原來，由於藏經洞中的數量最多、價值最大的是古代經籍文書，因此，學術界將藏經洞中寶貝統稱之為“敦煌遺書”。敦煌遺書的內容，涉及到天文、曆法、醫藥（醫經、醫論、脈學、診斷、藥學、針灸、方劑、民間驗方、婦科、兒科、傷科、方劑、養生以及祝由醫方等）、曆史、地理、政治、經濟、軍事、外交、宗教（佛教、道教、摩尼教、襖教、景教、苯教等）、社會、民俗、民族、哲學、邏輯、經學、諸子、文學、曲藝、戲劇、音韻、語言、文字、音樂、舞蹈、繪畫、書法（毛筆書法、硬筆書法兼而有之）、翻譯、王朝律令、地方法規、均田文書、爭訟、婚姻、結契、農業、水利、畜牧、獸醫、印刷、裝幀、商業、貨幣、會計、旅遊、紡織、冶鑄、建築、石油、檔案、交通、通訊、占卜、相術、榜示、轉帖、印章、模拓、拓印、花押等等，範圍之廣，幾乎無所不包。尤其難得的是有大量失傳的古佚文書，大大豐富了我國文獻寶庫。
其書寫文字，除漢文之外，又有法盧文、粟特文、突厥文、梵文、於圖文、龜茲——焉耆文、波羅謎文、吐蕃文、回鵑文、希伯來文（其他洞窟中還出土有西夏文、蒙古文）等，多是久已失傳的民族古文字；此外，還發現了晚唐、五代及北宋刻本印刷書籍、繪品。價值之大，無與倫比，被學術界譽為“古代學術的海洋”，因而，與商周甲骨文，戰國、秦、漢、魏、晉簡牘及明清滿文舊檔，並列為我國近代學術史上的四大發現。
這座出土了大批古代文物的暗窟，由於保存了大批古代文獻而獲得“藏經洞”之名。如今，這座洞窟編號為莫高窟第17號窟，常年向遊人開放，供國內外遊覽者參觀考察。
那麼如此豐富的“遺書”，現在分別藏於哪些地方呢？流失到國外的又有多少呢？
由於敦煌遺書分藏於中、英、法、俄、日等地，至今缺乏一個完整的聯合目錄，藏經洞內究竟有多少遺書，至今仍無從確切統計。有人推測總數為三四萬至十萬件不等。現在中國國家圖書館藏16000餘件；英國圖書館藏13000餘件；法國國家圖書館藏5700餘件；俄羅斯科學院東方學研究所聖彼得堡分所藏10800餘件。另外敦煌研究院、中國曆史博物館、故宮博物院、甘肅省博物館、敦煌市博物館、北京大學圖書館、上海圖書館等單位都有收藏，總數在5萬件以上。盡管在世界範圍內，國家圖書館保藏的敦煌遺書數量最多，但最珍貴的還是被劫掠到了海外。
何人是藏經洞寶藏流失的罪魁禍首
敦煌藏經洞被發現後，是誰將這個驚天大秘密泄漏出去的呢？後來它又經曆了怎樣的命運呢？
王道士雖然沒有讀過多少書，但麵對這麼多古代的經本和畫卷，直覺告訴他這些東西非同尋常。他不斷拿出一些書法精美的佛經寫卷和漂亮的絹畫，送給附近的官紳和過往官紳，以換取一些功德錢。但這些人都不識貨，也無人去追究這些文物的來曆。1902年，湖北通山縣人汪宗翰出任敦煌縣長，他是王道士的同鄉，王道士於是把一些好的經卷的絹畫送給了他。據記載，汪宗瀚曾到藏經洞考察，並建議蘭州的藩台衙門（相當於省政府）妥善保護這批文物。但因種種原因，1904年，藩台隻命汪宗瀚將經卷畫像檢點封存於原地，仍交王道士保管。事實上，藏經洞並未封存，王道士還是不斷把一些寫卷拿出來送人，敦煌發現藏經洞的消息逐漸在社會上流傳開來。
