義和拳原本同當時清朝大部分秘密團體一樣，是反對滿族統治，以“反清複明”為口號的。由於維新失敗後，帝國主義更加肆無忌憚的侵略，激發了義和拳的排外情緒。
1899年，捐官出身的漢裔旗人毓賢出任山東巡撫，提出“民可用、團應撫、匪必剿”的策略，對義和拳采用撫的辦法，將他們招安納入民團。於是，義和拳成了“義和團”，口號由“反清複明”改成“扶清滅洋”。
喊著“扶清滅洋”的義和團四處焚燒教會、殺害教士，抵製所有外國事物和之前失敗的“洋務運動”。就連用紙煙、小眼鏡，甚至洋傘、洋襪的人，也要處死。曾有6個學生，就因身邊帶了一支鉛筆、一張洋紙，被團匪搜出後，死於亂刀之下；最冤的是有戶人家因有一根洋火柴，被發現後一家八口遭到義和團的殺戮。
西方人反對慈禧廢黜光緒帝，為此慈禧對西方人感到萬分的不滿，在“滅洋”這一點上有便與義和團有了共鳴。之後，慈禧便不顧西方外交人員的抗議，也不管義和團行為的過激和荒誕，於1900年1月，發布了維護義和團的詔令。
軍機大臣協辦大學士剛毅和順天府尹趙舒翹領了詔令去調查，回來向慈禧報告：“拳民忠貞，神術可用”。朝中莊親王載勳、端郡王載漪、輔國公載瀾等也紛紛附合慈禧，主張招撫義和團。
1900年6月15日，軍機處曾一度傳旨，令在任兩廣總督的李鴻章，及山東巡撫袁世凱速入京，來共同對洋人宣戰。
袁世凱因為和盤托出譚嗣同等人商議的兵圍頤和園的政變計劃，取得慈禧榮祿等的信任，由此更加飛黃騰達。他的新建陸軍，被更名“武衛右軍”，成了榮祿掌握的“武衛軍”一部。升工部侍郎不久，袁世凱於1900年2月14日又升任山東巡撫。
然而，袁世凱親率武衛右軍前往山東赴任時，正值山東義和團運動高漲。看到義和團人四處破壞教堂、攻擊教民、濫殺無辜、拆毀電杆、破壞鐵路，甚至還誣指許多市民（包括許多婦女小童）為白蓮教，而燒死戮死，同時又肆意奸殺婦女、擄掠洗劫商戶平民，並將贓物公開拍賣。
這此行為使袁世凱勃然大怒，立即頒布《嚴拿拳匪暫行章程》，嚴酷地鎮壓義和團運動。
在袁世凱的打擊下，義和團在山東無法立足，紛紛逃往天津、北京。山東的社會秩序，得以穩定，山東的人民免遭了濫殺的浩劫。
1900年6月21日，清政府以光緒的名義，向英、美、法、德、意、日、俄、西、比、荷、奧十一國同時宣戰，同時貼出公告懸賞捕殺洋人，規定“殺一洋人賞五十兩；洋婦四十兩；洋孩三十兩”。
於是，新一輪濫殺更甚以往，隨著不少該殺的侵略者斃命之外，不少無辜的婦女兒童也慘遭殺害。殺紅了眼的義和團，內部也相互殺起來，對百姓更是肆意虐殺，結果還直奔瀛台，要去弑殺光緒帝，幸而得慈禧阻止光緒才免於一劫。
在義和團的濫殺麵前，各國都在準備，試圖用武力來解救他們被圍的使館。各國的使館，也築起防禦工事，由英國公使竇納樂負責指揮抵抗。
到6月25日，事件終於演變為國際軍事衝突，約有45，000名來自日本、美國、奧匈帝國、英國、法國、德國、意大利及俄國的八國聯軍與義和團拳民及清軍對戰。
這時的袁世凱，跟許多地方督撫一樣，得到清政府命令：率軍拱衛京師“勤王”！
可是，就憑借義和團這樣的烏合之眾，能向十一國列強宣戰嗎？袁世凱在心裏問自己，然後用力地搖了搖頭。久經沙場的袁世凱知道，如今與十一國同時宣戰，隻會失敗，隻會使中國遭受到更大的侵略和恥辱。
可是，作為一個地方的巡撫，又手握精銳重兵，如果不出兵“勤王”，慈禧絕對饒不了他的，可如果出兵，隻會毀了這支既是國家的，也是自己的精銳之師。
袁世凱苦冥思苦想之後，最後選擇了“兩麵討好”的奸猾之策。他一方麵派一小部軍隊慢慢“星夜馳往直隸”勤王，其實就在山東、河北交界處虛於應付；另一方麵則派人與各國駐煙台領事洽談，按照東南互保例達成協議，表示“中立”。
沒過多久，1900年8月14日淩晨，聯軍來到北京城外，經過兩天的激戰，到8月15日逐步攻占了北京各城門，隨即與清軍在京城各處展開巷戰。到8月16日晚，八國聯軍已基本占領北京全城。
慈禧及她的皇室，在北京陷落之時，倉皇離京，逃往西安。
袁世凱得之後，立即慷慨解囊，從家底中拿出大量餉銀、綢緞等各種奢侈品，向倉皇逃命的慈禧進貢討好，使她還能保住一點體麵，滿足太後窮奢極欲的虛榮心理。在慈禧回鑾的路上，袁世凱又是花車又是別館地迎候不算，還送了慈禧太後一輛汽車。