在朝廷中，對這次大規模的軍事行動再也無人反對了，因為皇帝已經用鐵的事實向他的臣民們證實，隻要他在，什麼人間奇跡都能創造出來。上次李斯因反對對匈奴作戰而跌了個大跤，他馬上意識到與皇帝作對將意味著什麼。所以這次見皇帝執意要向遙遠的南方進軍，他不但沒敢提出異議，反而來個急流猛轉舵，匆匆地由過去的反戰分子一躍而變成為狂熱的主戰分子，帶頭叫囂“南定百越，以見秦之強”，借此來討皇帝的歡心。至於國家的利益，民眾的死活，早被他棄而不顧了。李斯這個人永遠是個地道的機會主義者，自從他踏上政壇的那天起，他就把謀取個人的榮華富貴當成他人生的目標，除此之外，他沒有其他的信念。這就是為什麼每當走到人生的十字路口，他不選擇光明大道去走，而卻毫不猶豫地去走邪路的原因。抓住了這點，我們才能理解他背師取位、叛主求榮、殺友邀寵、與虎謀皮等一以貫之的機會主義行徑。可悲的是，雖然他嚐盡了機會主義帶來的甜頭，卻萬沒想到這次嚐到的卻是機會主義帶來的大苦頭。這次他舉雙手讚成秦始皇打南越，乃是他的又一次機會主義的表演。
在輿論一致之後，秦始皇一聲令下，秦帝國的50萬大軍立刻從中原出發，跨過長江，直撲向在熱帶的崇山峻嶺中生活的越人。
越人與中原的華夏族自古不屬於一個族係，我們華夏族漢族的前身）從原始社會直到唐代前期，人口主要集中在黃河流域。特別在秦漢以前，長江流域以南的江南地區，是華夏族很少涉足的地方。因為這裏是亞熱帶、熱帶地區，氣候炎熱，雨量充沛，叢林密布，水道縱橫，野獸出沒，瘴氣彌漫，很不適宜生於溫帶地區的中原人生活，所以對中原人沒有吸引力。秦漢時代的人口絕大部分集中在黃淮流域，少部分生活在江漢流域，在嶺南的珠江流域幾乎見不到華夏族的蹤跡。
自古以來，在廣闊的江南地區生息繁衍著另一個古老的民族——越人。越人號稱“百越”，族屬十分複雜。最早建立國家，與中原華夏文化接觸並融合的有句吳和於越。此外，還有地處浙南甌江流域的東甌；地處福建地區的閩越；以及地處嶺南地區的南越、西甌、駱越、滇越等支係。越人的生活習慣和生產方式與中原人有很大差異。越人雖然也是農業民族，過著定居生活，但他們種植的主要作物是水稻。生產方式也十分落後，不懂牛耕，采取的是“火耕水耨”的方法，即用火焚燒草木，平整土地，作為肥料，然後用水漫灌，經過一段時間，進行耕作。中原地區普遍用的鐵製工具在這裏很少使用。由於農業尚屬粗放型經營，因此打獵和捕魚也是重要的生產內容。不過，這裏地廣人稀、物產豐富，所以生存的問題倒並不難解決。史書上說這裏“果隋蠃蛤，不待賈而足，地勢饒食，無饑饉之患，以故砦窳偷生，無積聚而多貧。是故江、淮以南，無凍餓之人，亦無千金之家”。秦漢時代江南地區的具體情況大至如此。越人的風俗習慣也與中原人不同，他們是“斷發紋身”（中原人束發不紋身），有“鑿齒”（即拔牙）的怪習。在婚俗中還殘存著“無嫁娶之法”的原始風俗。總之，這些都是當時的中原人無法理解的怪現象。
早在戰國初期，東南沿海地區的句吳和於越就成了楚國的統治地區，所以秦始皇滅楚後，這裏很自然就成了秦的直轄郡縣。至於東甌和閩越，秦軍雖然沒有攻入其地，但兩處懾於秦的強大軍事壓力，均表示臣服於秦帝國。秦始皇命令在這裏設置閩中郡，而且不允許東甌王搖。閩越王無諸稱王，兩處越人對此耿耿於懷。在秦末農民大起義中，他們也加入了聲勢浩大的反秦大軍，“佐諸侯平秦”，以圖恢複自己的獨立地位。
這次秦始皇發動的對越人的戰爭，主要針對的是當時生活在五嶺以南亞熱帶、熱帶地區的越人，即南越、西甌、駱越。
秦始皇三十三年（公元前２１４年），自由自在地生活在嶺南山野叢林中的越人，做夢也沒有想到５０萬秦軍，在統帥尉屠雎（尉官名，史失其姓）的統一指揮下，兵分五路從東到福建、西到廣西千餘裏的戰線上齊頭並進，勢不可擋地殺了過來。
