1945年8月14日，日本政府宣布無條件投降，9月2日，日本簽署無條件投降書。
1945年12月16日～26日，蘇、美、英外長在莫斯科會議中決定，駐日盟軍最高統帥應采取一切必要措施，實施《波茨坦公告》的日本投降條件，包括懲辦日本戰犯。此決定征得了中國的同意。
根據1943年12月1日《開羅宣言》，1945年7月26日《波茨坦公告》，1945年9月2日日本投降書和1945年12月26日盟國授權麥克阿瑟將軍於1946年1月19日頒布《特別通告》和《遠東國際軍事法庭憲章》，決定在東京設庭審判日本首要戰犯。
對於戰爭罪犯進行審判的決定還是在第二次世界大戰進行之時，反法西斯盟國便多次聲明要嚴懲戰爭罪犯，追究戰犯責任。歐戰結束後，1945年8月8日，蘇、美、英、法在倫敦簽訂了《關於控訴和懲處歐洲軸心國主要戰犯的協定》及其附件《歐洲國際軍事法庭憲章》。1945年11月，歐洲國際軍事法庭在紐倫堡開庭，開始對德國法西斯首要戰犯進行審判。在這次審判中有11人被判處了絞刑，執行了10人，戈林因服毒自殺未執行，9人被判處長期監禁。
反法西斯盟國認為，日本戰犯也應受到與德國戰犯同樣的處理。《中美英三國促令日本投降之波茨坦公告》中曾鄭重指出：“我們無意奴役日本民族或消滅這個國家，但對於戰爭中的人犯，包括虐待戰俘者在內，都必將追究法律責任，並予以嚴厲製裁。”
法庭憲章共5章17條，規定任務、組成、訴訟程序及管轄權等，內容與《歐洲國際軍事法庭憲章》大致相同。根據憲章規定，法庭將審判犯有以下三種罪行的戰犯：一是破壞和平罪；二是戰爭罪；三是違反人道罪。
1945年9月11日，日本前首相東條英機等39名戰犯被宣布逮捕。11月19日，小嘰國昭等11名戰犯被捕。12月2日和16日，平沼騏一郎、廣田弘毅、近衛、木戶幸一等68名戰犯被捕，近衛在赴獄報道前服毒自殺。戰犯被關押在東京巢鴨監獄候審。
中國、前蘇聯、美國、英國、法國、荷蘭、菲律賓、加拿大、新西蘭和印度10國各派出1名法官，澳大利亞的韋伯為首席法官，美國的約瑟夫·B．凱南為首席檢察官。憲章規定，被告有權選擇辯護人，但法庭可隨時不承認其選擇的辯護人。
被告中沒有日本國家元首、三軍最高統帥裕仁天皇。關於國家元首應對發動侵略負刑事責任問題，第一次世界大戰後對德皇威廉二世的處理已有先例。《歐洲國際軍事法庭憲章》也明確表示：“被告之官職及地位，無論係國家元首或政府各部門負責官吏，均不得為免除責任獲減輕刑罰之理由。”
但是，美國為了在日本能有效地進行管理，避免美國人在日本島內受到攻擊，於是在《遠東國際軍事法庭憲章》中回避了國家元首的責任問題。憲章中隻說：“被告無論何時期內之官職及地位”，均不能免除罪責，有意刪除了“國家元首”字樣。這為後來日本右翼分子拒絕承認侵略埋下了伏筆。
在1945年12月6日，遠東國際軍事法庭美國小組一行16人離美赴東京之前，凱南對美國報界表示，他認為裕仁天皇顯然應該受到審判。登上飛機後，凱南收到杜魯門總統的一封信，信中指示凱南不得對裕仁和任何皇室成員起訴。總統采納了駐日盟軍最高統帥麥克阿瑟的意見而作此決定。麥克阿瑟認為，從美國的利益和占領日本的政治需要出發，不應以戰爭罪起訴天皇。
東京法庭首席法官韋伯曾向報界發表個人意見：“天皇在開戰問題上起了巨大作用，但他卻被免於起訴……毫無疑問，免除對天皇的審判是基於同盟國所有成員國的利益而作出的決定。”法國出席遠東國際法庭審判的代表亨利·貝爾納說：“不可否認，（戰爭）宣言的一個主要禍首逃避了一切訴訟，不管怎麼說，出席的被告隻能被視為同謀犯。”
由於美國人隻為自身考慮，判決的結果是：皇室成員，日本侵華部隊的司令官朝香宮未被列入被告名單；為中國人民所深惡痛絕的侵華戰犯岡村寧次也逍遙法外；在中國進行了種種駭人聽聞的殘酷試驗的日本“七三一細菌部隊”司令官石井也不在被告之列。