1524年6月，黑林（今天的黑森州）南部的農民首先豎起了起義的大旗。很快，起義的烈火蔓延到了巴登、弗蘭肯、符騰堡、圖林根和薩克森，起義隊伍發展到了15萬人，逐漸形成了士瓦本、弗蘭肯和圖爾根三大中心。而閔采爾親自領導的圖林根起義更是達到了這次農民戰爭的頂峰——起義軍建立起一個“永久議會”，閔采爾被選為主席。農民軍攻占城市、莊園、城堡和修道院，分掉貴族的土地和財物，處死了一大批窮凶極惡的貴族領主。隨著起義的發展，士瓦本起義軍還提出了自己的政治綱領——《十二條款》，要求廢除農奴製；取消什一稅和死亡稅，實現狩獵、捕魚和伐木自由。在整個1525年的春天，大起義進行得如火如荼。
最後的失敗
起義最初的幾個月裏，封建領主們都被嚇傻了，他們做夢也沒想到平日裏恭順的農民會舉著斧頭和棍棒衝進自己的城堡，向“高貴”的老爺們複仇。等他們清醒過來後，又是一陣陣的後悔。當時，德意誌領主的軍隊大多在意大利和法國人作戰，根本沒有辦法立刻鎮壓農民軍。為了贏得時間，調集軍隊，狡猾的封建領主們玩起了一邊和談一邊打仗的把戲。對於實力強的起義軍他們拉攏收買，對於實力弱的起義軍他們堅決鎮壓。不久，領主們的大軍從意大利開回了德意誌，花大價錢從瑞士雇來的傭兵團也蜂擁而至，領主們決定向農民軍徹底開戰。
當時封建領主的軍隊有1萬多人，其中比較精銳的巴伐利亞軍、士瓦本聯軍和薩爾茨堡大主教的雇傭軍有精銳騎兵3000多人，還裝備有大量的火炮；而農民軍雖然有10萬之眾，可駐地分散，缺乏聯係，別說是火炮，連騎兵都少見的很。一邊是武裝完善的職業軍人，一邊是拿著鋤頭的農夫，戰鬥的結果就可想而知了。1525年5月15日，閔采爾率領的農民軍主力在弗蘭肯豪森遭遇了士瓦本貴族聯軍主力，農民軍高呼著“誓與魔鬼們血戰到底”的口號，勇敢地投入戰鬥。經過3個多小時的血戰，5000多名農民軍戰死。閔采爾也負傷被俘，最終慘死在貴族的屠刀之下。
德意誌農民戰爭最終失敗了，但它強有力地衝擊了天主教會在德國的統治，促進了整個歐洲的宗教改革和文藝複興運動的發展，恩格斯把德國農民戰爭稱為“歐洲資產階級反對封建製度的第一次大決戰。”