近代以來，隨著柯爾克孜族不斷西遷，以及生活地域及社會環境的改變，隨著人口的增加而出現的牧場擴張，氏族部落之間的利益糾紛或戰爭而產生的分裂等等因素使古老的部落組織關係發生了許多轉變，原有的部落特征逐漸被新的部落關係所取代。私有製經濟逐漸占據重要位置，古老的部落公有製體製被取代。人們的家庭觀念、階級觀念也逐漸提升。原先那種以純粹父係血緣關係為紐帶的社會組織逐漸轉化為以地緣關係為基礎的社會關係。部落的構成也從純粹血緣關係為基礎逐步轉向在一定程度上融入同鄉及其他關係。新的部落體製逐步出現。
盡管如此，近代柯爾克孜族的部落組織雖然隨著深灰的變化和發展而逐漸瓦解，但部落觀念在柯爾克孜族的社會生活中依然占據很重要的位置，對人們的生活依然產生很大的影響。部落頭人在社會政治生活中依然有相當大的影響力。這種部落觀念被封建統治階級用來模糊人們的階級意識。封建主常常以“氏族互助”為名對牧民進行剝削。此外，當時流行於柯爾克孜族的傳統習慣法也是封建統治階級對部落觀念的一種利用，他以本部落傳統習慣為幌子，在貧富之間袒護富人，在男女之間袒護男子。
進入現代，柯爾克孜地區仍然保留了清代的伯克製度，並與保甲製度相結合。“伯克”一般都出任千戶長“明巴西”，相當於區長；“玉孜巴西”即百戶長，相當於鄉長或保長；“艾呂巴西”即五十戶長，相當於甲長或鄉警，最基層的還有“翁巴西”即十戶長。這是民國時期國民黨統治柯爾克孜族的一套嚴密的組織工具。基層政權完全控製在少數幾個伯克、大牧主和宗教領袖手裏。柯爾克孜族社會基本保持著遊牧社會的形態，生產力落後，加上上層階級層層盤剝，從而加劇了階級矛盾。人們的反帝反封建反官僚的意識不斷高漲。柯爾克孜族進步人士一方麵接受前蘇聯的社會主義觀念和馬列主義思想、另一方麵又受到中國共產黨人的啟發和引導，因此在各地相繼成立各種各樣的社會組織來統一他們的思想和行動。其中最重要的一個組織便是“柯爾克孜族文化促進會”。20世紀30年代中期在新疆首府迪化（今烏魯木齊），哈薩克族與柯爾克孜族聯合成立有哈薩克柯爾克孜文化促進會。哈柯文化促進會在柯爾克孜地區設有許多分支機構。喀什、阿合奇、烏恰、英吉沙、疏附、伽師等地均設有“柯爾克孜文化促進會”，簡稱“柯文會”。柯文會的工作主要是創辦學校、掃盲、開展群眾文化活動。領導人和工作人員均為本民族人土，有宗教上層人士、部落頭人，也有進步青年。經費主要來自民間。柯文會在群眾中影響極大，本民族的一些重大社會活動，大都通過柯文會進行，當地行政機關的一些工作有時也通過它來推動。如烏恰縣、阿合奇縣建縣，都是柯文會積極倡導和大力呼籲；阿合奇、烏恰縣的邊民與蘇聯邊民的貿易，大都是柯文會組織進行。在抗日戰爭期間，柯文會還積極宣傳抗戰，並為抗日戰爭前線和蘇聯反法西斯戰爭前線募捐，支援前線。
阿合奇縣建縣以後，1941年（民國三十年）成立阿合奇縣柯爾克孜文化促進會，以倡導民族文化教育事業為宗旨。“柯文會”設有執行委員會和監察委員會，是柯文會領導機構，下設財政、秘書、宣傳、文化4個股。除興辦學校發展教育外，也興辦一些其他社會福利事業。抗日戰爭時期，邊疆地區物資緊張，柯文會與蘇聯開展以物易物形式的民間貿易，並以自己的畜力馱運隊作為雙邊貿易的運輸工具。