吳三桂在湖南被圍困了兩年後，於康熙十七年（1678年）三月在衡州稱帝，立國號周，建元昭武，大封諸將。但這隻不過是吳三桂見勝利無望，最後過把帝王的癮罷了。在同一年的秋天，吳三桂病死，他的兒子吳世璠繼位。由於吳世璠的才智、威望、品行遠遠地遜色於吳三桂，因此大周國軍事戰鬥力及政治力量迅速崩潰，最終在康熙二十年底，清軍圍攻昆明，吳世璠被逼自殺，餘眾出降，三藩得以平定。三藩之亂自康熙十二年爆發，至康熙二十年結束，一共曆時8年。
平定三藩，清廷才真正在關內完成了統一，穩定了統治權。從此之後，康熙開始從事行政和財政經濟的調整改革，然後致力於解決邊疆問題。
5.對戰沙俄，平定邊疆
平定三藩後，中國迎來了被柏楊先生稱作為"第三個黃金時代"的盛世。他說："第三個黃金時代的最偉大的成就，在於滿洲人的清政府為中國開辟了廣袤的疆土。東西漢兩個王朝和唐王朝都曾為中國增加了一百七十萬平方公裏的麵積，但不久就行失去。而清政府為中國增加的領土，超過從明王朝承襲下來的中國領土的四倍。"《中國人史綱》
1685年，康熙在平定"三藩之亂"後，派將軍彭春5月22日從璦琿起兵五千人，分水路和陸路圍攻雅克薩。雅克薩位於今黑龍江省呼瑪縣西北黑龍江北岸，曆史上屬於中國。17世紀中葉，沙俄派兵侵占了雅克薩，築室盤踞。1674年（康熙十三年），沙俄甚至將其編入尼布楚管區，在色楞河與楚庫河彙合處建立色楞格斯克，並利用清廷對"三藩"用兵之時，霸占中國大片土地，搶掠財產，殺掠中國百姓。
對於沙俄的跋扈，康熙曾多次采用柔和的手段解決，派使者與沙俄和談解決邊界事端問題，但對方始終無理拒絕。在同沙俄的長期交涉中，康熙發現，俄國佬兒是"山核桃錘著吃"，若非"創以兵威，則罔知懲畏"，於是決意征剿。
早在清順治九年（1652年），中俄之間就發生了第一場戰鬥。當時，沙俄東入黑龍江之時，清軍"駐防寧古塔（今黑龍江省海林縣）章京海色率所部擊之，戰於烏紮拉村"。由此為引線，此後中俄之間發生多次外交和軍事上的衝突。清廷也多次派兵收複，但都失敗。
康熙為人謹慎，決意征討沙俄後，便詳加分析"昔發兵進討，未獲翦除"的原因，最後發現黑龍江一帶沒有駐兵，從寧古塔出兵反擊，每次清軍都因糧儲不足而停止，並且沙俄侵略軍雖為數不多，但由於"築室散處，耕種自給"，加上尼布楚人與之貿易，故使其得以生存。於是造成我進彼退、我退彼進，"用兵不已，邊民不安"的局麵。
看清楚情況後，康熙就采取了一係列措施，彌補前幾次出兵失敗的漏洞。"他先派人偵察地形敵情，派兵割掉侵略軍在雅克薩附近種植的莊稼，又令蒙古車臣汗斷絕與俄人的貿易，以困憊和封鎖侵略者，然後在康熙二十一年（1682年）十二月，調烏喇（今吉林市北）、寧古塔兵1500人往黑龍江城一帶，駐紮愛琿、呼瑪爾（今呼瑪南）。然後又因為烏喇、寧古塔兩處距雅克薩路途遙遠，所以，命令呼瑪爾兵改駐額蘇裏（今俄斯沃特德內西南）。次年七月，寧古塔副都統薩布素率軍進駐額蘇裏。九月，確定在愛琿築城永戍，預備炮具、船艦。同時派烏喇、寧古塔兵五六百人、達呼爾（今黑龍江嫩江縣境）兵四五百人，調往愛琿一帶；修整戰具，設置驛站，運儲軍需。"（《影響中國的100次戰爭》）
在做好一切準備後，康熙開始向沙俄發起了進攻。他命令都統彭春、副都統郎坦、黑龍江將軍薩布素率領水陸軍3000餘人由黑龍江城（今愛琿）出發，5月22日進圍雅克薩。清軍作戰之前，先通知俄軍撤離，但是俄軍統領托爾布津在中俄對戰的多次勝利之中，培養了超強的自信心，對清軍的通牒不以為然。24日，從尼布楚增援雅克薩的俄軍哥薩克兵乘筏順江而來，被清軍福建藤牌水兵猛劈狠砍，大部分被打入江中，其他潰散而逃，而清軍無一傷亡。當天晚上，清軍從城南佯攻，其他陸路清軍卻用神威無敵大將軍炮和紅夷大炮等火炮從三麵轟擊雅克薩城，殺傷城內100多人，摧毀所有城堡和塔樓。二十五日黎明，清軍發炮轟擊，侵略軍傷亡甚重，勢不能支。托爾布津乞降，率600餘人撤往尼布楚。清軍趕走侵略軍後，平毀雅克薩城，即行回師，留部分兵力駐守愛琿，另派兵在愛琿、墨爾根（今黑龍江嫩江）屯田，加強黑龍江一帶防務。
托爾布津在撤往尼布楚途中，遇見由尼布楚開向雅克薩的增援部隊，攜帶著重武器，告訴他駐屯尼布楚的俄國大軍隨時可以接應。這使托爾布津懊悔不迭，他立刻同援軍重返故地，於雅克薩城被中國焚毀後第十七日，再重築新的雅克薩要塞。