1922年6月11日，黎元洪再次赴京，當日下午在中南海懷仁堂舉行了複職典禮。
黎元洪上台，即令清流顏惠慶組閣，撤銷解散國會令，撤銷對孫中山的通緝令，要求全國各地一律停戰。
然而，舊國會議員經段祺瑞安福國會和孫中山非常國會的分流，已經支離破碎，要恢複，實在太難。而廢督裁兵，首先吳佩孚就不肯去職，各省督軍，順勢幹脆挑明反對廢督裁兵。結果隻有江西、浙江、東北三省共五省“廢督”成功，而實際上也隻是換湯不換藥，將“督軍”換個名稱罷了。
此時對黎元洪來說，更要命的還是財政危機。軍餉發不出來，國務院衙門的月俸也沒法支出。黎元洪請唐紹儀組閣來解決財政問題，卻因吳佩俘的反對而無法進行。聯想到早年唐紹儀上任外交總長被阻的事，黎元洪這才認識到自己還是軍閥們的一個傀儡，隻不過這回改成是直係的了。
麻煩事還不止於此，性急的曹錕終於連傀儡也不想讓黎元洪做下去。他跳出來自己要馬上做總統，理由是黎元洪隻應補足160日總統任期，如今卻又做了330餘天總統，理當早早退位。
理由雖然站不住腳，手段卻越來越卑鄙。曹錕最後幹脆把總統府的電話、自來水統統切斷……
黎元洪自知無法對付曹錕，隻有三十六計，走為上策，便於1923年6月13日，再次離京赴津。
回到天津後，黎元洪還想與段祺瑞再度合作，還來個馬廠誓師，殺個一生中最後的回馬槍。可惜此時的段祺瑞，已再也不肯與黎元洪合作了。
1923年11月8日，黎元洪東渡日本，住了半年再回天津，從此安心實業，再不問政事。後來，段祺瑞執政府曾兩次請他出山，均遭謝絕。黎元洪曾對人說：“我兩次做總統，皆賠累不少，不如做生意較為安閑自在。”
1928年6月3日，黎元洪在天津病逝，留下十款遺囑說：
一、國民對於濟案應以沉毅態度，求外交正義之解決，不能有軌外行動。
二、從速召集國民大會，解決時局糾紛。
三、實行墾殖政策，化兵為農工，勿使流離失所。
四、調劑勞資，應適應民族心理及世界經濟趨勢，統籌兼顧，製定詳細法規，行之以漸，不可破壞社會秩序與家庭關係，俾免各趨極端，庶共產萌芽無從發現。
五、振興實業，以法律保障人民權利。
六、正德、利用、厚生，不可偏廢。數千年立國之根本精神、道德禮教，常較物質文明尤為注重。
七、革命為迫不得已之事，但願一勞永逸，俾國民得以早日休養生息，恢複元氣。
八、參酌近今中外情況，似應采用國家社會主義，不可逮思廢除國界，為列強所利用。
九、早定政治方針與教育宗旨。
十、民元以來，凡無抵觸國體之創製，均應一律保持，請勿輕議紛更。
除此還有對家人遺囑說：“喪事從簡，戒諸子潛心從事生產實業，毋問政治。”
當時的國民政府，對黎元洪的曆史功勳作了充分肯定，以國葬之禮安葬他。當時的吊唁者，名流薈萃，馮玉祥、蔣介石、江朝宗等名聲赫然的人，甚至連段祺瑞，也來吊唁。老友章太炎送來一幅挽聯上麵寫道：
繼大明太祖而興，玉步未更，綏寇豈能幹正統；
與五色國旗同盡，鼎湖一去，譙周從此是元勳。