克孜勒蘇柯爾克孜自治州所屬三縣一市是先後經過不斷調整才得以形成的。1950年4月25日阿合奇縣人民政府成立，隸屬於阿克蘇專區公署。1952年，伽師縣的哈拉峻（包括現在的哈拉峻鄉和吐古買提鄉）、格達良鄉劃歸阿圖什縣。1954年7月14日克孜勒蘇柯爾克孜自治區成立後，阿圖什劃歸克孜勒蘇自治區，並成為首府所在地。1954年12月，劃歸克孜勒蘇柯爾克孜族自治區的阿克陶，由國務院正式批準成立阿克陶縣。
自治州成立之後，自治州各級部門全麵貫徹執行黨和國家製定的民族區域自治政策，柯爾克孜族人民充分行使在國家法律保護下的民族自治權利，自主管理本民族的各項事業和地方經濟文化建設，充分發揮黨和國家賦予民族地區的一係列優惠政策和民族自治的優勢，各項事業取得長足發展。1958年6月27日，自治州第二次人民代表大會第一次會議通過《克孜勒蘇克爾克孜自治州人民代表大會和人民委員會組織條例》並上報新疆維吾爾自治區和全國人民代表大會常務委員會。1966年3月29日，全國人民代表大會常務委員會第29次會議批準《新疆維吾爾自治區克孜勒蘇克爾克孜自治州人民代表大會和人民委員會組織條例》，這個條例共四章四十八條，是自治州成立以來經全國人民代表大會常務委員會批準的第一個條例。
《中華人民共和國民族區域自治法》賦予民族自治地方的權力。自治法第7章67條詳細規定了自治權。克孜勒蘇柯爾克孜自治州的自治機關根據自治法，有效地行使著自治權。自治州曆屆主席、州長、曆屆人大常委會主任均由自治民族柯爾克孜族擔任。自治州依照法律規定，對本地區的自然資源開發利用、對外貿易、經濟開發、財政管理以及教育、科技、文化藝術、體育衛生等方麵的交流協作，都充分行使自主權。在文字上，使用了自治民族的文字行使公文。人大常委會和人民政府領導成員和各工作部門的幹部中都按比例配備了自治民族的幹部。為了培養自治民族的幹部，國家各類學校在招生中，企業單位在招工招幹時都對少數民族給予一定的優惠照顧。還從當地自治民族中培養了大批各級幹部、專業人員、教師、醫生、科技管理人員參加民族自治地方的工作。
根據《中華人民共和國憲法》和1984年製定頒布的《中華人民共和國民族區域自治法》，並結合本地實際，從1986年開始討論製定《克孜勒蘇柯爾克孜自治州自治條例》。截至1996年底，共討論修改了十稿，並報自治區人大常委會批準。自治條例共分為九章七十二條。第一章為總則；第二章為克州的自治機關；第三章為克州人民法院和人民檢察院；第四章為克州公務員和職工隊伍建設；第五章為克州的經濟建設；第六章為克州的財政管理；第七章為克州的文化建設；第八章為克州的民族關係和宗教事務；第九章為附則。《條例》對實施《民族區域自治法》，發展自治州的政治、經濟、文化、科學技術等事業的自治措施都作了明確規定，使黨的民族區域自治政策得到具體落實，以保證在國家統一領導下，各少數民族充分發揮區域自治的民主權利，根據本地的地方特色、民族特點、經濟特點，靈活多樣地進行自治州的各項建設，發展自治州的經濟、文化事業。
根據《中華人民共和國民族區域自治法》關於“民族自治地方內其他少數民族聚居地方，建立相應的自治地方或民族鄉”的規定，在新疆維吾爾自治區境內相繼建立的柯爾克孜族民族鄉分別有：特克斯縣闊克鐵熱克柯爾克孜民族鄉，昭蘇縣夏特柯爾克孜民族鄉，溫宿縣包孜墩柯爾克孜民族鄉，烏什縣亞曼蘇柯爾克孜民族鄉，塔什庫爾幹塔吉克自治縣科克雅爾柯爾克孜民族鄉，皮山縣康克爾柯爾克孜民族鄉等。在黑龍江省富裕縣還有一個友誼鄉為柯爾克孜族等民族鄉，其中富裕縣友誼鄉五家子村和富裕牧場七家子村是柯爾克孜民族村。