一石激起千層浪，國內外冒險家紛至遝來，這其中誰是罪魁禍首呢？曆史將這個鏡頭對準了一個名叫斯坦因的加拿大人，1907年他第一次來到莫高窟時，王道士已伴隨藏經洞度過了7個春秋。在這7年中，除官員拿走部分經卷外，王道士對藏經洞看守得很緊，散失的卷子很少。斯坦因為了看到日夜盼望的藏經洞，想了很多辦法接近王道士，但王道士避而不見，弄得斯坦因束手無策。後來他了解到王對唐玄奘非常崇拜，便把自己裝扮成唐玄奘的信奉者，並欺騙王道士，說他是沿著唐玄奘西天取經的路來的。這一招很靈，是宗教信仰把他們的思想溝通了，所不同的是，王道士是一個真誠的信奉者，而斯坦因顯然隻是為了達到騙取藏經的目的。
王道士為何最終將經卷賣給斯坦因了呢？也許是王道士在長達7年的時間裏多次求助官方予以重視，但無人過問而灰心的緣故；也或許是為了完成自己的宏願，清掃洞窟，修建三層樓，架設木橋募集紫金的需要；又或許是唐玄奘溝通了自己與斯坦因的思想，而斯坦因這個探險家追求事業的精神感動了他。因此他雖則思想極為矛盾，極不願意外國人將這些文物帶走，但在無奈的情況下，也隻好讓了步。
按理說，斯坦因走後就應該引起中國人的重視，尤其應該引起官方的注意。然而，中國的官方毫不在意。官方的態度使王道士更加放心地可以隨意出售藏經洞的文物。1908年法國的漢學家伯希和來到了莫高窟，從王道士手中買走6000餘件寫本。由於伯希和精通漢文，所以他挑選的卷子更有價值。伯希和將這些遺物運往法國時，在北京將其部分卷子裝裱，並且在六國飯店展覽了這些文物。1914年斯坦因再次來到敦煌，又從王道士手中買走經卷600多件，裝滿了5大箱。在此期間，日本的橘瑞超、吉川小一郎，俄國的鄂登堡，美國的華爾納等人先後從莫高窟買走了不同數量的經卷。
藏經洞寶藏有著怎樣的命運
敦煌藏經洞的經卷主要流失方向是兩個，一個是國外，一個是國內。可是流向這兩個方向的經卷卻經曆了悲喜交加的兩重命運，為什麼會出現這樣的情況呢？
敦煌卷子流散於國外，站在民族利益的角度去看，雖然傷害了中國人的自尊心。但是，我們也應該看到，流散於國外的敦煌卷子都是由國家級的博物館、圖書館收藏，並得到妥善的保護，無一損壞現象。與之相反，中國則出現了另一種現象。在1907年斯坦因到來之前，無論王道士怎麼呐喊都無人重視，當斯坦因把敦煌文物宣傳於全世界之時，當朝命官這才懂得了其重要價值，但他們不是考慮如何地保護它，而是千萬百計竊為己有。因此，一時間偷竊成風，敦煌卷子流失嚴重。有人拿著求官，有人拿著賣錢，有人納入私囊。可以說，這是敦煌卷子自發現以後最大的劫難。1910年清政府作出決定，把剩餘的敦煌卷子全部運往北京保存。在運送的路途中，幾乎每到一處都失竊一部分，即便“十年內亂”中敦煌本地也曾有一捆捆經卷在抄家時被抄了出來，其下落可想而知。大量經卷的散失，曾經使王圓籙感到非常痛心，因為藏經洞是他發現的，多年來在他保管期間從未發生過無故大量散失的事，官方如此掠奪，又如此貪心，使他感到極大的憤慨。為此，斯坦因在他於1914年寫成的《斯坦因西域考古記》裏有一段生動的記述：“說到官府搬運他所鍾愛的中文卷子致受損傷，他表示後悔當時沒有勇氣和膽識，聽從蔣師爺的話，受了我那一筆大款子，將整個藏書全讓給我。受了這次官府的騷擾之後，他怕極了，於是，將他所視為特別有價值的中文寫本另外藏在一所安全的地方。”