柯爾克孜族的發祥地是葉尼塞河上遊地區。那麼，今天生活在新疆以及中亞各地的柯爾克孜族有時如何遷徙到這個地區來的呢？如果不談柯爾克孜族從葉尼塞河到中亞的大遷徙，就無法說清現代柯爾克孜族形成發展的曆史背景。柯爾克孜族的遷徙分為五個階段。第一次是發生在公元1世紀。其遷徙的背景是漢朝聯合堅昆等向匈奴發起大規模進攻，最終推翻了匈奴在漠北的統治。北匈奴郅支單於西遷中亞。受其統治的葉尼塞柯爾克孜人以及與其作戰的柯爾克孜人尾隨其後向西遷徙。這應該是最早遷居中亞和天山柯爾克孜人。這也從一定程度上改變了柯爾克孜人的布局。根據《三國誌·魏誌》引用的《魏略·西戎傳》記載，除了葉尼塞河上遊的堅昆人之外，在匈奴之北有隔昆，在康居西北有堅昆，他們應屬於當時柯爾克孜人的不同部落。經過魏、晉、南北朝之後，到了隋朝，古代柯爾克孜族人在西域的分布，史書已經有了明確的記載。《隋書·鐵勒傳》載：“伊吾以西，焉耆以北，傍白山有契骨。”伊吾即指今新疆哈密一代，焉耆即今新疆焉耆，白山即為現在的天山。而契骨即古代的柯爾克孜人。也就是說，隋朝時期在哈密之西至焉耆以北的天山山區已經有柯爾克孜族人分布。當然，這不全是漢代隨匈奴西遷的柯爾克孜人。應該說，這裏包括隨突厥人西遷而來的柯爾克孜人。6世紀中葉，突厥向外擴張，柯爾克孜人被裹挾隨之向西遷也是不爭的事實。突厥汗國時期西遷是柯爾克孜人得地二次遷移。柯爾克孜人的第三次遷徙發生在公元8-10世紀。蘇聯考古學家伯恩施坦認為，柯爾克孜族人滲入天山尤以8-10世紀人數最多。在那時，柯爾克孜人的天山支派徹底鞏固了起來。原因在於：第一，葉尼塞河柯爾克孜人首領皮茨謝（7世紀）與謝米列契秋爾格什顯貴以及卡爾魯克顯貴的代表人物有家族和婚姻關係；第二，存在於謝米列契和葉尼塞柯爾克孜人得魯尼文和物質文化的遺物（實物、軛具裝飾、衣物、武器），在很大程度上與葉尼塞河的相類似。另外，在《世界境域誌》中提到過七河地區有一座柯爾坎克孜汗城，“其中居民具有吉爾吉斯人的風習。”此外，8世紀中葉，黠戛斯與相鄰的回鶻人發生多次戰爭並最終摧毀回鶻汗國，並迫使其分三路遷出漠北。黠戛斯人尾隨西奔的回鶻人遷入西域，並曾一度占領安西、北庭等西域重鎮。據中外史料記載，此次遷徙不僅天山北部的北庭、塔拉斯、楚河一帶分布有大量的柯爾克孜人，在天山南部的喀什噶爾、烏什之北以至中亞的七河地區也已有大量柯爾克孜人分布。10世紀初期，契丹勢力興起，建立了遼國。這一時期，柯爾克孜人在與契丹人的角逐中也有大批向西遷徙。
清朝初期，柯爾克孜已基本上完成了從葉尼塞河向西南方向的大遷徙，並以天山為界，形成了天山以北的“東布魯特”和天山以南的“西布魯特”。清乾隆年間成書的《西域圖誌·圖考·東西布魯特圖說》稱：“東西布魯特附天山、蔥嶺而居。”也就說，柯爾克孜人分布在天山、帕米爾高原的山間地帶。《西域圖誌·東布魯特》又稱“東布魯特，在準噶爾西南，回部西北，天山山麓，近蔥嶺。”又稱“西布魯特在喀什噶爾西北三百裏，道由鄂什逾蔥嶺而至，與東布魯特相望。”《西域見聞錄》稱：“布魯特地界安集延、喀什噶爾之間”，“雜處於葉爾羌、喀什噶爾、烏什之深山密林之中”。顯然，這隻是西布魯特的分布。按照上述種種說法，東布魯特當分布在天山北部的伊犁、阿勒泰及伊塞克湖、納倫河沿岸及塔拉斯一帶。而西布魯特則分布在帕米爾高原及安集延一帶。
關於近代柯爾克孜族的分布問題是長期困擾學術界難題。因為在16-17世紀以柯爾克孜之名自稱的人同時出現在南西伯利亞、天山南北、帕米爾-阿萊山區、中亞以及哈薩克草原以及烏拉爾等彼此相隔遙遠的廣大地區。僅這一點就能夠證明柯爾克孜族與中亞各民族的形成發展過程有著長期的，十分密切的關係。