政的斬殺而根絕，相反，它隨時在“中國的脊梁”身上體現出來，這才是這一事件的永恒價值。