為推行林彪的一套，他們一方麵互相吹捧，一方麵對海軍或艦隊領導中一些堅持不同意見的同誌任意扣上“單純軍事觀戰”和“資產階級軍事路線”的大帽子，這在當時是誰也擔當不起的政治罪行，誰戴上這樣的帽子，就等於是“反革命”，馬上就會遭到批判。這不僅造成海軍上層領導的緊張氣氛，也使當時海軍部隊中相當一些幹部產生了抓政治工作怕“偏”，抓軍事訓練怕“單”的思想顧慮，整天提心吊膽。
當時，蕭勁光的身體不好，心髒病、高血壓加上失眠的折磨，使他的工作不能保持經常。最使他傷腦筋的還是工作上的問題。按照羅瑞卿在1963年海軍黨委擴大會上的要求，少壯派李、張擋第一線，蘇（振華）、王（宏坤）擋第二線，蕭勁光擋第三線，並說有了這三道防線，海軍工作就一定會搞好。但實際上，李作鵬等一直把蕭勁光和蘇振華作為他們的對立麵，動不動就指責批判，在工作中根本就無法形成“三道防線”。這其中最主要的原因還是思想上、認識上的原則分歧，蕭勁光始終認為，和平時期的部隊建設必須以軍事訓練為主，作為技術複雜的海軍更應如此。所以，1964年，他恢複工作以後，大力地抓起軍事訓練，這時關於郭興福教學法也經軍委批轉下來，這使一度冷落的軍事技術訓練工作，重新振作起來。
李作鵬等人又指責蕭“堅持單純軍事觀點的錯誤，隻抓比武訓練，不抓毛主席著作學習”。
1965年8月和11月，海軍又進行了兩次海上作戰，即“八·六”海戰和崇武以東海戰。“八·六”海戰由南海艦隊汕頭水警區指揮，以四艘護衛艇和11艘魚雷艇協同作戰，在福建東山島東南兄弟嶼附近海麵，一舉擊沉企圖對我沿海進行偷登襲擾的國民黨海軍大型獵潛艦“劍門”號和小型獵潛艦“章江”號。擊斃敵巡防第二艦隊司令胡嘉恒以下官兵170餘人，俘“劍門”號中校艦長王韞山以下33人，以我海軍較小代價，換取了較大勝利。
毛澤東接見蕭勁光“八·六”海戰結束的第二天，李作鵬就匆匆趕到作戰部隊，總結經驗。在他主持下起草的《海軍擊沉蔣匪“劍門”“章江”兩艦戰鬥經驗總結報告》中，把所謂突出政治作為海戰經驗的第一條，並寫道：“這次戰鬥的勝利，再一次證明了突出政治的強大威力。隻要突出政治，就有敢於鬥爭，敢於勝利，不怕犧牲的精神，就能克服一切困難，戰勝一切敵人。”正在大連棒槌島休養的林彪於9月8日讓秘書打電話說：“海戰經驗總結，主席已閱，並退回來了，主席看得很仔細，並劃了許多杠杠。送海軍李作鵬同誌一閱，並要特別看劃了杠杠的地方，尤其要特別看劃雙杠杠的地方。”這種誇大政治、片麵強調精神作用的“左”的思想，後來愈演愈烈，終於在海軍挑起了公開爭論。
1965年11月，海軍黨委在北京召開了三屆二次全會，在這次會議上，由李作鵬等一手挑起了公開爭論。
在會議召開之前，在李作鵬等人主持下搞了一個材料，叫“海軍三年工作基本總結”。當時，蕭勁光住在醫院，他們將材料送到醫院，征求蕭的意見。在這個材料中，主要是“顯示突出政治”的成就，在分析問題時，則將海軍團以上幹部對待林彪提出的“關於突出政治，堅持四個第一”的態度劃分為三種情況，羅列了14個問題。三種情況：一是積極正確的，二是旗幟不鮮明的，三是錯誤的。蕭勁光認為總結1963年以來的工作，必須以實踐為標準。但是他的意見卻被李作鵬等認為是“態度是懷疑抵觸的，實際上是思想不通”，於是在黨委會上發生了爭論。
李作鵬等給蕭列了十多條“罪狀”，其中主要的是：“對海軍工作方向偏的結論不滿”。說既然是林彪批評了他，“就應該向林副主席寫一檢討，向毛主席寫信，是應付差事的檢討，輕描淡寫，未接觸思想實質，未真正承認錯誤，對林副主席的三條指示中指出的重要問題隻字未提”，“實際上是堅持錯誤的擋箭牌，是以此來抵製林副主席的批評。”他們讓蕭勁光定期向林彪彙報工作，蕭不去。對此，他們說蕭“反映了對林副主席不滿的態度”。
他們還將蕭向羅瑞卿總長反映問題和寫信說成是告“李作鵬的狀”，是“搞鬼”。