孫中山當選臨時大總統，袁世凱惱怒起來，陰沉沉地說：“革命黨人這麼做，置我袁某人於何地呢？”這麼說過之後下達令：
中止南北議和，再次炮轟武昌城。
身為副總統的黎元洪，此時對南京臨時政府也十分不滿，原因是在孫中山任命的18個部長和次長中，竟無一人是武昌首義的功臣。為此，黎元洪不願放棄大元帥之職，心目中的總統，更加傾向於袁世凱。
孫中山革命，旨在推翻清王朝統治，建立民主共和國。此時革命政府雖然成立，清廷卻還沒有徹底垮台，加上袁世凱的炮火、黎元洪的不滿等方麵的因素，1912年1月15日，孫中山致電袁世凱，明確表示說：
“如清帝實行退位，宣布共和，則臨時政府決不食言，文即可正式宣布解職，以功以能，首推袁氏。”
袁世凱得到孫中山這一承諾，大喜之餘，停止炮擊武昌，掉過頭來軟硬兼施地威逼清帝退位。
清廷知道他們此時隻不過是袁世凱手上的魚肉，若還要硬掌下去，隻會被砍爛煮熟，倘若依了袁世凱的建議自己主動退位，既可以不廢尊號、享受外國君主的禮遇，每年還可以得到400萬元白銀揮霍，並暫居紫禁城中。
權衡再三，清廷決定退位。1912年2月12日，剛做了三年的幼帝溥儀下詔退位。
袁世凱如願以償做了總統，在人事安排上比南京臨時政府做得更出色，把內閣中的要害部門，諸如外交、內務、財政、陸軍、海軍、交通等，全由自己的心腹之人掌管，隻把司法、教育、農林等幾個權力有限的衙門讓給革命黨人。這樣一來，原大總統孫中山，就隻有一個全國鐵路會辦的職務；而原陸軍總長黃興，隻做一個南京留守；唯獨黎元洪，還做副總統，再兼參謀總長要職。
黎元洪雖受袁世凱重用，袁世凱還是心存戒心，不願離開自己的老窠，便以湖北軍政事務不得脫身為名，在武漢設副總統府，遙領參謀總長之職。
卸任後的孫中山，為修鐵路之事來到武昌，與黎元洪見麵後，一番交談，兩人都有一見如故、相見恨晚的感覺。黎元洪盛讚孫中山甘於讓賢，功比堯舜；孫中山則稱讚黎元洪為民國首義的第一偉人。
在孫中山等人的支持下，黎元洪的聲譽一時大增，當立憲派的統一黨、民國公會、國民協進會、民社等黨派合並組成共和黨時，眾人紛紛推舉黎元洪做了黨魁。
由此，黎元洪成了一個大政黨的政治要人，麾下擁有張謇、章太炎、梁啟超、馮國璋、蔡鍔、熊希齡、湯化龍、林長民等名聲響亮的知名人士。
武昌首義的兩大革命團體，原本就互有意見，隻因舉義暫時聯合，舉義成功之後又開始明爭暗鬥起來。而此時的黎元洪，作為湖北軍政府的大都督，已經深感軍人對政府的行為幹涉太過，他要按自己的意願來管理湖北，於是便拋出一個軍人秉政“十害”論，目的是排斥軍人幹政。
在“十害”論的基礎上，黎元洪提出軍民分治，並首先在湖北取消軍政府，設立都督府和民政府。
因為原軍政府多為起義的革命黨人所掌控，此時的黎元洪為達其政治目的，便開始暗地裏清除掌權的革命領導人。他利用武漢革命黨兩大團體的矛盾，實施挑撥離間，拉一方打一方，最後全都打壓下去的手段，以達到各個擊破的目的。
在湖北眾多的革命黨人中，最讓黎元洪感到棘手的是“首義三武”，即文學社主要領導人蔣翊武和共進會主要領導人孫武、張振武。
經過一番謀劃，黎元洪決定先解除蔣翊武的軍權。為借刀殺人，他唆使時任軍務部長的孫武撤掉戰時總司令蔣翊武的軍職。
當時，孫武與蔣翊武的矛盾正烈，有黎元洪支持，馬上下手。孫武以軍務部長的名義一紙令下，黎元洪馬上蓋了總督大印，蔣翊武的軍職，頃刻間便這麼沒了。
文學社一方的革命黨人強烈不滿，這是黎元洪事先料到的，蓋章之後即讓人散布謠言，說孫武逼著他黎元洪蓋章撤了將翊武的軍職。
文學社一方眾怒齊發，結果都衝著孫武去了。文學社的戰士照搬起義經驗，趁了夜色，將武昌軍務部團團圍住，然後衝進去想把孫武殺掉。
幸好，孫武事先得知內情，早倉皇逃往漢口。
這時候，黎元洪站出來了，一麵派兵以“恢複秩序”為名驅散起事士兵，一麵嚴斥孫武並責令他辭職。
就這樣，黎元洪略施小計，一舉除去“倆武”。
“首義三武”中，隻剩下張振武。其實，三武之中，惟張振武對黎元洪特別反感，曾對人說：“我不相信他（黎元洪）會革命……鄂政不良，我等當再度革命。”