柯爾克孜族的先民“鬲昆”、“隔昆”、“堅昆”等最早均居住在今西伯利亞南部葉尼塞河上遊地區。但是，正像前蘇聯考古學家蒙蓋特在其《蘇聯考古學》一書中所記載的那樣，學術界對於柯爾克孜族的真正起源問題，仍然沒有做出令人信服的結論。根據的蒙蓋特的考古資料，堅昆人的居住地葉尼賽河上遊地區在公元前後的居民是既有歐羅巴種，也有蒙古利亞人種。這與我國漢文史料中有關柯爾克孜族祖先的記載有某種吻合。漢文史料中說，“黠戛斯”人一部分是“赤發、皙麵、綠瞳”，一部分人是黑發、黑眼。這從一定意義上證明了柯爾克孜族起源，以及形成發展過程的漫長和複雜性。今天的柯爾克孜族，也和其他民族一樣，是在不斷溶合周邊其他部落和部族，由小到大，在衰亡與複興的往複中，保存並逐漸走向現在的。
柯爾克孜族在自己的發展過程也融合了很多外來的部落血統，從而不斷優化了民族的素質，使自己經過無數次生死存亡的考驗，不斷走向複興和繁榮。柯爾克孜族在形成發展過程中，不斷融合外來部落和部族的事實從他們的傳說以及從諸多史料中都可以得到驗證。比如說在上述關於“柯爾烏古孜”的傳說中，除了描述族名的起源之外，還講述了柯爾烏古孜逐漸發展，並與古代蒙古、韃靼、克塔依（契丹）等族雜居通婚繁衍後代的故事。
柯爾奧古孜國王的孫子同一個蒙古姑娘結婚，其後裔被稱為“蒙古勒杜爾”（蒙古所生）部落。又應韃靼國王的邀請派出一個王子當上門女婿並繼承韃靼國王的王位。於是，王子前往迎娶諾尕依公主為妻並成為韃靼王國的國王。他們的後裔在柯爾克孜族中成了“諾尕依”部落。克塔依的一個王子因為受到排擠而帶著身邊的侍從“卡勒恰”投奔柯爾奧古孜，分別迎娶兩位柯爾奧古孜公主為妻。後來，他們的後代便逐漸繁衍，並且發展成了柯爾克孜族中比較重要的兩個部落。契丹王子之後被稱為“克塔依”；其仆從的後代被稱為“卡勒恰”。
曆史上，蒙古族從很早的時候起就深入柯爾克孜族地區。元朝時，阿裏布哥反對忽必烈的戰爭大本營就設在吉利吉思地區。蒙古的斡亦剌惕、即瓦剌或厄魯特是柯爾克孜族長期的近鄰，相對於其它蒙古部落，他們同柯爾克孜族的關係倍加密切。他們之間不僅有血醒的戰爭，而且還有長期的融合。其中的部分蒙古人，或者是突厥化了的蒙古人，曾融入柯爾克孜族之中，成為柯爾克孜族的一個組成部分。比如說在今天的柯爾克孜族中還存在融合自蒙古的蒙額勒朵爾部落，既上麵所提到的“蒙古勒杜爾”。
在英雄史詩《瑪納斯》之中生動而詳細地描述有一位投奔自克塔依（契丹）的王子阿勒曼別特的英雄事跡。阿勒曼別特不僅英勇善戰，智慧非凡，而且注重義氣，講求公道，反映出柯爾克孜族古代英雄的諸多氣質和性格。他不僅成為英雄瑪納斯的忠誠戰友，而且屢建奇功，為柯爾克孜族建立了卓越功勳。最後，為了柯爾克孜族的事業獻出了生命。契丹無論在稱雄我國北部，或者是後來在耶律大石西遷之後，其統治地域都曾達到柯爾克孜族地區。在同契丹人同處二三百年的過程中，兩者之間的交融是很自然的事情。當今柯爾克孜族中的“克塔依”部落毫無疑問是從古代契丹民族中融入的。柯爾克孜族融合漢族血統也有一定的曆史根據，漢朝大將李陵投降匈奴後，被匈奴封為右賢王，並任堅昆都督，統治堅昆各部。李陵的後代均世居堅昆人之中。另外，漢朝公主王昭君與匈奴呼韓邪單於之女須卜居次的封地也在堅昆地區，她的後代也融入了堅昆人之中。元代有很多漢族匠人進入柯爾克孜族地區，這些漢人也都被堅昆同化。