接受火葬的死者一般都是不孕，身上有創傷、因難產而死和懷孕時死去的婦女以及其他被認為有罪的人。這樣的人死後，要先焚其屍骨，收其骨灰，第二年再埋葬。按顧柯爾克孜人的喪葬習俗，無論采取哪種方式，死者總要回到大地母親的懷抱。實行土葬時，要將死者生前用過的武器、裝飾品、碗罐和其他用品以及他的坐騎等作為陪葬物，帶到來世。死者被埋葬後，親屬要上墳、為其燒紙、燒油，做禱告。其生前好友，親戚們在聽到噩耗後，要騎馬，披發，哭著來到死者家，三環氈房，然後下馬走進房裏，三環屍而哭，與死者告別。死者妻子和女性親屬要披頭散發，戴黑色頭巾或黑布，麵朝西而坐，哭唱懷念死者的喪歌。每當有吊唁者來到之時，她們都要哭唱。在一般的情況下，每天隻哭三遍，直到滿四十天。之後，不再服孝，到了一周年要過“阿西”（紀念死者周年的祭奠儀式）。
古代柯爾克孜族還有樹葬的習俗。有些大部落首領自認為其源於樹。他們“祠神惟主水草，祭無時。”93。所以，有些史料記載，“他們不把死者掩埋入地下，而是把盛著屍體的棺木放在高樹上，聽其腐爛和消失。”94這實際上仍是將死者歸還生他的“樹母”或“樹神”的一種方式。承托死者的樹是神在聖地造化的聖樹。古柯爾克孜人經常祭祠這樣的神樹，願它平安，求它饒恕死者生前的罪過，讓他在另一個世界得到安息。這與現代柯爾克孜人祭祠聖樹，在上麵綁布條，求它保佑自己的習俗基本相同。此外，他們還在墳地上豎起一根木杆，並在其上麵綁上白色、藍色、紅色、黃色等各種布條，經常上墳為死者祭祀。古代柯爾克孜族認為，聖樹能給人帶來平安，它是死者能夠洗刷自己罪過的葬身之地，葬在那裏可以在來世免遭折磨。人的罪過是從肉體和血液中產生的，隻有通過樹神的幫助才能使肉體腐爛，血液幹涸，免遭罪孽。因此，人死之後他們便把屍體放進棺木之中，掛在樹上，過幾年，使屍體腐爛之後，在收其屍骨進行土葬。每年的4月18日，他們都要宰殺白馬、花牛進行祭祀活動，表達對樹神的祭拜。
在現代社會，柯爾克孜族除了黑龍江富裕縣和新疆塔城地區額敏縣兩地居住的之外，都要按照伊斯蘭教的習俗舉行喪葬活動。上述兩個地方的柯爾克孜族因為信仰薩滿教或喇嘛教而有他們自己區別於主體柯爾克孜族的獨特的喪葬習俗。柯爾克孜族的喪葬儀式通常都會十分嚴肅而莊重。喪葬儀式，既保留了很多古老薩滿教的因素，也有後來伊斯蘭教的傳統。當人斷氣之前，通常會邀請一位伊瑪木坐在他身邊輕聲誦讀《古蘭經》文。斷氣後要抽掉死者頭下的枕頭，把死者的頭放平，用白色紗布把死者下頜兜起來，用白布將死者的兩腳大拇指捆綁在一起，將起胳膊平放在屍體兩側。人死後另立氈房，把屍體安放在其中，讓死者頭朝北，麵朝西躺下。家裏人穿上黑色衣服，婦女戴黑紗，麵朝西跪坐哭唱“哭喪歌”，讚頌死者生前的事跡，表達對死者的緬懷之情。在氈房左角掛上還要掛上死者的帽子、衣服、鞭子等生前用品，門外豎起一麵黑旗。家裏年輕男子和小孩要支著木棍站立在停放屍體的氈房前放聲哭泣，並唱送葬的“離別歌”。男人或親屬騎馬到各地向親友報喪。邀請阿訇念誦《古蘭經》。家裏人或死者的親屬們輪流守屍。喪禮前，阿訇在死者嘴裏滴入幾滴水，以示超度升天。
死者下葬時必須完成四項基本要求：淨身、穿戴、行殯禮、下葬。為死者“淨身”時，先要將死者的屍體停放在木床上，屍體上蓋一塊白色布單，將屍體安放在特意準備的氈房內。然後要準備溫水和兩把水壺。清洗屍體需要四個人，兩人負責倒水，兩人負責清洗。男洗男屍，女洗女屍。然後要將屍體擦幹淨。請洗完屍體後要用“凱品（裹屍布）”纏身，男性包三層，女性包五層，安放在靈柩（基納紮）內，用顏色鮮豔的毯子等蓋上。靈柩要抬到清真寺院內，在阿訇或伊瑪木主持下集體為死者默哀祈禱，舉行念經送葬儀式，給死者贖罪，祝願他早日進入天堂。出殯儀式不能在清真寺大殿內進行，而要在院裏舉行。出殯禮要避開日出、日落和正午時分，當然也不能在晚上進行。