與專製主義皇權惡性發展表裏相呈的便是，在元、明、清這一曆史階段裏，政治製度的腐朽與僵化也越來越明顯。事物的發展，總是循著一條必然的道路，在成熟之後，繼之就是衰腐、僵化，以至於消亡。唐、宋時期，中國的封建製度，已粲然大備。北宋呂夷簡在中書，奏令參知政事宋綬編例，並說：“自吾有此例，使一庸夫執之，皆可為相矣！”（《涑水紀聞》）一個政權，萬幾千端，能夠作到凡事都有條可據，有例可循，這應該是一種成熟的表現。但隨之是僵化因循，沒有任何創造與發展之可言，也就開始走向自己的反麵，導致腐敗叢生，無可拯治。朱熹對南宋時的官僚文牘的弊害舉過一個例子：“且如駕過景靈宮，差從官一人過盞子，有甚難事？隻消宰相點下便了。須要三省下吏部，吏部下大常。太常擬差申部，部申省，動是十日不能得了；所差又即是眼前人。”（《朱子語類》卷一二七《本朝一太祖》川小的一件事情，本是唾手可辦。然必須文讀周遷，動輒十天才得峻事，從立法設製上是極周密嚴格之能事，但從實際的行政效力而言，則完全成了腐敗的文牘遊戲。葉適就曾尖銳地指出：“本朝之所以立國定製，維持人心，期於永存而不可動者，皆以懲創五季而矯唐末之失策為言。細者愈細，密者愈密，搖手舉足，輒有法禁。而文以儒術，輔以正論。人心日柔，士氣日惰，人才日弱，舉為懦弛之行，以相與奉繁密之法。遂揭而號於世曰：此王政也，此仁澤也，此長久不變之術也。”（《水心文集》卷之三《法度總論二》）遂至於“虛文相挺，浮論相倚”。
明、清以降，法製益嚴，文網益密。謝淛肇所謂：“從來仕宦法網之密，無如本朝者。上自宰相，下至驛遞、巡官，莫不以虛文相酬應。而京官猶可，外吏則愈甚矣。大抵官不留意政事，一切付之胥曹，而胥曹之所奉行者，不過已往之舊牘，曆年之成規不敢分毫逾越。而上之人既以是責下，則下之人亦不得不以故事虛文應之。一有不應，則上之胥曹又乘其隙而繩以法矣。故郡縣之吏，宵旰竭蹷，惟日不足，而吏治卒不以振者，職此之故也。”（《五雜俎》卷二四《事部二》）明末的大思想家王夫之、黃宗羲、顧炎武都對這一時弊劃提出了尖銳的批評。王夫之說：“今命官之製，在外者，一縣之令，丞、簿不聽命焉。一郡之守，同知、判推不聽命焉。一司之使，分以左右，二參、副、金不聽命焉。文移印信，封掌押發，登於公座，惟恐長官之或偷也，而鉗束之如胥吏。行未百年，法已壞。猶使藉口公座，脫獨屍之咎，疑製之患，已大可睹。又複分其屯田、水利、錢法、驛傳、鹽政，分為數道以製司，道立分司，督察巡守兵糧之務以製郡。巡按之使，絡驛馳道，循環送任，無隙日月，以盡製之。所以製外者，無遺力矣！在內者，取都督一府而五之，問以同、簽。六部卿貳或七八員，都堂、大理、通政、太仆以放，雖有長貳之別而事權散出，不受裁製。黃扉論道之席，至永刊極刑，以廢其官。其文移印信、封掌押法，公同朝參者猶外也，複使給諫禦史巡視刷卷以製之。卒有援立大僚，邊關盜賊，建置河漕，三禮疑似之事，所部不得決，又設會議、抄參、私揭以製之。所以製內者無遺力矣。”（《黃書》卷五《任官》）黃宗羲指出：“後世之法，藏天下於筐筐者也。利不欲其遺於下，福必欲其斂於上。用一人焉，則疑其自私，而又用一人以製其私。行一事焉，則慮其可欺而又設一事以防其欺。天下之人共知其筐篋之所在，吾亦鰓鰓然日唯筐篋之是虞，故其法不得不密。法愈密而天下之亂即生於法之中，所謂非法之法也。”