1368年正月，明太祖朱元璋正式建立朱明王朝。次年，明開國大將徐達進軍寧夏，至洪武三年（1370年）四月，消滅了殘元在寧夏的最後一股力量，基本控製了寧夏地區。但從明初開始，明朝一直麵臨著兩大邊患。一是殘元（史稱“北元”）在北方的兵力仍然很強大，“元人北歸，屢謀興複”，經常南下擾掠，主要有韃靼、瓦剌兩支。韃靼是東部成吉思汗後裔各部的總稱，瓦剌為西部蒙古各部的總稱。自洪武以來，韃靼與瓦剌相交迭出，與明朝抗衡，可謂這兩股勢力伴隨著明朝的始與終。二是女真的興起，威逼著明朝的東北邊防。
寧夏地近蒙古，是明朝防禦韃靼、瓦剌的邊防要地。韃靼、瓦剌對明朝的擾掠和威脅，也自然以寧夏為首衝要地。
麵對韃靼、瓦剌勢力，明朝先後采取了不同的防禦戰略。
開國之初製造北部無人區。明初，因韃靼、瓦剌勢力強大，明軍暫無力據守寧夏，故在洪武三年至五年（1370～1372年），把寧夏北部居民遷往西安一帶，造成北部無人區，以為防禦地帶。四五年後，隨著明軍軍事力量的加強，寧夏北部人口才得以陸續回遷。
明洪武五年（1372年）以後，明朝主要是采取建立軍鎮、衛所、堡寨、烽堠等軍事指揮體係來加強對韃靼、瓦剌的防禦。
明初占據寧夏時一度設過寧夏府，後因成為無人區於洪武五年廢棄。洪武九年（1376年）首設寧夏衛，歸陝西都司管轄。洪武十七年（1384年）在寧夏城內設寧夏前衛。洪武二十五年（1392年）又在寧夏城內分置寧夏左屯衛、寧夏右屯衛。至洪武二十八年（1395年），罷寧夏衛及寧夏左屯衛、寧夏右屯衛，由慶王朱栴統理慶陽、寧夏、延安、綏德諸衛的軍務。
建文四年（1402年）後，麵對韃靼、瓦剌的威脅，明朝在東起鴨綠江，西抵嘉峪關的萬裏防線上，先後建起了遼東、宣府、大同、延綏（榆林）、寧夏、甘肅、薊州、偏關（太原）及固原9個軍事重鎮，總稱“九邊”。在九邊重鎮中，寧夏地區就占有2鎮。寧夏鎮近臨瓦剌各部，直接遭受強敵的威脅。固原鎮為關中門戶，地處延綏、寧夏、甘肅三鎮之中，軍事地理位置十分重要。這3個鎮在九邊中也稱“西三邊”。因固原鎮在“西三邊”的特殊位置，至成化十年（1474年），朝廷始設三邊總製，駐節固原，統一指揮延綏、寧夏、甘肅、固原四鎮的軍事行動，四大軍鎮的總兵、巡撫均受製於三邊總製。嘉靖十八年（1539年）改三邊總製為三邊總督，移駐花馬池。
自設寧夏鎮後，又先後恢複了寧夏城內左屯衛、右屯衛、寧夏衛，並在寧夏鎮周圍新置寧夏前衛、寧夏中屯衛，寧夏總鎮共轄以上5衛，其轄地又分南路邵剛堡、北路平虜城、中路靈州、西路中衛、東路後衛（今鹽池）。合計7衛3路，每衛各有5個千戶所。另加靈州、興武營2個守禦千戶所及寧夏群牧千戶所（今同心韋州），共有38個千戶所。固原鎮轄平虜千戶所（今同心預旺）、鎮戎千戶所（今固原市原州區八營）、西安州千戶所（今海原西安鎮）及甘州群牧千戶所（肅王牧地）。
鎮—衛—所—堡寨—烽堠是明代自上而下防禦敵兵的最為完美的軍事指揮機構和防禦體係，而長城則是維護這種防禦體係的軍事骨幹工程。
明朝對邊境上構築的防禦工程多稱“長城”“邊牆”。此外還有很多叫法，如“城垣”“石垣”“塞垣”“邊隘”“邊垣”“邊城”“邊壕”“牆塹”“牆溝”“溝塹”“深溝高壘”“扼塞”“藩籬”“版築”“修邊”“築牆”“大邊”“小邊”“土邊”“壕堤”“長堤”“百堵”，等等。