順治七年（1650），清政府準其在“聖母無染原罪堂”側新建教堂。順治親政後，賜他通玄教師稱號，親自為其教堂題寫匾額“通玄佳境”。康熙即位初年，他受到權臣鼇拜的排斥，於康熙三年（1664）入獄，次年大赦獲釋。康熙五年（1666）病逝於北京。
如果說天主教的南堂給我們留下比較深刻的是兩位知識淵博、和藹可親的西方老人的印象；那麼，天主教北堂則為近代曆史留下了東西方文化激烈衝突的記憶。
位於西城區西什庫的天主教北堂，是1890年遷建的教堂，也是北京地區最大的天主教堂。1900年義和團運動期間，曾經有約3000名天主教徒被圍困在該教堂內，義和團也曾經開炮轟擊該教堂。
北京的伊斯蘭教清真寺伊斯蘭教在公元7世紀中葉就傳入了我國的西部，當時主要信徒多為分布於西北地區的少數民族。隨著伊斯蘭教在我國的傳播，作為北方政治文化中心的北京，清真寺最多的時候曾經有上百座。隨著社會曆史的發展，這些清真寺屢有廢毀。保存下來的古老清真寺，主要有牛街清真寺和東四清真寺。
牛街清真寺，是北京最古老和最大的清真寺，位於宣武區牛街。在我國東部的伊斯蘭教徒，主要為回族同胞。牛街一帶，明朝時就已經是回族的集中居住區，並且已經形成街巷。因民族宗教習俗的差異，該地明朝時稱為“牛肉胡同”，到清朝改稱“牛街”。清真寺，始建於遼統和十四年（996）。明朝正統年間和清朝康熙年間，曾經兩次進行大規模的修葺。建築格局和細部都體現了伊斯蘭教的風格。牛街清真寺的大的格局，則是主要建築坐西朝東，因為伊斯蘭教規定，所有的教徒在做禮拜的時候都要朝向伊斯蘭教的第一聖城麥加的方向。
寺門的望月樓采用六角形，木結構的鬥拱梁柱采用尖角形狀，彩繪裝飾全部用阿拉伯文和幾何圖形組成，都體現了伊斯蘭教建築的特色。在寺中的碑刻，以元至元十七年（1280）、二十年（1283）兩塊阿拉伯文墓碑，以及明弘治九年（1496）用漢阿兩種文字刻的《敕賜禮拜寺記》碑最具有文物價值。
東四清真寺，創建於明正統十二年（1447），位於東城區東四南大街。明景泰元年（1450），明代宗為之禦題“清真寺”。寺的主要殿宇為坐西朝東、麵闊五間、進深五間的大禮拜殿。在殿簷下懸有刻寫金字古蘭經文的巨匾，殿內的橫梁上則是用著名的阿拉伯“庫法體”書寫的古蘭經文。在該寺的諸多文物中，最珍貴的是一部手抄的古蘭經文。該經文是一位中國的阿訇於元延祐五年（1318）抄寫的，字跡流暢工整，在段落之間還繪有精美的圖案，是伊斯蘭教珍稀的貴重文物。