正在醫院治療的蕭勁光得知毛澤東的批示內容後，很受鼓舞。7月3日，他抱病提筆給毛澤東寫信，信中除檢查了海軍工作發生的一些問題由他負責外，還表示：為了照顧大局，我可以承認四個第一沒有擺在第一。信中還表示：我現在雖然有病，正在療養，希望爭取早日恢複，為黨做些有益的事情。他很希望能跟毛澤東談談海軍情況，因此在信的末尾，寫了這樣一段話：曾經有過幾次打算找主席，但沒有適當機會，如果主席時間許可的話，我可隨時前來。但他的願望未能實現。不久，他出了院，繼續抓海軍工作。若幹年過去之後，蕭勁光再回憶這段曆史時，一些問題顯得更清晰了。當時林彪之所以抓住海軍不放，其目的就是為了推他那所謂的“四個第一”及其他“左”的東西。如果說在1960年9月召開的軍委擴大會議上，林彪對總政治部主任譚政等人羅織罪名、搞揭發批判，是為推行他的“左”的一套所采取的第一個步驟的話，那麼，1962年3月他對海軍的所謂指示、派檢查團檢查海軍，就是他所采取的第二步驟。
1962年4月，軍委檢查團檢查完海軍後，其成員中的李作鵬、張秀川還有其他幾個人便留在了海軍。按照林彪的安排，李作鵬擔任海軍常務副司令，主持海軍工作；張秀川任海軍政治部主任。蕭勁光因為犯了“錯誤”和“身體不好”，被安排到“三線”。
李、張來海軍，是在檢查團來海軍之前的全軍編製會議上確定的。當時，海軍接連發生的幾起重大事故，使蕭勁光頗傷腦筋，加上身體不太好，對出現的一些問題有點感到力所不及。為此，他曾向軍委提過建議，希望能給海軍增加力量。在全軍編製會議期間，林彪找蕭勁光談話，當麵交代讓總參軍訓部部長李作鵬來海軍當副司令，蕭勁光對此是讚同的。
他當時之所以讚同林彪的安排，主要是因為他對李作鵬是有些了解的。在解放戰爭時期，他們都在東北打過交道。在東北民主聯軍中，蕭任副總司令兼參謀長時，李任參謀處處長。後來他擔任第一縱隊副司令兼參謀長、東北野戰軍第六縱隊司令員、第四野戰軍四十三軍軍長。在圍困長春期間，他率領的部隊負責打援任務，任務完成的還比較好。在蕭勁光的印象中，李作鵬還是比較能幹的。當然，林彪是比較器重他的，可以說他是林彪的一個“寵兒”。海軍成立時，蕭勁光曾建議要他到海軍工作，但是他沒有來。後來，他調到總參，擔任總參軍訓部部長。
蕭勁光覺得李作鵬作為總參軍訓部的部長，對訓練來講可以說是個“專家”，而海軍出現的許多問題，大多都是在訓練過程中發生的，他來當海軍的副司令，對解決海軍訓練中發生的一些問題，無疑是有利的。然而事實並非如此。
還是在劉承司叛逃事件發生後蕭勁光到達上海時，就遇到了正在上海的葉群。有一天，她把蕭勁光叫去，向他傳達了林彪的所謂指示。葉群說：“林副主席要我轉告你，劉承司大事故，政治影響大，首先軍委要負責，沒有增加力量、工作幫助不夠。今後要改變，要重視。增加李（作鵬）張（秀川）主要是幫助研究原因，改進工作。派工作團來也是幫助工作，引起艦隊的重視，要維持海軍威信，商量做事。海軍問題，蕭勁光同誌有信仰作用，海軍黨委對軍委是良好的，擁護主席。主要是幫助工作，不出事故，由蕭勁光放手抓。組織上主要是加強力量，繼續支持海軍領導。出了事故，海軍黨委是否齊心協力不夠、基層作風是否朝氣不夠，思想教育是否也有問題。要擔任雷厲風行的工作作風和方法，加強核心領導。”第二天，李作鵬、張秀川便隨軍委檢查團一起來到了東海艦隊。
李作鵬、張秀川來海軍的命令還沒下，他們人已到任。蕭勁光按規定，在軍委正式命令下達之前，並沒有宣布對他倆的任用。這本來是正常的，後來竟被作為“對抗林副主席指示”、“打擊、排擠”李作鵬的“罪狀”。
兩人上台以後，從1963年，他們以林彪的所謂“三條指示”為“尚方寶劍”，全麵否定海軍十幾年來的工作，大搞“端正海軍工作方向”，全力貫徹林彪的“四個第一”和突出政治。（詳見《蕭勁光回憶錄》）