漢武帝聽後，立即派江充治理巫蠱之獄。江充雷厲風行，帶上一個胡地巫師，在長安城內四處抓人，施以種種酷刑。
巫蠱之獄從京師波及各地，又荼毒了數萬生靈。
“讒言毒父子相煎”
舉國上下一片白色恐怖。江充見時機已到，推出最後的重磅之舉。他秘授胡巫，稟奏漢武帝：宮中有巫蠱氣。漢武帝大驚，命江充、宦官蘇文、安道侯韓說（yue，悅）、禦史章贛（gong，貢），結成四人重案組，入宮搜查。
江充先從失寵的妃嬪處挖起，漸漸地延伸到皇後、太子的宮殿，縱橫交錯，遍地開花，弄得皇後和太子連擱床的地方都沒有了。一番挖掘、調查之後，江充聲稱：太子宮中挖出的桐木人特別多，還寫著謀逆的帛書！必須馬上奏明聖上！太子大為驚恐。（充雲：於太子宮得木人尤多，又有帛書所言不道，當奏聞，太子懼）。
此時，漢武帝尚在甘泉宮避暑。太子命懸一線，趕緊與少傅石德商量。石德慫恿太子先下手為強，起兵捉拿江充。石德說：如今這些木人，誰也無法證明是巫師預先埋的，還是宮中原有的。隻有先假托皇上的命令，捉住江充等人嚴加審訊，揭穿他們的奸謀，才能洗刷冤情。再說皇上在甘泉宮養病，是生是死還很難說。江充何等奸狡，萬一重蹈秦皇公子扶蘇的悲劇，矯詔陷害太子怎麼辦？太子猶豫不決，打算到甘泉宮親自向父皇謝罪。然而江充肆無忌憚，根本不讓太子脫身。
萬般無奈，太子決定鋌而走險。
征和二年（前91）的七月，太子派人裝扮成武帝的使者，前去捉拿江充一幹人。按道侯韓說起了疑心，不肯受詔，被武士們格殺。江充被抓。禦史章贛和黃門蘇文僥幸逃命甘泉宮。武士們把江充帶到太子跟前，劉據痛罵江充道：趙賊，你以前離間你們趙國的父子還不夠嗎？現在竟又挑撥我和父皇！太子親自監斬江充，又將胡巫燒死在上林苑中。
太子派人拿著節杖來到未央宮，向母後衛子夫請罪。衛子夫最終選擇“護犢”，即使成為大漢江山的罪人，至愛君王的叛臣，她也不能讓惡毒的巫蠱再次奪走自己的孩子！衛子夫調用宮中所有車馬，打開兵器庫，集合長樂宮所有衛士，全力支持太子。
蘇文和章贛一到甘泉宮，立馬向武帝告發太子謀反。武帝沉吟半晌，說：太子一定是害怕了，又痛恨江充，才做了傻事。於是，派身邊的內侍去召太子前來問話。內侍過去也沒少告太子的刁狀，怕太子殺紅了眼，把自己也宰了，就在外麵晃了一圈，回來對武帝說：太子真造反了！他還要殺我，我隻好逃回來了！武帝大怒，至此斬斷父子恩情。（蘇文迸走，得亡歸甘泉，說太子無狀。上曰：太子必俱，又忿充等，故有此變。乃使使召太子，使者不敢進，歸報雲：太子反已成，欲斬巨，巨逃歸。上大怒。）
漢武帝聰明一世，為什麼會作出太子謀反的錯誤判斷呢？
第一，寵信江充。
如果沒有總導演江充，這場父子悲劇根本無從上演。武帝對江充過度寵信，過去的江湖混混江充，已經不再是“野火燒不盡”的雜草了，而是溫室裏的毒花，受不得半點委屈冷落。江充認定，今日不殺太子，武帝百年之時自己必死。江充迫害太子，實質上是內心虛弱的表現。
第二，太子失寵。
如果沒有太子的失寵，這場悲劇便失去了原動力。太子之母衛子夫年邁失幸，太子與武帝政見不合，父子關係已經岌岌可危。閉目塞聽的老皇帝不再把太子視為掌上明珠，不僅判斷嚴重失誤，處理還會更加苛酷。
第三，近侍撒謊。
如果派去傳喚太子的近侍進城麵見太子，說明武帝意圖；太子有機會親自向父皇說明真相，這場悲劇完全可能避免。漢武帝初聽到“太子造反”，第一反應是太子“病急亂投醫”。作為父親，他對太子有一個基本的判斷：兒子不是無法無天之人。可惜，這個近侍既膽小又膽大。膽小的是他連麵見太子、傳達皇帝旨意的勇氣都沒有；膽大的是他竟然編造太子造反的謊言。
長安城中，謠言四起。丞相劉屈氂（mao，毛）聽說太子謀反，慌慌張張地逃到城外，連丞相大印也丟了，派長史（秘書長）乘快馬到甘泉宮報告。
第四個人通報太子謀反！三人已成虎，何況四人？對於這場“巫蠱之禍”，後人往往抱怨武帝冷酷無情；誰能體會體弱多病的老父親聽到兒子謀反，何等寒心！何等震怒！武帝問丞相長史：丞相準備怎麼處理？長史說：丞相已封鎖消息，不敢發兵平叛。武帝大怒：事態已經到這個地步，丞相居然還講麵子，要風度！論儒雅，他比得上周公嗎？周公尚且剿滅亂臣管叔、蔡叔，丞相居然坐視不理？漢武帝顧不上病痛，從甘泉宮中出來，親臨長安城西指揮平叛。武帝下詔征召京城臨近各縣的士兵，各地兩千石以下的官員由丞相調遣。在平叛動員會上，漢武帝明白無誤地告訴所有士兵：誰全力捕殺反賊，我大大有賞！又親自策劃作戰陣形：用牛車結陣，堅閉城門，不許放走一個反賊！
漢武帝等於向天下人宣告：太子劉據不再是我的兒子，而是大漢的敵人！
太子這邊如何應對呢？首先，太子向百官講明自己用兵的合法性：皇上病重，困在甘泉宮，不知是否有變故，而奸臣江充已經準備作亂。緊接著，太子假傳聖旨釋放長安城裏的囚犯，發給武器，由少傅石德和門客張光統率，抵抗丞相的軍隊。他又派使者持節杖，征招駐紮在長水及宣曲的胡人騎兵軍團，沒想到漢武帝的侍郎趕來，告訴胡人：太子的節杖是假的，不要聽他的命令！原來，漢朝的節杖本來是純赤色的，太子使者持的就是這種赤杖。這次漢武帝加上了黃色的旄纓，用以防偽。於是，太子使者被斬。胡人騎兵軍團掉轉矛頭，攻打太子軍隊。