1．說服大漢奸不是件容易的事；2．鑒於趙某過去虛報冒領揮霍無度的事例，申請增加經費一事絕不可能。朱家驊斥責趙祺“尤不知自反甫，準複職竟又分外請費，不知是何居心，應予申斥”。
1940年5月7日，趙祺向朱家驊提議任命陶仲和為市黨部委員，次日又電請增加經費撥款。朱對南京黨部的貪得無厭十分惱火，他批道：“國難當頭，黨費支絀，該部客夏以來，耗費公帑甚巨，迄今毫無成績。中央甫寬其既往，再準一是，即定增費，實屬非是。應並參考前批再複，嚴予申斥。”
但趙並不死心，9日，他再電報告說南京市黨部決定成立“行動隊”，開展刺殺漢奸等行動。這一點卻正中朱家驊的下懷，於是最後終於得批：“電令照準，增加經費。”
拿到錢後，趙祺為了應付差事，策劃了一些小規模的行動。如為慶賀國民黨軍所謂“粵豫會戰”成功，向蔣介石報告策動“南京全市商店拒用日本軍用票”運動，據報告取得一定實效，“敵偽令止，無大效果”。又如，1940年8月4日，在南京永和園茶館突襲偽《南京新報》社長、漢奸秦默哂，因當時手邊無利器，情急之中操以櫃台上鐵算盤將其頭部擊傷，秦落荒而逃。
雖然這次出手並不是什麼大的行動，但在中統南京地下組織方麵，已經是一次破天荒之舉，朱家驊聞之非常高興，急忙去電嘉獎，並允增加經費。另外，7月間李光輝在汪偽特務黃凱家中發現有寄自重慶磁器口董家橋25號鄒鍾林通訊處的信件一紙，提醒渝方注意。朱家驊批交由中統局進行調查。8月20日，趙祺保薦秦傑、張紹揆二人加入組織工作；22日，又派大學生兩人進入汪偽中大建立組織，派三人進入日偽合辦的“新華無線電學校”工作。
不久後，剛剛起步的南京國民黨地下組織活動就遭受到了日偽的重創。
8月26日，趙祺報告：南京市黨部在京機關8日夜遭到日偽破壞，陳覺悟、石超等七人被捕，李光輝幸免逃滬，敵四處張貼趙祺照片進行通緝，環境險惡。12月12日，受此案牽連，汪偽警察廳督察處長鄧銘豎被認定與重慶方麵有聯係而被捕。
12月13日，又報：8月底，重組之南京市地下黨部以夏恩臨（李光輝）暫代書記長，委員有以下數人：
趙祺（化名王誌觀）、夏恩臨（化名李光輝）、張紹揆（化名朱熙民）、陶仲和（化名姚君義）、秦傑（化名陳予明）、俞采丞、陸玄南（化名鍾平）。
1941年1月9日，朱家驊接報，南京市地下黨部委員陸玄南“在職殉難”。為此他發出專函表示哀悼，並對陸給予了較高的評價。11日，朱家驊又致函國民黨中央秘書長葉楚傖，提議撥款兩千元撫恤金慰問陸父。
經過這次挫折，南京的地下工作陷入暫時的停頓狀態。工作人員滯留上海，不敢回南京。1941年初，李光輝以國民黨南京地下市黨部的名義向重慶發來報告稱：“因機關留滬尚未赴京，但京市工作並未停頓。本自因常留京，又因電台設備及其他接洽關係，須常在京滬間往返。”朱家驊在電報上批道：“據報彼等僅到京二次，實屬痛心。著即申複以後必須常川留京，工作努力，不得赴滬，否則隻有立即撤回。”3月11日，吳開先與吳紹澍致電報告朱家驊：李光輝等人曾去南京兩次，但其工作成績無法核查。建議批準他們的“行動與組織分離”的計劃，以防今後再遭大的破壞。“但京市目前尚無行動”，要準備一筆用於營救被捕者的“營救準備金”，但拒絕其領用中央或中組部“工作證”的要求，另請派熟悉京市情況的中央大員來京滬主持工作，“就近指揮”。
8月20日，朱家驊致電吳紹澍，指示應南京市黨部的要求，對於剛獲釋的被捕人員李瑞芝、徐廣仁、張至仁、韓慕周、劉文彬及戚忠六等六人，各發撫慰金八百元。
1941年11月11日，吳紹澍電告朱家驊，因掩護措施及經費問題未解決，新委任的南京市地下黨部主任委員李文齋尚未到達南京。
總括上述諸端史實，可以看出，據朱家驊檔案所載，國民黨中統機構在恢複與重建南京地下市黨部工作方麵做了不少的努力，但結果工作成效並不顯著。究其原因，大概有以下幾個方麵：