程克祥返渝報告周佛海有反正之意，得到戴笠的認可。當時因陳恭澍叛變，軍統上海工作全麵失敗，戴笠把寶全都押在了周佛海身上，他破例召見了程克祥，許以官位，發給密碼，要他徹底搞定周佛海，並掌握楊惺華、羅君強的動態。
1943年底，程克祥返滬，在周佛海處建立了直通戴笠的電台。次年他出任周佛海所轄的偽軍委會作戰科長，負責部署偽軍接應國民黨軍反攻，如偽孫良誠部部署在豫東——蘇北及揚州一帶，控製長江交通；吳化文部在魯南——蚌埠一線，控製津浦路，截斷南北交通，以策應反攻南京；並安排軍統局張恒任偽十二軍軍長，分布於滬杭沿線，策應反攻上海及杭州等。1945年初，大體部署完成。
軍統局通過策反汪偽第三號人物周佛海，利用其所掌握的軍權控製了偽軍。
此外，戴笠為不使偽軍被中共方麵爭取，還專門成立了一個“策反委員會”，自1942年後就布置了多條線索去各地爭取偽軍，如1942年10月派姚虎臣、李夏榮負責策反汪偽廣州要港司令招桂章；1943年在澳門設立軍統粵海站，派姚虎臣、何崇校負責策反華南偽軍；1945年初派張子奇往河南、江蘇，運用他過去與西北軍的關係，策反孫殿英、張嵐峰、任援道等部偽軍等。
戴笠給他們的明確任務就是掌握偽軍用以反共，並對新四軍、八路軍作戰。
據軍統自己的統計，到1944年底他們共策反偽軍七十三起，官兵五十六萬一千○三十人，槍四十一萬九千二百四十六支。這些數字，確實與否不能考證，但可以認定的是其中當然包括了相當部分的反複情況。
軍統策反周佛海在此期間做的另一件大事，就是幹掉汪偽特務頭目李士群。
李士群是偽特務組織的實際創始人和實權派人物，曾為汪偽政府的成立與發展起了重要作用。此刻他在汪偽內部正是權勢遮天，是個人人懼怕的魔王，且頭腦靈活，狡兔三窟。
本來，戴笠在派唐生明“投汪”時，曾給他一個任務是要拉攏李士群。
因李士群一度曾是唐生明兄唐生智的部下，但李士群以時過人非，並不多搭理唐生明，使他無隙可乘。1941年8月，戴笠又通過杜月笙找到過去對李士群有恩的上海律師餘祥琴，發展他加入軍統局，指示他去見李士群，要李殺了汪精衛或劫持他來重慶立功。9月，餘祥琴返回上海，密見李士群，轉達了戴笠的意思，說若如此做了，“不但既往不咎，且代蔣委員長保證給你更好的地位和優厚的獎勵”。李士群對此當即否決，他表示“願誠意與戴先生合作”，但唯有害汪一事不能辦，並要“請戴先生給我一封親筆信”才能相信。雖然後來餘祥琴乃至唐生明都在繼續做李的工作，但因李士群根本上是靠日本人才發跡的，且因個人曆史上曾吃過中統大虧等原因，他的“合作”表態，基本上是敷衍重慶的。對此，戴笠對李隻有表態沒有行動的情況已經分析得心中有數。但他對李除了繼續以權利相誘外，也沒別的辦法。
李士群是個爭強好勝的人，他急於立功和顯示本領，想與戴笠、徐恩曾之流鬥一鬥，表現出他的能耐。在與重慶的特工戰中，特別是在上海與軍統上海區的鬥爭中，李士群心狠手辣窮追不放多次得手，逮捕並殺害了許多“重慶分子”，大大地得罪了兩統，特別是戴笠和軍統。因潛伏在上海的軍統力量基本上被他肅清，戴笠漸變得對他恨之入骨，列入重點打擊目標，雙方想轉圜關係已不可能。當周佛海表示歸順後，戴笠對他的第一個要求就是幹掉李士群。
李士群的暴虐性格使其在汪偽內部樹敵過多，特別是他隻買汪精衛的賬，對頂頭上司周佛海也不恭敬，弄得周佛海大為不滿，也想除掉他。而最關鍵的是李士群權高氣盛，居然發展到不聽日本人的話，為壯大自己的武裝敢與日軍搶奪軍糧，這就注定了他最後被殺的命運。
周佛海設計了除掉李士群的上中下三策，以日本人出麵殺他為上策，汪偽內訌為中策，軍統派人動手為下策，經過再三考慮，決定采用上策。
1943年秋，李士群為爭奪偽稅警團團長一職又與周佛海、羅君強、熊劍東等人發生激烈的爭鬥。他曾派人在上海北站暗殺稅警團副團長熊劍東未成，殺手反被日軍捕獲。軍統得知這一動態後，密令已在掌握中的周佛海，製造日、李矛盾除掉李。周佛海於是使反間計，利用李士群在“清鄉”中發展私人勢力引起日軍猜忌的機會，向日本人明確傳達了“李士群立場不穩”的信息，說他有“通共”嫌疑，加上李在日本軍方的靠山特務“梅機關”首腦晴氣慶胤與影佐禎昭相繼調往他處，繼任的柴山兼四郎不喜歡李，於是李的厄運開始了。