在南疆形勢基本安定之後，盛世才唯恐其力量壯大，不好控製，於是通過“新疆陸軍點編委員會”下令解散伊斯哈克伯克旅，任命伊斯哈克伯克為烏恰設治局局長。他不計個人得失，決心搞好家鄉建設。上任後，將境內的100多戶貧苦牧民集中起來，安排到黑孜葦地區，無償地給他們提供生產工具、土地和住房，又設法將牛羊分給生活極貧苦的牧民，組織他們開荒生產，使貧苦牧民安居樂業。為改變柯爾克孜族文化教育事業落後的麵貌，發動柯文會辦起了幾所能使牧民孩子寄宿的學校，並讓276名貧苦牧民子弟免費寄宿入學。多次向政府陳述修建公路的重要性，在取得政府同意後，親自動員和組織群眾建成了喀什至艾爾克西塔木（今伊爾克什坦）的260公裏公路，後來又在短期內建成了喀什至托雲、吐爾尕特的公路。在撲滅瘟疫方麵做了許多有效的工作。1937年，麻木提、馬虎山相繼在和田、喀什發動叛亂，南疆形勢極其混亂。為平息南疆叛亂，盛世才重新起用伊斯哈克伯克，重建伊斯哈克旅，配合蘇聯方麵派來的部隊，共同平息了馬虎山及麻木提部隊的叛亂，徹底消滅了叛軍，南疆複歸安定。南疆安定以後，盛世才開始清除不屬於自己心腹的軍政界人物。盛世才多次電招伊斯哈克伯克赴迪化。伊斯哈克伯克洞察盛世才的險惡用心，拒赴迪化。之後，盛世才強行下令解除伊斯哈克伯克的旅長職務，調到伊犁任哈薩克柯爾克孜文化促進會會長。伊斯哈克伯克到伊犁就職後認真整理了文化促進會，並利用文化促進會的名義將各縣的民間歌手-阿肯、“瑪納斯奇”組織起來演出。1942年初在獲悉盛世才要對他下毒手的情報後，帶著4歲的兒子，離國赴蘇。盛世才知道後大怒，派人將其家眷押往迪化監獄。其7歲的兒子吐爾遜病死在獄中，妻子古裏尼被盛世才的爪牙霸占。伊斯哈克伯克忍受巨大痛苦，克服各種困難，在蘇聯支持下將逃蘇德的200多人召集起來，編成兩個大隊，進行政治和軍事訓練，做好起義準備。1944年10月初，與鞏哈縣遊擊隊負責人法提赫在蘇境相見，兩人共商起義大計，決定在鞏哈發動起義。10月5日，鞏哈縣遊擊隊和群眾共1600餘人聚集烏拉斯台山舉行起義，分三路向縣城發動攻擊。經27小時的激戰，守軍投降，起義軍占領了鞏哈縣城。11月16日，伊斯哈克伯克率領一營騎兵趕至伊寧，參加圍攻艾林巴克等國民黨軍隊據點的戰鬥，並取得戰鬥的勝利。
1945年4月8日，三區民族軍正式成立，伊斯哈克伯克被任命為第一騎兵旅旅長，授予少將軍銜。民族軍三線出擊，重點是中線戰場，攻打烏蘇和精河，伊斯哈、克伯克與總指揮波裏諾夫等研究製定中線作戰計劃，決定由伊斯哈克伯克直接指揮精河戰役。9月3日淩晨5時，伊斯哈克伯克率領民族軍發動攻擊，一舉攻克永集湖。9月7日，民族軍苦戰數天，又攻克了八家戶。此時，精河國民黨守軍一片驚慌，伊斯哈克伯克抓住有利戰機，集中所有兵力向精河發起全麵攻擊，全殲守敵，俘虜國民黨軍官3000餘人，繳獲無數槍炮，取得精河、烏蘇戰役的勝利。之後，“三區”臨時政府任命其為南線武裝鬥爭總指揮，率領民族軍到蒲犁，進行遊擊戰爭。1945年9月中旬，遊擊隊向蒲犁國民黨發起攻擊，占領蒲犁。1945年10月8日，臨時政府表彰伊斯哈克伯克“不僅是革命的熱心參加者，而且是天才的指揮者，表現了令人敬歎的勇敢。”1945年10月14日，臨時政府授予其中將軍銜。不久接替波裏諾夫的職務，被任命為民族軍的總指揮，成為“三區”方麵的最高軍事長官。