康熙曾數次招降噶爾丹。《DEEP中國科學探險》記載：1696年十一月二十七日，他在接見噶爾丹的使者時說："你回去告訴噶爾丹，不管什麼事他必須親自來跟我談，不然事情就難以了結。如果他不來，我對他的討伐就不會終止。我在這個地方等他，限他70天內給我答複。如果過期或者不答應，我必然再進兵討伐。"雖然噶爾丹"絕沒有泄氣"，但他已經徹底喪失了抵抗的能力。第二年，噶爾丹退居阿察阿木塔台地方。失敗腐蝕了這位草原英雄的身體，三月初，他開始吃不下東西，到十二日開始頭疼，十三日中午，噶爾丹結束了他傳奇的一生，終年53歲。
噶爾丹死後，喀爾喀蒙古各部又回到了原來的居住地。不過今時不同往日，外蒙古和噶爾丹轄下的科布多、烏梁海兩地區已被清政府設置為自己的重鎮，並派遣將軍和參讚大臣率兵駐守，加強了對喀爾喀蒙古地區的管理和統治。
從此，科布多、烏梁海兩地區，麵積共一百八十萬平方公裏的土地，納入了中國版圖。
6.天朝體製，統一思想
多爾袞在率領八旗鐵騎入關，席卷大江南北後，接受範文程的意見，做出了一係列管理國家、鞏固政權的基礎工作。他頒布法律、設立職官、整頓吏治、為崇禎皇帝發喪、吸收明朝官員為清朝效勞、恢複科舉考試製度、創建綠營、準許滿漢聯姻、嚴格軍紀、廢除三餉、獎勵墾荒、廢除匠籍製度、放寬對手工業的壟斷、提高商人的社會地位。但不久多爾袞幾乎完全推翻了自己製定的這十四項正確決策，轉而推行導致民族壓迫的六項弊政：頒布圈地令、剃發令、投充法、逃人法、禁關令、屠城。這種轉變是清王朝入主中原後加強專製統治的第一步。
實際上，早在入關前，清自皇太極始，就在不斷加強皇權了。據《清太宗實錄》載：皇太極力主"滿洲、蒙古、漢人視同一體"，改官製，變體製，按明製設六部，廢"貴族共和製"（其父努爾哈赤創，即八和碩貝勒共議國政製--並肩同坐,共議大政,斷理訴訟,舉廢國汗），實行中央集權的君主專製。
種種措施之中，對思想文化的幹預和鉗製向來是加強中央集權、君主專製的不可或缺的手段之一。清以武力進入中原後，開始要從思想文化上進行嚴格控製以鞏固他們的統治。
中國封建專製統治者為達到消除異端鉗製思想以及最終維護專製統治的目的，往往借"疑似影響之詞"，"尋章摘句"、"望文生義"、"斷章取義"，羅列罪狀，不惜濫殺無辜。曆史上，文字獄幾乎在每一個朝代都曾上演，而數量之多，株連之廣，處罰之殘酷，清代為最。
在漢族傳統觀念中把清軍（少數民族）入主中原稱做"乾坤反覆，中原陸沉"、"天昏地暗，日月無光"，在以儒家文化為正宗的漢族知識分子中間存在著相當激烈的民族敵愾情緒，那時候盛傳"華夷之分大於君臣之義"（呂留良語）。大規模、有組織的抗清武裝鬥爭結束之後，反清思想通過各種形式的文字著述在民間廣為流傳，並與以恢複明朝為目的的反清暴動結合起來，使清統治者不得安寧。他們無法用武力去改變千百年來形成的華夏民族正統思想，這在統治者看來無疑是一種潛在威脅。
由於漢字的多義、隱喻及其在造字法和用字法上的獨特性，在多疑的封建統治者眼裏，常常被視為攻訐異己的武器。中國自古就有"春秋筆法"、"欲加之罪，何患無詞"、"莫須有"、"子虛烏有"的說法。中國文人也常常喜歡用隱諱的筆墨表達自己對事物的看法尤其是對政治的看法。
清朝皇帝的文字獄無非也是對異己思想的鉗製、對反清反滿理念的打壓，隻是普遍地對詩史文章中的文字的處理政治化了。康熙、雍正、乾隆三朝的治世，號稱"三世之春"，是清朝的黃金時代。然而，文字獄也以這三朝最為興盛。
一般認為，清代嚴酷的文字獄是從康熙朝開始的。康熙一朝大小文字獄不下十餘次，其中牽連較廣的大案有莊廷鑨《明史》案和戴名世《南山集》案。
康熙朝有名的《明史》一案，受牽連致死的就有70多人，包括寫序的、校對的、賣書的、買書的、刻字印刷的以及當地官吏等。可是，這個案件的起由卻頗耐人尋味。原是浙江湖州一個盲人富戶莊廷鑨，受"左丘失明，厥有《國語》"的鼓舞，鑒於自己不通史事，出錢從朱國禎（明熹宗天啟朝內閣首輔）後人處買了史稿，並廣招有誌於纂修明史的江南才子，補寫了崇禎朝和南明史事，即《明史輯略》。記敘南明史事時，仍依明朝年號（對清統治者而言，這意味著不承認其正統）。其中也提到了明末建州女真的事，如直寫努爾哈赤的名字，寫明將李成梁殺死努爾哈赤的父、祖，斥罵降清的尚可喜、耿精忠為"尚賊"、"耿賊"，寫清軍入關用了"夷寇"等等。莊廷鑨死後，有人以此敲詐莊家，由此引發了《明史》大案。康熙二年（1663年）五月二十六日，在杭州城，清軍將《明史》案一幹"人犯"70人，同時或淩遲、或杖斃、或處絞。"主犯"莊廷鑨照大逆律剖棺戮屍，另有數百人受牽連被發配充軍。