秦軍的戰略是分進合擊，然後全占嶺南之地。秦軍的第一路軍由鄱陽湖東側，經今江西省北部餘幹縣進入閩中，切斷閩越地區的越人與嶺南越人的聯係，防止已在秦帝國控製下的閩越和東越人乘機作亂，並以此孤立嶺南的越人。第二路軍由鄱陽湖西側，經今江西省南康縣南大庾嶺北進入粵北，配合第三路軍攻取越人腹地。第三路軍由長沙越過騎田嶺，沿武水、北江南下，攻占番禺（今廣州）。第四路軍由湖南省九嶷山向西南挺進，越都龐嶺進入廣西，再沿賀江南下而攻取西甌地。第五路軍由鐔城之嶺（今湖南省和廣西東北交界處的越城嶺）攻占桂林，略定西甌人的桂林地區。
秦軍二路軍由尉任囂率領，三路軍由尉屠雎率領，兩軍最初進展順利，很快攻占番禺。但是，越是向前挺進，越人的反抗越是激烈，秦軍苦戰多時，仍然沒有結束這場戰爭。交戰中，秦軍糧食供應也發生了困難，當時要想把中原地區的糧食轉運到千裏之外的嶺南地區，必須越過崇山峻嶺，在黃河平原經常使用的車輛在這裏成了無用武之地的廢物。為了解決水運軍糧的問題，當時主管後勤供應的監祿（監官名，史失其姓）率領士兵在湘江和漓江的分水嶺處開鑿了一條人工運河靈渠，把湘江和漓江的源頭溝通，保證了秦軍的後勤供應。秦軍這才得以深入到西甌越人居住的地區。秦軍數路兵馬向西甌越人發起猛攻，殺死西甌君長譯籲宋。越人退入熱帶叢林中，寧肯與禽獸相處，也不願淪為秦軍的俘虜。他們推舉勇敢善戰的人為將領，領導他們繼續與秦軍作鬥爭。他們抓住秦軍孤軍深入、環境生疏等弱點，利用夜色作掩護，大敗秦軍。在一次戰鬥中，秦軍主帥尉屠雎被打死。
秦始皇得知南征百越的戰爭並非像北伐匈奴那麼容易，深感意外，於是又增派趙倫、任囂等人率“樓船之士”前去增援。後來，越人終因寡不敵眾而徹底被秦軍擊垮。但是秦軍為了贏得這場戰爭，卻付出了“伏屍流血數十萬”的慘重代價。
南征百越的戰爭雖然結束了，秦始皇卻麵臨著一個艱巨的任務，即如何鞏固已經取得的軍事成果。為此，秦始皇決定在嶺南地區設置南海、桂林、象等三郡，將嶺南地區納入秦帝國的版圖，實行軍事管製。在嶺南三郡“置南海尉以典之”，計軍事長官兼任行政長官，控製東南部。在西北地區設置要塞，駐紮重兵，監視難以征服的西甌人。然後，進行大規模移民，強迫內地民眾到嶺南戍邊。這種強迫性移民共進行四次：
第一次是秦始皇三十三年（公元前２１４年），強迫逃避國家徭役賦稅者、贅婿（一種變相奴隸），商人等戍守嶺南地區。
第二次是秦始皇三十四年（公元前213年），讓違法官吏戍守嶺南地區。
第三次是秦始皇三十五年（公元前２１２年），增派更多的人到南北邊疆地區戍邊。
第四次是秦始皇強迫內地15000名女子到嶺南地區給秦人做配偶。
從此嶺南地區逐漸被中原地區同化了。如何看待秦始皇發動的北伐匈奴、南征百越的大規模戰爭？為此曆史學家們寫下了不少文章。秦始皇這種窮兵5，7黑賣 武之舉，對中國版圖的擴大、民族的融合、邊遠地區的開發做出了不可磨滅的貢獻。很多人對此津津樂道。人們在談到秦始皇的偉大貢獻時，是否想到了這種貢獻給民眾帶來的深重災難？是否想到這種貢獻加速了秦帝國的滅亡？對此，還是建立在秦帝國廢墟上的西漢帝國的某些政治家的頭腦比較清醒，他們認識到：當此之時，男子不得修農畝，婦人不得剡麻考縷。羸弱服格於道，大夫箕會於衢。病者不得養，死者不得葬。於是陳勝起於大澤，奮臂大呼，天下席卷而至於戲。劉項興義，兵隨而定，若折槁振落，遂失天下。禍在備胡而利越也。欲知築修城以備亡，不知築修城之所以亡也。發謫戍以備越，而不知難之從中發也。
如果用今人的話概括之，那就是“凡是不顧一切地急於毀滅他的鄰邦的好戰分子，其結果必然是他自己的意想不到的毀滅”。
總之，我們並不指望曆史上的專製帝王們去“愛民”，長城可修，五嶺可守，宮殿可築，墳墓可造，但要記住，事情總得有個限度。這個限度就是要考慮一下，民眾在進行這些非生產性勞動時，能否生存。如果把民眾逼到難以生存的地步，任何帝王的偉大貢獻，都會在民眾爭生存的反抗怒火中化為烏有！