柯爾克孜族的西遷和東遷一直是是國內國際史學界爭論比較多的一個題目。柯爾克孜族向西遷徙最早在公元1世紀70年代。當時漢朝聯合堅昆、丁零、烏孫、烏揭等部，向匈奴發起進攻，推翻了匈奴在漠北的統治。匈奴被迫西遷，一部分堅昆人也隨其遷入天山、中亞一帶。《三國誌·魏書》載：在匈奴之北有堅昆，在康居西北又有堅昆。康居當時在巴爾喀什湖和鹹海之間，這表明堅昆人已經遷至鹹海以西了。《隋書·鐵勒傳》也載：“伊吾以西，焉耆以北，傍白山則有契骨。”伊吾即今哈密一帶，焉耆即今焉耆一帶，白山即天山，契骨即古代柯爾克孜族的一部。這就說明在哈密以西、焉耆以北、天山南麓已有古柯爾克孜人居住。天上南部的尉頭（今阿合奇一帶）也有古柯爾克孜人。這是柯爾克孜族第一次在天上及中亞的出現。6世紀80年代契骨隨突厥西遷，9世紀40年代黠戛斯隨回鶻西遷。回鶻戰敗之後舉部西遷，部分黠戛斯（柯爾克孜族）士兵尾隨其後西進，有的遷到天山南麓的庫車，有的遷到吉木薩爾，大部分則遷到楚河、塔拉斯河、納倫以及伊犁、阿合奇、烏恰等地定居。此為第二次大規模西遷。13-14世紀吉利吉斯遭受蒙古人統治，不堪忍受欺淩的柯爾克孜族一直沒有停止西遷。17-19世紀在長達一個多世紀，柯爾克孜族的西遷是伴隨著戰爭、災荒、瘟疫進行的，幾乎所有的柯爾克孜人都被迫離開了故鄉，人員傷亡慘重，牲畜死亡過半，經濟全麵崩潰。柯爾克孜民族不僅失去了祖先締造的城市和發達的灌溉農業，而且佚失了本民族的文化成就標誌之一的文字。柯爾克孜族的這場災難是蒙古瓦刺部、阿爾泰部和準噶爾部以及凶殘的沙俄侵略軍共同造成的。在葉尼塞河流域，柯爾克孜族同準噶爾貴族進行長期艱苦的戰爭，虎視眈眈的沙俄乘機而入，對葉尼塞河進行大肆進攻和侵略。柯爾克孜族前後受敵，堅持同沙俄和準噶爾貴族進行長達一個世紀的抗爭。最後被迫又一次大舉西遷，到達天山以南的喀什噶爾，中亞的費爾幹納盆地，帕米爾高原的興都庫什山及喀喇昆侖山遊牧。關於這一點，從19世紀哈薩克民族誌學者巧坎·瓦裏漢諾夫的描述也能得到證實：“就在大雪紛飛，人畜遭災的那一年，準噶爾渾台吉噶爾丹策零親率無數大軍，突然出現在哈薩克草原，殘酷鎮壓這裏的進行反抗的哈薩克、布魯特人。這些事先毫無防備的難民，倉促四散奔逃。被殘暴的準噶爾軍隊跟蹤追擊的哈薩克、布魯特人像受驚的黃羊一樣，一路扔掉自己的財產，甚至不顧老弱病殘人員和孩子、家具、瘦弱的牲畜，向南逃亡。中玉茲哈薩克人逃到薩瑪爾罕附近，小玉茲哈薩克人逃到希瓦和布哈拉之間。布魯特人則逃到浦犁地區無人居住的森林山間，甚至到達那遙遠的英吉沙附近”。25這樣殘酷的現實，以及長期不斷的遷徙最終迫使葉尼塞柯爾克孜族和天山柯爾克孜族不得不融為一體，同時也形成了具有共同語言、共同生活地域，共同的經濟文化生活、共同的心理狀態的現代民族。
柯爾克孜族向西遷徙造就了目前中亞新疆各地柯爾克孜族生活地域的基本格局，是柯爾克孜族成為新疆和中亞地區主要的世居民族之一。除可上述幾次大的西遷之外，柯爾克孜族曆史上還有很多規模較小的遷徙。其中，受人們關注的是黑龍江柯爾克孜族的遷徙。黑龍江柯爾克孜族在曆史上有三次東遷活動，分別發生在1293年，1733年，1775年。第一次，元朝政府將葉尼塞河流域的一部分乞爾吉斯、憨哈納思等部東遷至鬆花江流域今黑龍江肇源縣一帶，並在那裏建立了肇州縣。第二次，是清朝雍正十一年，既1733年4月，一部分柯爾克孜從喀爾喀特斯河流域遷至齊齊哈爾，並被編入八旗。第三次，是在乾清朝隆二十二年，即1757年5月，部分柯爾克孜人從烏裏雅蘇台啟程，途經蒙古喀爾喀草原，遷至呼倫貝爾。
從9世紀起始的遷徙活動，使柯爾克孜人逐漸分成東西兩支。其中，東支是居住在葉尼塞河流域的原始血統以及東遷至我國黑龍江的柯爾克孜族，西支則遷徙並定居到了阿爾泰山、天上一帶。這種遷徙活動延續至18世紀，柯爾克孜基本完成了從葉尼塞河到黑龍江以及到天山及中亞地區的大遷徙。但是，這種遷徙雖然迫使柯爾克孜族離開了祖先的故土，造成了與各部落各民族的大融合，但是葉尼塞河流域依然留存了一些原始部落分支。不能否認，那些留在葉尼塞河流域的古柯爾克孜族與今天生活在阿爾泰、哈卡斯以及圖瓦等俄羅斯共和國境內的民族有著非常密切的淵源關係。無論有怎樣的遷徙和流動，柯爾克孜族在自己的發祥地所留下的痕跡是永遠不能消失的。