5月上旬，袁世凱刻意下令撥發湖北軍餉100萬元；8月初，袁又特贈黎元洪一等文虎章，盛讚他“砥柱東南，功同再造”；到8月下旬，袁世凱親書“民國柱石”四個大字，製成橫匾一方，派人專程送武昌，同時撥現銀4萬元及金銀獎牌若幹，慰勞鄂軍將士。
對於擁有6萬精兵的黎元洪，袁世凱可謂用心良苦。黎元洪雖然也是極善於籠絡人的統帥，比起袁世凱，卻又差許多。既受人恩惠，當然須得報答。袁世凱此刻最需要什麼，黎元洪心裏非常清楚。
於是，黎元洪立刻行動起來，先是積極配合脅迫國會中的國民黨議員接受先選總統後訂憲法的方案，隨後又致電參、眾兩院，催促總統選舉盡早舉行，並且明確屬意“雄才偉略，卓絕一時”的袁世凱是總統的最佳人選。
黎元洪這一招正合袁世凱心意，這位從孫中山手上接過權位的臨時大總統，在鎮壓了二次革命之後，目前最渴望地就是做正式大總統。由於黎元洪的積極配合，袁世凱如願以償。
1913年10月6日，袁世凱當選為正式大總統。次日黎元洪當選為副總統。
1913年12月11日，黎元洪進京，以正式副總統的身份兼任上議院議長。袁世凱以當初接待孫中山的崇高禮儀接待黎元洪，倆人極盡歡愉，可在宴畢之後，袁世凱卻讓人將黎元洪送到瀛台下榻。這可是當年慈禧軟禁光緒的地方，黎元洪一，到瀛台，就知道這回又著了袁世凱的道，不僅回不了湖北，身家性命也有危險。
事已至此，怪自己棋差一著，黎元洪也隻能泰然處之了。他韜光養晦，吟誦佛經，偶有客來，則絕口不談世事，對袁世凱之羈縻贈饋，不謝不拒。袁世凱見他如此，為表誠意，又使自己的第九子娶了黎元洪的女兒紹芳。
黎元洪在瀛台苦捱春秋，袁世凱緊鑼密鼓地張羅帝製。為探明黎元洪對帝製的態度，袁世凱親來瀛台。
“辛亥革命為推翻帝製、建立共和，死者何止萬千，如今大總統回頭再做皇帝，如何對得起這些先烈？”
黎元洪的回答，使袁世凱大失所望，悵然離去。袁世凱當然不會因為黎元洪的反對而放棄帝製的想法。黎元洪也因為袁世凱執意要稱帝而辭去參政院院長之職，爾後又請辭副總統、總參謀長之職，以表明自己為共和守節的決心。
1915年12月13日，袁世凱接受百官朝賀，正式稱帝，改元“洪憲”。兩天後，“洪憲皇帝”發出第一道敕令，冊封黎元洪為武義親王。
黎元洪寧死不受，在國務卿陸徵祥等人前來道賀時，黎元洪當麵表示自己不願受爵後，拂袖入內。袁世凱仍不甘心，不久派裁縫來量做親王製服，竟被黎元洪趕出家門。
袁世凱還不死心，19日重頒敕令，命九門提督江朝宗去黎元洪家宣封。黎元洪避而不見，江朝宗長跪高呼“請王爺受封！”
黎元洪大怒，從房中奔出，捋起衣袖，指著江朝宗大罵：“江朝宗，你怎麼這麼不要臉，快快給我滾出去。”
江朝宗仍然不動，直跪挺身，捧詔連聲大呼“請王爺受封！”
黎元洪怒氣衝天，下令左右：“將江朝宗架出去！”
事情這樣，袁世凱還不死心，再派袁克定等人往黎府饋贈各種禮物、好言勸說，黎元洪一概拒絕，最後被逼得急了，指著廳中一根石柱說：“你們如再逼我，我就撞死給你們看！”
袁世凱稱帝，並未完全否定民國，黎元洪有武昌首義之功在，袁世凱不封他為王無法向國人交待。這是袁世凱的想法，而黎元洪認為首義之功屬於民國，這對帝製而言，驢唇不對馬嘴，所以隻能拒絕。
不久，袁世凱迫於壓力取消帝製，卻仍想做總統，全國上下一致反對，總統位置成了懸念。
此時護國軍方麵的幾個總統人選中，蔡鍔的威望不夠，孫中山又遭到進步黨的反對，馮國璋或段祺瑞讓人感到不可信任。因為稱帝眾叛親離的袁世凱憂懼成疾，在向徐世昌、段祺瑞托孤之際，除了念念不忘“約法”二字，就是諄諄告誡徐世昌和段祺瑞：“要好好輔佐黎元洪！”
1916年6月6日這天，袁世凱死去，人們在他金匱石屋中預置的三位繼承人，依次看到了黎元洪、徐世昌、段祺瑞三個人的名字。
就這樣，在袁世凱死後的當天，段祺瑞偽造了袁世凱的遺令宣布：副總統黎元洪依約法第十九條代行中國民國大總統職權，並以國務院名義通電全國。
第二天，1916年6月7日，黎元洪在東廠胡同宅邸前宣誓就任中華民國大總統。