（《明夷待訪錄·原法》）顧炎武亦謂：“後世有不善治者出焉，盡天下一切之權而收之在上，而萬幾之廣，固非一人所能操也。而權乃移於法。於是多為之法以禁防之。雖大奸有所不能逾，而賢智之臣亦無能效尺寸於法之外湘與兢兢奉法，以求無過而已。於是天子之權，不寄之人臣，而寄之胥吏。”（《日知錄》卷九《政事·守令》）梁啟超寫過一篇題為《論中國積弱由於防弊》的文章，他所舉的事例未必都是正確，但他所說的“後世之為天下也私，故務防弊”，“務防弊者，一弊未弭，百弊已起，如耷漏屋，愈耷愈漏；如補破袖，愈補愈破”（《梁啟超文集》第30頁）。他們所痛心疾首指出來的，都是殘酷的事實。大抵防鬧過甚，牽製太多，則官員消極保位，風氣必流於因循苟且。加之條例苛煩，即使是老於官場的官僚，也很難熟練掌握與運用流傳的案牘（這些案讀中包括祖宗以來曆朝的舊典和數不清的案例）。明宣宗嚐語侍臣，說：“朕抵奉祖宗成法，諸司事有疑礙而奏請者，必命考舊典。蓋皇曾祖肇建國家，皇祖、皇考相承，法製洋備，況曆涉世務，練達人情，謀慮深遠。子孫遵而行之，猶恐未至。世之作聰明，亂舊章，馴至敗亡，往事多有可鑒。”（《典故舊聞》卷九）皇帝重視“典”，官員們當然同樣必須重視舊典，掌握舊典。案例實際上也是一種舊典。社會上千奇萬怪的案件，律、敕之所不該載者，都是比類成例來處分的。所以不熟悉例，也便無法當官。糟糕的正是苦讀《四書》、《五經》，擅長八股出身的官員們對這些都不熟悉，至少是需要相當長的時期才能熟悉。這就使吏成為他們不可缺少的依靠。即以一道題本而論，“每題一事，必先引例載若何？而今此事若何？查與某例相符，或事與例雖未符而有某例可援，且查曾有某事即照此例辦理，今此事與此例相合與否？凡題一事，必引例數次廬敘亦數次。初視似繁文，然苟少與例不符，即無辦法”（《天咫偶聞》卷一）。可見即使一道公事的奏本，離開了老於案牘的吏員，這個官也就當不成。官與吏分途，大體上是自明始。黃宗羲列吏胥之害，大要有四：“其一，今之胥吏，以徒隸為之，所謂皇皇求利者。而當可以為利之處，則亦何所不至，創為文網，以濟其私。凡今之所設施之科條，皆出於吏。是以天下有吏之法，無朝廷之法。其二，天下之吏，既為無賴子所據，而佐貳又為吏之出身，士人目為異途，羞與為伍。承平之世，士人眾多，出仕之途既狹，遂使有才者老死邱壑，非如孔孟之時委吏乘田抱關擊析之皆士人也。其三，各衙門之佐貳，不自其長辟召，一一銓之吏部，即其名姓且不能追，況其人之賢不肖乎？故控部化為簽部，貽笑千古。其四，京師權要之吏，頂首皆數千金，父傳之子，兄傳之弟，其一人麗於法，後而繼一人焉，則其子若弟也；不然，則其傳衣缽者也。是以今天下無封建之國，有封建之吏。”（《明夷待訪錄·胥吏》）盡管這都是事實，但當時的官場，離開了吏就無法運轉。明中葉以後的政治，除了朝廷中官僚之間的傾軋之外，實際的日常運轉主要就是依靠吏，運轉的程序所依據的便是例。因此，縱使皇帝十年、二十年不見大臣。或者如萬曆末年，官缺不補，一時內閣隻方從哲一人。從哲請增閣員，帝以一人足辦，不允，從哲於是臥假四十餘日，閣中闃無一人。六部堂上官有時僅四、五人，都禦史數年空署，原額五十餘人的給事中僅存四個，百餘員的禦史僅止五人。形成六部則長貳無人人卿則強半虛曠，通政、大理亦無現官，種種奇怪現象。但是這個腐敗不堪的政權仍然可以在“吏”與“例”的雙軌上，猶如一輛敗爛而無人駕駛的機車，在慣性的驅動下，沿著下坡，繼續蹣跚地、顛簸地向著死亡緩慢滑行。